| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP009273 | 1,578,188 | A→G | I10T (ATC→ACC) | safA ← | two‑component system connector SafA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 1,578,188 | 0 | A | G | 100.0% | 103.9 / NA | 30 | I10T (ATC→ACC) | safA | two‑component system connector SafA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (15/15); total (15/15) | |||||||||||
CTTGCAATGCGACCCATTTCTGAAATACTCAGCTGATCAATTGCCGAAAAAATGGCTATCAACGTAAGTGTCAGTAATAAGACAACCACAATTGCAGACATGATTTCTTTATAGTTGTCTCTTTGCGTGATTTTGTTTTTCACTGTGGTCGCATGCATTTCAAATATGTTTATTTAGCGGATAACGTTAAAAATCGTTAATCAGTATGCTTAATATAACAGGCTGGAGAAAAGAGGAAATAGGACTGGTGCTTCAGTACTGAGCG > NZ_CP009273/1578059‑1578323 | ctTGCAATGCGACCCATTTCTGAAATACTCAGCTGATCAATTGCCGAAAAAATGGCTATCAACGTAAGTGTCAGTAATAAGACAACCACAATTGCAGACATGATTTCTTTATAGTTGTCTCTTTGCGTGGtt < 2:260717/132‑1 (MQ=255)ctTGCAATGCGACCCATTTCTGAAATACTCAGCTGATCAATTGCCGAAAAAATGGCTATCAACGTAAGTGTCAGTAATAAGACAACCACAATTGCAGACATGATTTCTTTATAGTTGTCTCTTTGCGTGGtt > 1:260717/1‑132 (MQ=255) aTGCGACCCATTTCTGAAATACTCAGCTGATCAATTGCCGAAAAAATGGCTATCAACGTAAGTGTCAGTAATAAGACAACCACAATTGCAGACATGATTTCTTTATAGTTGTCTCTTTGCGTGGTTTTGTTTTTCACtg > 2:470992/1‑139 (MQ=255) aCCCATTTCTGAAATACTCAGCTGATCAATTGCCGAAAAAATGGCTATCAACGTAAGTGTCAGTAATAAGACAACCACAATTGCAGACATGATTTCTTTATAGTTGTCTCTTTGCGTGGTTTTGTTTTTCACTGTGGTc > 1:70907/1‑139 (MQ=255) aCCCATTTCTGAAATACTCAGCTGATCAATTGCCGAAAAAATGGCTATCAACGTAAGTGTCAGTAATAAGACAACCACAATTGCAGACATGATTTCTTTATAGTTGTCTCTTTGCGTGGTTTTGTTTTTCACTGTGGTc > 1:381468/1‑139 (MQ=255) tttCTGAAATACTCAGCTGATCAATTGCCGAAAAAATGGCTATCAACGTAAGTGTCAGTAATAAGACAACCACAATTGCAGACATGATTTCTTTATAGTTGTCTCTTTGCGTGGTTTTGTTTTTCACTGTGGTCgcatg < 1:28870/139‑1 (MQ=255) aaaTACTCAGCTGATCAATTGCCGAAAAAATGGCTATCAACGTAAGTGTCAGTAATAAGACAACCACAATTGCAGACATGATTTCTTTATAGTTGTCTCTTTGCGTGGTTTTGTTTTTCACTGTGGTCGCATGCAttt < 1:505099/138‑1 (MQ=255) tACTCAGCTGATCAATTGCCGAAAAAATGGCTATCAACGTAAGTGTCAGTAATAAGACAACCACAATTGCAGACATGATTTCTTTATAGTTGTCTCTTTGCGTGGTTTTGTTTTTCACTGTGGTCGCATGCATTTCaaa < 1:386990/139‑1 (MQ=255) aGCTGATCAATTGCCGAAAAAATGGCTATCAACGTAAGTGTCAGTAATAAGACAACCACAATTGCAGACATGATTTCTTTATAGTTGTCTCTTTGCGTGGTTTTGTTTTTCACTGTGGTCGCATGCATTTCAAATATGt > 2:130405/1‑139 (MQ=255) tCAGTAATAAGACAACCACAATTGCAGACATGATTTCTTTATAGTTGTCTCTTTGCGTGGTTTTGTTTTTCACTGTGGTCGCATGCATTTCAAATATGTTTATTTAGCGGATAACGTTAAAAATCGTTAATCAGTATg < 1:18015/138‑1 (MQ=255) tCAGTAATAAGACAACCACAATTGCAGACATGATTTCTTTATAGTTGTCTCTTTGCGTGGTTTTGTTTTTCACTGTGGTCGCATGCATTTCAAATATGTTTATTTAGCGGATAACGTTAAAAATCGTTAATCAGTATGc > 1:41304/1‑139 (MQ=255) aGTAATAAGACAACCACAATTGCAGACATGATTTCTTTATAGTTGTCTCTTTGCGTGGTTTTGTTTTTCACTGTGGTCGCATGCATTTCAAATATGTTTATTTAGCGGATAACGTTAAAAATCGTTAATCAGTATGCt < 1:394087/138‑1 (MQ=255) aGTAATAAGACAACCACAATTGCAGACATGATTTCTTTATAGTTGTCTCTTTGCGTGGTTTTGTTTTTCACTGTGGTCGCATGCATTTCAAATATGTTTATTTAGCGGATAACGTTAAAAATCGTTAATCAGTATGCt > 2:394087/1‑138 (MQ=255) aCAACCACAATTGCAGACATGATTTCTTTATAGTTGTCTCTTTGCGTGGTTTTGTTTTTCACTGTGGTCGCATGCATTTCAAATATGTTTATTTAGCGGATAACGTTAAAAATCGTTAATCAGTATGCTTAATATAACa < 2:41304/139‑1 (MQ=255) aCCACAATTGCAGACATGATTTCTTTATAGTTGTCTCTTTGCGTGGtt > 2:190158/1‑48 (MQ=255) aCCACAATTGCAGACATGATTTCTTTATAGTTGTCTCTTTGCGTGGtt < 1:190158/48‑1 (MQ=255) aCCACAATTGCAGACATGATTTCTTTATAGTTGTCTCTTTGCGTGGTTTTGTTTTTCa > 1:117168/1‑58 (MQ=255) aCCACAATTGCAGACATGATTTCTTTATAGTTGTCTCTTTGCGTGGTTTTGTTTTTCa < 2:117168/58‑1 (MQ=255) ataGTTGTCTCTTTGCGTGGTTTTGTTTTTCACTGTGGTCGCATGCATTTCAAATATGTTTATTTAGCGGATAACGTTAAAAATCGTTAATCAGTATGCTTAATATAACAGGCTGGAGAAAAGAGGAAATAGGACTgg < 1:314545/138‑1 (MQ=255) taGTTGTCTCTTTGCGTGGTTTTGTTTTTCACTGTGGTCGCATGCATTTCAAATATGTTTATTTAGCGGATAACGTTAAAAATCGTTAATCAGTATGCTTAATATAACAGGCTGGAGAAAAGAGGAAATAGGACTGGTg < 1:470992/139‑1 (MQ=255) taGTTGTCTCTTTGCGTGGTTTTGTTTTTCACTGTGGTCGCATGCATTTCAAATATGTTTATTTAGCGGATAACGTTAAAAATCGTTAATCAGTATGCTTAATATAACAGGCTGGAGAAAAGAGGAAATAGGACTGGTg > 2:386091/1‑139 (MQ=255) gTCTCTTTGCGTGGTTTTGTTTTTCACTGTGGTCGCATGCATTTCAAATATGTTTATTTAGCGGATAACGTTAAAAATCGTTAATCAGTATGCTTAATATAACAGGCTGGAGAAAAGAGGAAATAGGACTGGTGCtt > 2:259649/1‑137 (MQ=255) tctcTTTGCGTGGTTTTGTTTTTCACTGTGGTCGCATGCATTTCAAATATGtttatt > 1:404511/1‑57 (MQ=255) tctcTTTGCGTGGTTTTGTTTTTCACTGTGGTCGCATGCATTTCAAATATGtttatt < 2:404511/57‑1 (MQ=255) tctcTTTGCGTGGTTTTGTTTTTCACTGTGGTCGCATGCATTTCAAATATGTTTATTTAGCGGATAACGTTAAAAATCGTTAATCAGt < 1:511457/88‑1 (MQ=255) tctcTTTGCGTGGTTTTGTTTTTCACTGTGGTCGCATGCATTTCAAATATGTTTATTTAGCGGATAACGTTAAAAATCGTTAATCAGt > 2:511457/1‑88 (MQ=255) tctcTTTGCGTGGTTTTGTTTTTCACTGTGGTCGCATGCATTTCAAATATGTTTATTTAGCGGATAACGTTAAAAATCGTTAATCAGTATGCTTAATATAACAGGCTGGAGAAAAGAGGAAATAGGACTGGTGCTTCAg > 1:465987/1‑139 (MQ=255) ttGCGTGGTTTTGTTTTTCACTGTGGTCGCATGCATTTCAAATATGTTTATTTAGCGGATAACGTTAAAAATCGTTAATCAGTATGCTTAATATAACAGGCTGGAGAAAAGAGGAAATAGGACTGGTGCTTCAGTACt > 2:218113/1‑138 (MQ=255) cGTGGTTTTGTTTTTCACTGTGGTCGCATGCATTTCAAATATGTTTATTTAGCGGATAACGTTAAAAATCGTTAATCAGTATGCTTAATATAACAGGCTGGAGAAAAGAGGAAATAGGACTGGTGCTTCAGTACTGAg < 1:386091/138‑1 (MQ=255) gTGGTTTTGTTTTTCACTGTGGTCGCATGCATTTCAAATATGTTTATTTAGCGGATAACGTTAAAAATCGTTAATCAGTATGCTTAATATAACAGGCTGGAGAAAAGAGGAAATAGGACTGGTGCTTCAGTACTGAGCg < 1:218113/139‑1 (MQ=255) | CTTGCAATGCGACCCATTTCTGAAATACTCAGCTGATCAATTGCCGAAAAAATGGCTATCAACGTAAGTGTCAGTAATAAGACAACCACAATTGCAGACATGATTTCTTTATAGTTGTCTCTTTGCGTGATTTTGTTTTTCACTGTGGTCGCATGCATTTCAAATATGTTTATTTAGCGGATAACGTTAAAAATCGTTAATCAGTATGCTTAATATAACAGGCTGGAGAAAAGAGGAAATAGGACTGGTGCTTCAGTACTGAGCG > NZ_CP009273/1578059‑1578323 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |