Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP009273 | 1,613,590 | A→C | T72P (ACC→CCC) | marR → | multiple antibiotic resistance transcriptional regulator MarR |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 1,613,590 | 0 | A | C | 100.0% | 97.8 / NA | 28 | T72P (ACC→CCC) | marR | multiple antibiotic resistance transcriptional regulator MarR |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base C (18/10); total (18/10) |
GCCTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCTCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTGGGAGCACTGACCCGTATGCTGGATCGCCTGGTCTGTAAAGGCTGGGTGGAAAGGTTGCCGAACCCGAATGACAAGCGCGGCGTACTGGTAAAACTTACCACCGGCGGCGCGGCAATATGTGAACAATGCCATCAATTAGTTGGC > NZ_CP009273/1613456‑1613724 | gCCTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCTCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTGGGAGCACTGcccc < 2:558572/138‑1 (MQ=255) aCGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCTCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTGGGAGCACTGCCCCGTATGCTgg < 1:259059/138‑1 (MQ=255) tATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCTCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTGGGAGCACTGCCCCGTATGCTGGATCGcc < 2:211382/139‑1 (MQ=255) aTCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCTCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTGGGAGCACTGCCCCGTATGCTGGATCGCCt > 2:87079/1‑139 (MQ=255) tCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCTCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTGGGAGCACTGCCCCGTATGCTGGATCGCCTg > 2:127496/1‑139 (MQ=255) cGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCTCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTGGGAGCACTGCCCCGTATGCTGGATCGCCTGGTCTGTa > 1:238702/1‑138 (MQ=255) atatTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCTCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTGGGAGCACTGCCCCGTATGCTGGATCGCCTGGTCTGTAAAGGCTg > 1:201334/1‑139 (MQ=255) ggCACAGTTTAAGGTGCTCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTGGGAGCACTGCCCCGTATGCTGGATCGCCTGGTCTGTAAAGGCTGGGTGGAAAgg < 2:241647/139‑1 (MQ=255) tttAAGGTGCTCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTGGGAGCACTGCCCCGTATGCTGGATCGCCTGGTCTGTAAAGGCTGGGTGGAAAGGTTGCCGa < 2:201334/139‑1 (MQ=255) tctgctctATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTGGGAGCACTGCCCCGTATGCTgg > 2:471974/1‑90 (MQ=255) tctgctctATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTGGGAGCACTGCCCCGTATGCTgg < 1:471974/90‑1 (MQ=255) tctgctctATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTGGGAGCACTGCCCCGTATGCTGGATCGCCTGGTCTGTAAAGGCTGGGTGGAAAGGTTGCCGAACCCGAATGa > 1:270683/1‑139 (MQ=255) tctgctctATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTGGGAGCACTGCCCCGTATGCTGGATCGCCTGGTCTGTAAAGGCTGGGTGGAAAGGTTGCCGAACCCGAATGa > 2:60681/1‑139 (MQ=255) tctgctctATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTGGGAGCACTGCCCCGTATGCTGGATCGCCTGGTCTGTAAAGGCTGGGTGGAAAGGTTGCCGAACCCGAATGa > 2:11183/1‑139 (MQ=255) tCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTGGGAGCACTGCCCCGTATGCTGGATCGCCTGGTCTGTAAAGGCTGGGTGGAAAGGTTGCCGAACCCGAATGACAAGcgcg < 2:238702/138‑1 (MQ=255) tGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTGGGAGCACTGCCCCGTATGCTGGATCGCCTGGTCTGTAAAGGCTGGGTGGAAAGGTTGCCGAACCCGAATGACAAGCGCGGCGTAc > 1:68014/1‑139 (MQ=255) tGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTGGGAGCACTGCCCCGTATGCTGGATCGCCTGGTCTGTAAAGGCTGGGTGGAAAGGTTGCCGAACCCGAATGACAAGCGCGGCGTAc > 1:207073/1‑139 (MQ=255) tCCGGTTGAACTGAAAAAGGGATTGTCGGTCGACCTGGGAGCACTGCCCCGTATGCTGGATCGCCTGGTCTGTAAAGGCTGGGGGGAAAGGTTGCCGAACCCGAATGACAAGCGCGGCGTACTGGTAAAACTTaccacc > 2:32502/1‑139 (MQ=255) gTTGAACTGAAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTGGGAGCACTGCCCCGTATGCTGGATCGCCTGGTCTGTAAAGGCTGGGTGGAAAGGTTGCCGAACCCGAATGACAAGCGCGGCGTACTGGTAAAACTTACCACcggcg > 1:565877/1‑139 (MQ=255) gTTGAACTGAAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTGGGAGCACTGCCCCGTATGCTGGATCGCCTGGTCTGTAAAGGCTGGGTGGAAAGGTTGCCGAACCCGAATGACAAGCGCGGCGTACTGGTAAAACTTACCACcggcg > 2:516425/1‑139 (MQ=255) gAACTGAAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTGGGAGCACTGCCCCGTATGCTGGATCGCCTGGTCTGTAAAGGCTGGGTGGAAAGGTTGCCGAACCCGAATGACAAGCGCGGCGTACTGGTAAAACTTACCACCggcggc < 1:350664/138‑1 (MQ=255) aCTGAAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTGGGAGCACTGCCCCGTATGCTGGATCGCCTGGTCTGTAAAGGCTGGGTGGAAAGGTTGCCGAACCCGAATGACAAGCGCGGCGTACTGGTAAAACTTACCACCGgcggcgcg > 2:560627/1‑139 (MQ=255) aaaGGTATTGTCGGTCGACCTGGGAGCACTGCCCCGTATGCTGGATCGCCTGGTCTGTAAAGGCTGGGCGGAAAGGTTGCCGAACCCGAATGACAAGCGCGGCGTACTGGTAAAACTTACCACCGGCGGCGCGGCAat > 2:330688/1‑138 (MQ=255) tGTCGGTCGACCTGGGAGCACTGCCCCGTATGCTGGATCGCCTGGTCTGTAAAGGCTGGGTGGAAAGGTTGCCGAACCCGAATGACAAGCGCGGCGTACTGGTAAAACTTACCACCGGCGGCGCGGCAATATGTGAAc > 1:221788/1‑138 (MQ=255) tcggtcgACCTGGGAGCACTGCCCCGTATGCTGGATCGCCTGGTCTGTAAAGGCTGGGTGGAAAGGTTGCCGAACCCGAATGACAAGCGCGGCGTACTGGTAAAACTTACCACCGGCGGCGCGGCAATATGTGAACaa < 1:87079/138‑1 (MQ=255) gtcgACCTGGGAGCACTGCCCCGTATGCTGGATCGCCTGGTCTGTAAAGGCTGGGTGGAAAGGTTGCCGAACCCGAATGACAAGCGCGGCGTACTGGTAAAACTTACCACCGGCGGCGCGGCAATATGTGAACAATGcc < 2:520818/139‑1 (MQ=255) cTGCCCCGTATGCTGGATCGCCTGGTCTGTAAAGGCTGGGTGGAAAGGTTGCCGAACCCGAATGACAAGCGCGGCGt < 2:419935/77‑1 (MQ=255) cTGCCCCGTATGCTGGATCGCCTGGTCTGTAAAGGCTGGGTGGAAAGGTTGCCGAACCCGAATGACAAGCGCGGCGt > 1:419935/1‑77 (MQ=255) cTGCCCCGTATGCTGGATCGCCTGGTCTGTAAAGGCTGGGTGGAAAGGTTGCCGAACCCGAATGACAAGCGCGGCGTACTGGTAAAACTTACCACCGGCGGCGCGGCAATATGTGAACAATGCCATCAATTAGTTGGc > 1:232008/1‑138 (MQ=255) | GCCTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCTCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTGGGAGCACTGACCCGTATGCTGGATCGCCTGGTCTGTAAAGGCTGGGTGGAAAGGTTGCCGAACCCGAATGACAAGCGCGGCGTACTGGTAAAACTTACCACCGGCGGCGCGGCAATATGTGAACAATGCCATCAATTAGTTGGC > NZ_CP009273/1613456‑1613724 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |