Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP009273 | 3,617,742 | A→G | E2G (GAA→GGA) | yhhI → | ISAs1‑like element ISEc1 family transposase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 3,617,742 | 0 | A | G | 100.0% | 58.9 / NA | 19 | E2G (GAA→GGA) | yhhI | ISAs1‑like element ISEc1 family transposase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (9/10); total (9/10) |
GTTCACTTTTTGCACTAAATAATTCGCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACCTAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGAACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGACAAACCTGGAAAGTGGAACATAAATTATCGGATATTCTACTGTTGACTATTTGTGCCGTTATTTCTGGTGCAGAAGGTTGGGA > NZ_CP009273/3617613‑3617871 | gTTCACTTTTTGCACTAAATAATTCGCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACCTAATTAAGGAGAACAAAATGGGACTTaaaa > 1:171318/1‑138 (MQ=255) tGCACTAAATAATTCGCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACCTAATTAAGGAGAACAAAATGGGACTTAAAAAATTGATGGa < 2:256736/138‑1 (MQ=37) gCACTAAATAATTCTCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACCTAATTAAGGAGAACAAAATGGGACTTAAAAAATTGATGGaa < 2:53402/138‑1 (MQ=255) aataatTCGCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACCTAATTAAGGAGAACAAAATGGGACTTAAAAAATTGATGGAACatat < 2:125844/137‑1 (MQ=21) aaaaaTTGAGATATTCCTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACCTAATTAAGGAGAACAAAATGGGACTTAAAAAATTGATGGAACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGa < 1:447324/138‑1 (MQ=21) ttttttATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACCTAATTAAGGAGAACAAAATGGGACTTAAAAAATTGATGGAACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGACAAACCTGGAAAGTGGAACATAAATTATCGGa < 1:121298/137‑1 (MQ=37) ttttttATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACCTAATTAAGGAGAACAAAATGGGACTTAAAAAATTGATGGAACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGACAAACCTGGAAAGTGGAACATAAATTATCGGa < 1:272933/137‑1 (MQ=37) tataCATGATCAAATACTCCTTACCTAATTAAGGAGAACAAAATGGGACTTAAAAAATTGATGGAACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGa > 1:484182/1‑93 (MQ=37) tataCATGATCAAATACTCCTTACCTAATTAAGGAGAACAAAATGGGACTTAAAAAATTGATGGAACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGa < 2:484182/93‑1 (MQ=37) aTCAAATACTCCTTACCTAATTAAGGAGAACAAAATGGGACTTAAAAAATTGATGGAACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGACAAACCTGGAAAGTGGAACATAAATTATCGGATATTCTACTGTTGACTATTtgt > 2:574730/1‑139 (MQ=37) aTCAAATACTCCTTACCTAATTAAGGAGAACAAAATGGGACTTAAAAAATTGATGGAACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGACAAACCTGGAAAGTGGAACATAAATTATCGGATATTCTACTGTTGACTATTtgt > 2:511543/1‑139 (MQ=37) aTCAAATACTCCTTACCTAATTAAGGAGAACAAAATGGGACTTAAAAAATTGATGGAACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGACAAACCTGGAAAGTGGAACATAAATTATCGGATATTCTACTGTTGACTATTtgt > 2:15667/1‑139 (MQ=37) aTCAAATACTCCTTACCTAATTAAGGAGAACAAAATGGGACTTAAAAAATTGATGGAACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGACAAACCTGGAAAGTGGAACATAAATTATCGGATATTCTACTGTTGACTATTtgt > 1:461669/1‑139 (MQ=37) tCAAATACTCCTTACCTAATTAAGGAGAACAAAATGGGACTTAAAAAATTGATGGAACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGACAAACCTGGAAAGTGGAACATAAATTATCGGATATTCTACTGTTGACTATTtgt > 1:487103/1‑138 (MQ=37) tCAAATACTCCTTACCTAATTAAGGAGAACAAAATGGGACTTAAAAAATTGATGGAACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGACAAACCTGGAAAGTGGAACATAAATTATCGGATATTCTACTGTTGACTATTtgt < 2:487103/138‑1 (MQ=37) tACCTAATTAAGGAGAACAAAATGGGACTTAAAAAATTGATGGAACATATTTCTATTATccc < 2:11952/62‑1 (MQ=25) tACCTAATTAAGGAGAACAAAATGGGACTTAAAAAATTGATGGAACATATTTCTATTATccc > 1:11952/1‑62 (MQ=25) aTTAAGGAGAACAAAATGGGACTTAAAAAATTGATGGAACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGACAAACCTGGAAAGTGGAACATAAATTATCGGATATTCTACTGTTGACTATTTGTGCCGTTATTTCTGGTg > 1:462060/1‑136 (MQ=17) aCAAAATGGGACTTAAAAAATTGATGGAACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGACAAACCTGGAAAGTGGAACATAAATTATCGGATATTCTACTGTTGACTATTTGTGCCGTTATTTCTGGTGCAGAAGGTTGGGa < 2:462060/139‑1 (MQ=21) | GTTCACTTTTTGCACTAAATAATTCGCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACCTAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGAACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGACAAACCTGGAAAGTGGAACATAAATTATCGGATATTCTACTGTTGACTATTTGTGCCGTTATTTCTGGTGCAGAAGGTTGGGA > NZ_CP009273/3617613‑3617871 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |