| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP009273 | 791,624 | T→C | S103P (TCG→CCG) | modB → | molybdate ABC transporter permease subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 791,624 | 0 | T | C | 96.5% | 90.5 / ‑3.2 | 29 | S103P (TCG→CCG) | modB | molybdate ABC transporter permease subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (14/14); total (15/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.54e-01 | |||||||||||
ACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGAACACTGGGGGCCGGGCGCTGGCGCGTTTTCTTTACTATCACGTTACCGCTGACCTTACC > NZ_CP009273/791488‑791757 | aCCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGCCg > 1:452202/1‑139 (MQ=255) tcgGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGCCGTTTCCGCTGATGGt < 2:78143/139‑1 (MQ=255) ggTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGCCGTTTCCGCTGATGGTg < 1:65755/138‑1 (MQ=255) ttaGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGCCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTc < 1:36143/139‑1 (MQ=255) tCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGCCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGgcg < 1:464313/138‑1 (MQ=255) gATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCACGCTGCCGCCGTCATGCCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTg > 2:400502/1‑139 (MQ=255) tGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGCCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGa < 1:402197/139‑1 (MQ=255) ggCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGCCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGt < 2:243228/139‑1 (MQ=255) cgcgGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGCCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGtt > 1:210234/1‑138 (MQ=255) tATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGCCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGc > 2:92963/1‑137 (MQ=255) tggcTGGTGTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGAGCGGCGCAGTTCTCGATGCCGCAGTGACGCCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATACGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGa < 2:236854/136‑1 (MQ=255) gTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGCCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGAACACTg > 2:538365/1‑139 (MQ=255) ttGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGCCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGAACACTggg > 2:570110/1‑139 (MQ=255) aCCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGCCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGAACACTGGGGGCCGGgc > 1:536978/1‑139 (MQ=255) aCCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGCCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGAACACTGGGGGCCGGgc > 1:507596/1‑139 (MQ=255) cGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGCCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGAACACTGGGGGCCGGGCGCTgg > 1:131387/1‑139 (MQ=255) gCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGCCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGAACACTGGGGGCCGGGCGCTGgc > 2:302151/1‑139 (MQ=255) cTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGCCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGAACACTGGGGGCCGGGCGCTGgcgc < 2:210234/139‑1 (MQ=255) gcgcggcgcgGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGCCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGAACACTGGGGGCCGGGCGCTGGCGCGTTTTCt < 1:538365/137‑1 (MQ=255) gcgcggTTCTCGCTGCCGCCGTCATGCCGTTTCCGCGGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGAACACTGGGGGCCGGGCGCTGGCGCGTTTTCTTTACTAt < 2:429522/139‑1 (MQ=255) cTGCCGCCGTCATGCCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGAACACTGGGGGCCGGGCGCTGGCGCGTTTTCTTTACTATCACGTTACCGCt < 1:92963/139‑1 (MQ=255) cgccgTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGAACACTGGGGGCCGGGCGCTGGCGCGTTTTCTTTACTATCACGTTACCGCTGAcc > 2:536867/1‑139 (MQ=255) 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tCATGCCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGAACACTGGGGGCCGGGCGCTGGCGCGTTTTCTTTACTATCACGTTACCGCTGACCTTAcc < 1:216971/139‑1 (MQ=255) | ACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGAACACTGGGGGCCGGGCGCTGGCGCGTTTTCTTTACTATCACGTTACCGCTGACCTTACC > NZ_CP009273/791488‑791757 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |