| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP009273 | 1,201,626 | A→G | pseudogene (34/786 nt) | BW25113_RS05980 → | baseplate J/gp47 family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 1,201,626 | 0 | A | G | 100.0% | 101.0 / NA | 27 | pseudogene (34/786 nt) | BW25113_RS05980 | baseplate J/gp47 family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (11/16); total (11/16) | |||||||||||
CTGTCTGTGCCTGAGGGGAAACTTTTACGCCTACAAAGTGAAAGCATTTGGCGAAGTGGCTGAACTGCTGCCCGTCGATCCCGGCTGTGTGGTATATGCGCTGGGAAGGTGTCAGCGATGGCCTGAAGGTGACCGCCGGGAGTGTTATTCAGCGCGATGACCTGGTGCAGTACACGACAACTGACGATGCAACCAGCTCCGGTGGTGTCCTGCGCGTGCCGATCGCCTGCTCAAGTGCAGGTGCG > NZ_CP009273/1201501‑1201745 | ctgtctgtGCCTGAGGGGAAACTTTTACGCCTACAAAGTGAAAGCATTTGGCGAAGTGGCTGAACTGCTGCCCGTCGATCCCGGCTGTGTGGTATATGCGCTGGGAAGGTGTCAGCGATGGCCTGGAGGTGACCGCCgg < 2:375161/139‑1 (MQ=255) tgtgCCTGAGGGGAAACTTTTACGCCTACAAAGTGAAAGCATTTGGCGAAGTGGCTGAACTGCTGCCCGTCGATCCCGGCTGTGTGGTATATGCGCTGGGAAGGTGTCAGCGATGGCCTGGAGGTGACCGCCGGGAgtg > 1:347726/1‑139 (MQ=255) aaaCTTTTACGCCTACAAAGTGAAAGCATTTGGCGAAGTGGCTGAACTGCTGCCCGTCGATCCCGGCTGTGTGGTATATGCGCTGGGAAGGTGTCAGCGATGGCCTGGAGGTGACCGCCGGGAGTGTTATTCAGCGCGa < 1:112538/139‑1 (MQ=255) aaaCTTTTACGCCTACAAAGTGAAAGCATTTGGCGAAGTGGCTGAACTGCTGCCCGTCGATCCCGGCTGTGTGGTATATGCGCTGGGAAGGTGTCAGCGATGGCCTGGAGGTGACCGCCGGGAGTGTTATTCAGCGCGa < 1:336485/139‑1 (MQ=255) aCTTTTACGCCTACAAAGTGAAAGCATTTGGCGAAGTGGCTGAACTGCTGCCCGTCGATCCCGGCTGTGTGGTATATGCGCTGGGAAGGTGTCAGCGATGGCCTGGAGGTGACCGCCGGGAGTGTTATTCAGCGCGATg < 1:455259/139‑1 (MQ=255) ttACGCCTACAAAGTGAAAGCATTTGGCGAAGTGGCTGAACTGCTGCCCGTCGATCCCGGCTGTGTGGTATATGCGCTGGGAAGGTGTCAGCGATGGCCTGGAGGTGACCGCCGGGAGTGTTATTCAGCGCGATGAcc < 2:573426/138‑1 (MQ=255) ttACGCCTACAAAGTGAAAGCATTTGGCGAAGTGGCTGAACTGCTGCCCGTCGATCCCGGCTGTGTGGTATATGCGCTGGGAAGGTGTCAGCGATGGCCTGGAGGTGACCGCCGGGAGTGTTATTCAGCGCGATGAcc < 1:214902/138‑1 (MQ=255) ttACGCCTACAAAGTGAAAGCATTTGGCGAAGTGGCTGAACTGCTGCCCGTCGATCCCGGCTGTGTGGTATAGGCGCTGGGAAGGTGTCAGCGATGGCCTGGAGGTGGACGCCGGGAGTGTTATTCAGCGCGATGAcc < 2:11137/138‑1 (MQ=255) aCGCCTACAAAGTGAAAGCATTTGGCGAAGTGGCTGAACTGCTGCCCGTCGATCCCGGCTGTGTGGTATATGCGCTGGGAAGGTGTCAGCGATGGCCTGGAGGTGACCGCCGGGAGTGTTATTCAGCGCGATGACCTg < 1:268239/138‑1 (MQ=255) gCCTACAAAGTGAAAGCATTTGGCGAAGTGGCTGAACTGCTGCCCGTCGATCCCGGCTGTGTGGTATATGCGCTGGGAAGGTGTCAGCGATGGCCTGGAGGTGACCGCCGGGAGTGTTATTCAGCGCGATGACCTGGTg < 1:470097/139‑1 (MQ=255) gCCTACAAAGTGAAAGCATTTGGCGAAGTGGCTGAACTGCTGCCCGTCGATCCCGGCTGTGTGGTATATGCGCTGGGAAGGTGTCAGCGATGGCCTGGAGGTGACCGCCGGGAGTGTTATTCAGCGCGATGACCTGGTg < 1:504998/139‑1 (MQ=255) aaaGCATTTGGCGAAGTGGCTGAACTGCTGCCCGTCGATCCCGGCTGTGTGGTATATGCGCTGGGAAGGTGTCAGCGATGGCCTGGAGGTGACCGCCGGGAGTGTTATTCAGCGCGATGACCTGGTGCAGTACACGAc > 1:47488/1‑138 (MQ=255) cATTTGGCGAAGTGGCTGAACTGCTGCCCGTCGATCCCGGCTGTGTGGTATATGCGCTGGGAAGGTGTCAGCGATGGCCTGGAGGTGACCGCCGGGAGTGTTATTCAGCGCGATGACCTGGTGCAGTACACGACAACTg < 1:58733/139‑1 (MQ=255) gctgcCCGTCGATCCCGGCTGTGTGGTATATGCGCTGGGAAGGTGTCAGCGATGGCCTGGAGGTGACCGCCGGGAGTGTTATTCAGCGCGATGACCTGGTGCAGTACACGACAACTGACGATGCAACCAGCTCCggtgg > 2:325686/1‑139 (MQ=255) tgcCCGTCGATCCCGGCTGTGTGGTATATGCGCTGGGAAGGTGTCAGCGATGGCCTGGAGGTGACCGCCGGGAGTGTTATTCAGCGCGATGACCTGGTGCAGTACACGACAACTGACGATGCAACCAGCTCCGgtggtg > 1:212346/1‑139 (MQ=255) tgcCCGTCGATCCCGGCTGTGTGGTATATGCGCTGGGAAGGTGTCAGCGATGGCCTGGAGGTGACCGCCGGGAGTGTTATTCAGCGCGATGACCTGGTGCAGTACACGACAACTGACGATGCAACCAGCTCCGgtggtg > 1:205428/1‑139 (MQ=255) gcCCGTCGATCCCGGCTGTGTGGTATATGCGCTGGGGAGGTGTCAGCGATGGCCTGGAGGTGACCGCCGGGAGTGTTATTCAGCGCGATGACCTGGTGCAGTACACGACAACTGACGATGCAACCAGCTCCGGTGgtgt > 2:481526/1‑139 (MQ=255) cGTCGATCCCGGCTGTGTGGTATATGCGCTGGGAAGGTGTCAGCGATGGCCTGGAGGTGACCGCCGGGAGTGTTATTCAGCGCGATGAcc > 1:461417/1‑90 (MQ=255) cGTCGATCCCGGCTGTGTGGTATATGCGCTGGGAAGGTGTCAGCGATGGCCTGGAGGTGACCGCCGGGAGTGTTATTCAGCGCGATGAcc < 2:461417/90‑1 (MQ=255) cTGTGTGGTATATGCGCTGGGAAGGTGTCAGCGATGGCCTGGAGGTGACCGCCgg > 2:19581/1‑55 (MQ=255) cTGTGTGGTATATGCGCTGGGAAGGTGTCAGCGATGGCCTGGAGGTGACCGCCgg < 1:19581/55‑1 (MQ=255) tataTGCGCTGGGAAGGTGTCAGCGATGGCCTGGAGGTGACCGCCGGGAGTGTTATTCAGCGCGATGACCTGGTGCAGTACACGACAACTGACGATGCAACCAGCTCCGGTGGTGTCCTGCGCGTGCCGATCGCCTGCt > 1:295693/1‑139 (MQ=255) gcgcTGGGAAGGTGTCAGCGATGGCCTGGAGGTGACCGCCGGGAGTGTTATTCAGcgcg < 2:151823/59‑1 (MQ=255) gcgcTGGGAAGGTGTCAGCGATGGCCTGGAGGTGACCGCCGGGAGTGTTATTCAGcgcg > 1:151823/1‑59 (MQ=255) gcgcTGGGAAGGTGTCAGCGATGGCCTGGAGGTGACCGCCGGGAGTGTTATTCAGCGCGATGACCTGGTGCAGTACACGACAACTGACGATGCAACCAGCTCCGGTGGTGTCCTGCGCGTGCCGATCGc < 1:246791/129‑1 (MQ=255) gcgcTGGGAAGGTGTCAGCGATGGCCTGGAGGTGACCGCCGGGAGTGTTATTCAGCGCGATGACCTGGTGCAGTACACGACAACTGACGATGCAACCAGCTCCGGTGGTGTCCTGCGCGTGCCGATCGc > 2:246791/1‑129 (MQ=255) aGGTGTCAGCGATGGCCTGGAGGTGACCGCCGGGAGTGTTATTCAGCGCGATGACCTGGTGCAGTACACGACAACTGACGATGCAACCAGCTCCGGTGGTGTCCTGCGCGTGCCGATCGCCTGCTCAAGTGCAGGTGcg < 2:205428/139‑1 (MQ=255) | CTGTCTGTGCCTGAGGGGAAACTTTTACGCCTACAAAGTGAAAGCATTTGGCGAAGTGGCTGAACTGCTGCCCGTCGATCCCGGCTGTGTGGTATATGCGCTGGGAAGGTGTCAGCGATGGCCTGAAGGTGACCGCCGGGAGTGTTATTCAGCGCGATGACCTGGTGCAGTACACGACAACTGACGATGCAACCAGCTCCGGTGGTGTCCTGCGCGTGCCGATCGCCTGCTCAAGTGCAGGTGCG > NZ_CP009273/1201501‑1201745 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |