Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP009273 | 4,395,910 | 2 bp→CC | intergenic (+108/‑96) | purA → / → nsrR | adenylosuccinate synthase/nitric oxide‑sensing transcriptional repressor NsrR |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 4,395,910 | 0 | T | C | 100.0% | 152.7 / NA | 43 | intergenic (+108/‑97) | purA/nsrR | adenylosuccinate synthase/nitric oxide‑sensing transcriptional repressor NsrR |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (27/16); total (27/16) | |||||||||||
* | NZ_CP009273 | 4,395,911 | 0 | T | C | 100.0% | 153.7 / NA | 43 | intergenic (+109/‑96) | purA/nsrR | adenylosuccinate synthase/nitric oxide‑sensing transcriptional repressor NsrR |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (27/16); total (27/16) |
TGCGCGACCCGTTCGACGCGTAATTCTGGTACGCCTGGCAGATATTTTGCCTGCCGGGCGAACAGTGTGATACATTGCTGTGTCGGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTTTCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCTTGTGGCTGGTTTATCATCAATATAAATGTATTTTTTCCCGATTTCCCTTTTGAGGTTGATGTGCAGTTAACGAGTTTCACTGATTACGGATTACGTG > NZ_CP009273/4395780‑4396043 || tGCGCGACCCGTTCGACGCGTAATTCTGGTACGCCTGGCAGATATTTTGCCTGCCGGGCGAACAGTGTGATACATTGCTGTGTCGGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTCCCCTTccc > 2:363509/1‑139 (MQ=255) cgcgACCCGTTCGACGCGTAATTCTGGTACGCCTGGCAGATATTTTGCCTGCCGGGCGAACAGTGTGATACATTGCTGTGTCGGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTttccccttcccc > 1:368797/1‑138 (MQ=255) cgcgACCCGTTCGACGCGTAATTCTGGTAAGCCTGGCAGATATTTTGCCTGCCGGGCGAACAGTGTGATACATTGCTGTGTCGGGGAAGCCATTACGCTATCCGACACAGAGTTAAATCATCGATTTTCCGCTTcccc > 1:368809/1‑138 (MQ=255) gTACGCCTGGCAGATATTTTGCCTGCCGGGCGAACAGTGTGATACATTGCTGTGTCGGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTCCCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAg > 1:190116/1‑129 (MQ=255) gTACGCCTGGCAGATATTTTGCCTGCCGGGCGAACAGTGTGATACATTGCTGTGTCGGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTCCCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAg < 2:190116/129‑1 (MQ=255) ttGCCTGCCGGGCGAACAGTGTGATACATTGCTGTGTCGGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTCCCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCTTGTGGCTGGTTTatcat < 1:133549/138‑1 (MQ=255) gggCGAACAGTGTGATACATTGCTGTGTCGGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTCCCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCTTGTGGCTGGTTTATCATCAATATAAAt > 2:542063/1‑139 (MQ=255) tACATTGCTGTGTCGGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTCCCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCTTGTGGCTGGTTTATCATCAATATAAATGTATTTTTTCCCGAt > 1:465828/1‑139 (MQ=255) aTTGCTGTGTCGGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTCCCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCTTGTGGCTGGTTTATCATCAATATAAATGTATTTTTTCCCGATTTc > 2:545408/1‑139 (MQ=255) tGCTGTGTCGGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTCCCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCTTGTGGCTGGTTTATCATCAATATAAATGTATTTTTTCCCGATTTccc > 1:90905/1‑139 (MQ=255) tGCTGTGTCGGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTCCCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCTTGTGGCTGGTTTATCATCAATATAAATGTATTTTTTCCCGATTTccc > 1:389805/1‑139 (MQ=255) cTGTGTCGGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTCCCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGaca < 2:353715/85‑1 (MQ=255) cTGTGTCGGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTCCCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGaca > 1:353715/1‑85 (MQ=255) cTGTGTCGGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTCCCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCTTGTGGCTGGTTTATCATCAATATAAATGTATTTTTTCCCGATTTCCCtt > 2:323385/1‑139 (MQ=255) tgtCGGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTCCCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCTTGTGGCTGGTTTATCATCAATATAAATGTATTTTTTCCCGATTTCCCTTTTg > 1:531192/1‑139 (MQ=255) gggTAAGCCATTACGCTATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTCCCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCTTGTGGCTGGTTTATCATCAATATAAATGTATTTTTTCCCGATTTCCCTTTTGAgg < 1:337825/138‑1 (MQ=255) 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tACGCTATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTCCCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCTTGTGGCt > 1:360275/1‑79 (MQ=255) tATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTCCCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCTTGTGGCTGGTTTATCATCAATATAAATGTATTTTTTCCCGATTTCCCTTTTGAGGTTGATGTGCAGTTAAc > 2:211399/1‑138 (MQ=255) tCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTCCCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCTTGTGGCTGGTTTATCATCAATATAAATGTATTTTTTCCCGa > 1:180053/1‑106 (MQ=255) tCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTCCCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCTTGTGGCTGGTTTATCATCAATATAAATGTATTTTTTCCCGa < 2:180053/106‑1 (MQ=255) tCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTCCCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCTTGTGGCTGGTTTATCATCAATATAAATGTATTTTTTCCCGATTTCCCTTTTGAGGTTGATGTGCAGTTAACGAg > 1:543801/1‑139 (MQ=255) cacaGTGTTAAATCCTCGCTTTTCCCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCTTGTGGCTGGTTTATCATCAATATAAATGTATTTTTTCCCGATTTCCCTTTTGAGGTTGATGTGCAGTTAAc < 2:432356/131‑1 (MQ=255) cacaGTGTTAAATCCTCGCTTTTCCCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCTTGTGGCTGGTTTATCATCAATATAAATGTATTTTTTCCCGATTTCCCTTTTGAGGTTGATGTGCAGTTAAc > 1:432356/1‑131 (MQ=255) tgtTAAATCCTCGCTTTTCCCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCTTGTGGCTGGTTTATCATCAATATAAATGTATTTTTTCCCGATTTCCCTTTTGAGGTTGATGTGCAGTTAACGAGTTTCACTgat > 2:32488/1‑139 (MQ=255) tgtTAAATCCTCGCTTTTCCCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCTTGTGGCTGGTTTATCATCAATATAAATGTATTTTTTCCCGATTTCCCTTTTGAGGTTGATGTGCAGTTAACGAGTTTCACTgat > 2:579021/1‑139 (MQ=255) tgtTAAATCCTCGCTTTTCCCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCTTGTGGCTGGTTTATCATCAATATAAATGTATTTTTTCCCGATTTCCCTTTTGAGGTTGATGTGCAGTTAACGAGTTTCACTgat > 2:183695/1‑139 (MQ=255) tgtTAAATCCTCGCTTTTCCCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCTTGTGGCTGGTTTATCATCAATATAAATGTATTTTTTCCCGATTTCCCTTTTGAGGTTGATGTGCAGTTAACGAGTTTCACTgat > 1:548036/1‑139 (MQ=255) ttAAATCCTCGCTTTTCCCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCTTGTGGCTGGTTTATCATCAATATAAATGTATTTTTTCCCGATTTCCCTTTTGAGGTTGATGTGCAGTTAACGAGTTTCACTgatta < 1:284593/139‑1 (MQ=255) tCGCTTTTCCCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCTTGTGGCTGGTTTATCATCAATATAAATGTATTTTTTCCCGAt < 1:111932/87‑1 (MQ=255) tCGCTTTTCCCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCTTGTGGCTGGTTTATCATCAATATAAATGTATTTTTTCCCGAt > 2:111932/1‑87 (MQ=255) tCGCTTTTCCCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCTTGTGGCTGGTTTATCATCAATATAAATGTATTTTTTCCCGATTTCCCTTTTGAGGTTGATGTGCAGTTAAc > 1:477446/1‑116 (MQ=255) tCGCTTTTCCCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCTTGTGGCTGGTTTATCATCAATATAAATGTATTTTTTCCCGATTTCCCTTTTGAGGTTGATGTGCAGTTAAc < 2:477446/116‑1 (MQ=255) tCGCTTTTCCCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCTTGTGGCTGGTTTATCATCAATATAAATGTATTTTTTCCCGATTTCCCTTTTGAGGTTGATGTGCAGTTAACGAGTTTCACTgattacggattac > 2:436477/1‑139 (MQ=255) tCGCTTTTCCCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCTTGTGGCTGGTTTATCATCAATATAAATGTATTTTTTCCCGATTTCCCTTTTGAGGTTGATGTGCAGTTAACGAGTTTCACTgattacggattac > 1:232263/1‑139 (MQ=255) tCGCTTTTCCCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCTTGTGGCTGGTTTATCATCAATATAAATGTATTTTTTCCCGATTTCCCTTTTGAGGTTGATGTGCAGTTAACGAGTTTCACTgattacggattac > 1:71321/1‑139 (MQ=255) gCTTTTCCCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCTTGTGGCTGGTTTATCATCAATATAAATGTATTTTTTCCCGATTTCCCTTTTGAGGTTGATGTGCAGTTAACGAGTTTCACTgattacggattac < 1:363509/137‑1 (MQ=255) cTTTTCCCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCTTGTGGCTGGTTTATCATCAATATAAATGTATTTTTTCCCGATTTCCCTTTTGAGGTTGATGTGCAGTTAACGAGTTTCACTGATTACGGATTACGTg < 2:389805/139‑1 (MQ=255) || TGCGCGACCCGTTCGACGCGTAATTCTGGTACGCCTGGCAGATATTTTGCCTGCCGGGCGAACAGTGTGATACATTGCTGTGTCGGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTTTCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCTTGTGGCTGGTTTATCATCAATATAAATGTATTTTTTCCCGATTTCCCTTTTGAGGTTGATGTGCAGTTAACGAGTTTCACTGATTACGGATTACGTG > NZ_CP009273/4395780‑4396043 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |