| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NZ_CP009273 | = 3341202 | 70 (1.170) | 3 (0.060) | 3/144 | 3.6 | 5.7% | coding (729/855 nt) | rapZ | RNase adapter RapZ |
| ? | NZ_CP009273 | = 3341326 | 38 (0.730) | coding (853/855 nt) coding (2/273 nt) |
rapZ npr |
RNase adapter RapZ PTS phosphocarrier protein NPr |
|||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TACACAATTTTATCTACCAGACGCGAAGCTATCTTGAGCTATGGTTACCTATGCTGGAAACCAACAACCGTAGCTACTTGACGGTCGCCATTGGTTGTACCGGCGGGAAGCACCGTTCGGTGTATATTGCAGAGCAACTGGCAGACTACTTCCGCTCGCGCGGTAAA > NZ_CP009273/3341117‑3341283 | tACACAATTTTATCTACCAGACGCGAAGCTATCTTGAGCTATGGTTACCTATGCTGGAAACCAACAACCGTAGCTACTTGACGGTCGCCa < 1:1669603/90‑1 (MQ=255)tACACAATTTTATCTACCAGACGCGAAGCTATCTTGAGCTATGGTTACCTATGCTGGAAACCAACAACCGTAGCTACTTGACGGTCGCCa < 2:520937/90‑1 (MQ=255) acacAATTTTATCTACCAGACGCGAAGCTATCTTGAGCTATGGTTACCTATGCTGGAAACCAACAACCGTAGCTACTTGACGGTCGCCAt < 1:421972/90‑1 (MQ=255) cacaATTTTATCTACCAGACGCGAAGCTATCTTGAGCTATGGTTACCTATGCTGGAAACCAACAACCGTAGCTACTTGACGGTCGCCAtt > 1:1151611/1‑90 (MQ=255) aTTTTATCTACCAGACGCGAAGCTATCTTGAGCTATGGTTACCTATGCTGGAAACCAACAACCGTAGCTACTTGACGGTCGc > 1:464641/1‑82 (MQ=255) aTTTTATCTACCAGACGCGAAGCTATCTTGAGCTATGGTTACCTATGCTGGAAACCAACAACCGTAGCTACTTGACGGTCGc > 1:1239754/1‑82 (MQ=255) aTTTTATCTACCAGACGCGAAGCTATCTTGAGCTATGGTTACCTATGCTGGAAACCAACAACCGTAGCTACTTGACGGTCGc < 2:464641/82‑1 (MQ=255) aTTTTATCTACCAGACGCGAAGCTATCTTGAGCTATGGTTACCTATGCTGGAAACCAACAACCGTAGCTACTTGACGGTCGc < 2:1239754/82‑1 (MQ=255) aTTTTATCTACCAGACGCGAAGCTATCTTGAGCTATGGTTACCTATGCTGGAAACCAACAACCGTAGCTACTTGACGGTCGCCATTGGtt > 2:118846/1‑90 (MQ=255) aTTTTATCTACCAGACGCGAAGCTATCTTGAGCTATGGTTACCTATGCTGGAAACCAACAACCGTAGCTACTTGACGGTCGCCATTGGtt > 1:23707/1‑90 (MQ=255) aTTTTATCTACCAGACGCGAAGCTATCTTGAGCTATGGTTACCTATGCTGGAAACCAACAACCGTAGCTACTTGACGGTCGCCATTGGtt > 2:426351/1‑90 (MQ=255) aTTTTATCTACCAGACGCGAAGCTATCTTGAGCTATGGTTACCTATGCTGGAAACCAACAACCGTAGCTACTTGACGGTCGCCATTGGtt > 2:545046/1‑90 (MQ=255) tttATCTACCAGACGCGAAGCTATCTTGAGCTATGGTTACCTATGCTGGAAACCAACAACCGTAGCTACTTGACGGTCGCCATTGGTTGt > 1:434097/1‑90 (MQ=255) ttATCTACCAGACGCGAAGCTATCTTGAGCTATGGTTACCTATGCTGGAAACCAACAACCGTAGCTACTTGACGGTCGCCATTGGTTGTa > 2:108276/1‑90 (MQ=255) ttATCTACCAGACGCGAAGCTATCTTGAGCTATGGTTACCTATGCTGGAAACCAACAACCGTAGCTACTTGACGGTCGCCATTGGTTGTa > 1:743197/1‑90 (MQ=255) aTCTACCAGACGCGAAGCTATCTTGAGCTATGGTTACCTATGCTGGAAACCAACAACCGTAGCTACTTGACGGTCGCCATTGGTTGTAcc < 2:1323682/90‑1 (MQ=255) tACCAGACGCGAAGCTATCTTGAGCTATGGTTACCTATGCTGGAAACCAACAACCGTAGCTACTTGACGGTCGCCATTGGTTGTACcggc > 2:1370279/1‑90 (MQ=255) tACCAGACGCGAAGCTATCTTGAGCTATGGTTACCTATGCTGGAAACCAACAACCGTAGCTACTTGACGGTCGCCATTGGTTGTACcggc > 2:825337/1‑90 (MQ=255) ccAGACGCGAAGCTATCTTGAGCTATGGTTACCTATGCTGGAAACCAACAACCGTAGCTACTTGACGGTCGCCATTGGTTGTACcggcgg > 2:1178519/1‑90 (MQ=255) ccAGACGCGAAGCTATCTTGAGCTATGGTTACCTATGCTGGAAACCAACAACCGTAGCTACTTGACGGTCGCCATTGGTTGTACcggcgg > 1:659113/1‑90 (MQ=255) ccAGACGCGAAGCTATCTTGAGCTATGGTTACCTATGCTGGAAACCAACAACCGTAGCTACTTGACGGTCGCCATTGGTTGTACcggcgg > 1:376658/1‑90 (MQ=255) aGACGCGAAGCTATCTTGAGCTATGGTTACCTATGCTGGAAACCAACAACCGTAGCTACTTGACGGTCGCCATTGGTTGTACCGGCGGGa > 2:83478/1‑90 (MQ=255) aGACGCGAAGCTATCTTGAGCTATGGTTACCTATGCTGGAAACCAACAACCGTAGCTACTTGACGGTCGCCATTGGTTGTACCGGCGGGa < 1:1157797/90‑1 (MQ=255) aGACGCGAAGCTATCTTGAGCTATGGTTACCTATGCTGGAAACCAACAACCGTAGCTACTTGACGGTCGCCATTGGTTGTACCGGCGGGa < 2:701301/90‑1 (MQ=255) cgAAGCTATCTTGAGCTATGGTTACCTATGCTGGAAACCAACAACCGTAGCTACTTGACGGTCGCCATTGGTTGTACCGGCGGGAAGCAc < 1:661924/90‑1 (MQ=255) cgAAGCTATCTTGAGCTATGGTTACCTATGCTGGAAACCAACAACCGTAGCTACTTGACGGTCGCCATTGGTTGTACCGGCGGGAAGCAc < 1:146741/90‑1 (MQ=255) cgAAGCTATCTTGAGCTATGGTTACCTATGCTGGAAACCAACAACCGTAGCTACTTGACGGTCGCCATTGGTTGTACCGGCGGGAAGCAc < 2:1319107/90‑1 (MQ=255) gCTATCTTGAGCTATGGTTACCTATGCTGGAAACCAACAACCGTAGCTACTTGACGGTCGCCATTGGTTGTACCGGCGGGAAGCACCGtt < 2:888165/90‑1 (MQ=255) cTATCTTGAGCTATGGTTACCTATGCTGGAAACCAACAACCGTAGCTACTTGACGGTCGCCATTGGTTGTACCGGCGGGAAGCACCGTTc < 1:83478/90‑1 (MQ=255) cTATCTTGAGCTATGGTTACCTATGCTGGAAACCAACAACCGTAGCTACTTGACGGTCGCCATTGGTTGTACCGGCGGGAAGCACCGTTc < 2:376658/90‑1 (MQ=255) cTATCTTGAGCTATGGTTACCTATGCGGGAAACCAACAACCGTAGCTACTTGACGGTCGCCATTGGTTGTACCGGCGGGAAGCACCGGTc < 2:400473/90‑1 (MQ=255) aTCTTGAGCTATGGTTACCTATGCTGGAAACCAACAACCGTAGCTACTTGACGGTCGCCATTGGTTGTACCGTCGGGAAGCACCGTTCgg < 1:1725889/90‑1 (MQ=255) aTCTTGAGCTATGGTTACCTATGCTGGAAACCAACAACCGTAGCTACTTGACGGTCGCCATTGGTTGTACCGGCGGGAAGCACCGTTCgg < 2:803711/90‑1 (MQ=255) aTCTTGAGCTATGGTTACCTATGCTGGAAACCAACAACCGTAGCTACTTGACGGTCGCCATTGGTTGTACCGGCGGGAAGCACCGTTCgg < 1:1370279/90‑1 (MQ=255) aTCTTGAGCTATGGTTACCTATGCTGGAAACCAACAACCGTAGCTACTTGACGGTCGCCATTGGTTGTACCGGCGGGAAGCACCGTTCgg < 1:86982/90‑1 (MQ=255) aTCTTGAGCTATGGTTACCTATGCTGGAAACCAACAACCGTAGCTACTTGACGGTCGCCATTGGTTGTACCGGCGGGAAGCACCGTTCgg < 2:1603878/90‑1 (MQ=255) aTCTTGAGCTATGGTTACCTATGCTGGAAACCAACAACCGTAGCTACTTGACGGTCGCCATTGGTTGTACCGGCGGGAAGCACCGTTCgg < 2:1114389/90‑1 (MQ=255) aTCTTGAGCTATGGTTACCTATGCTGGAAACCAACAACCGTAGCTACTTGACGGTCGCCATTGGTTGTACCGGCGGGAAGCACCGTTCgg < 2:1151611/90‑1 (MQ=255) cTTGAGCTATGGTTACCTATGCTGGAAACCAACAACCGTAGCTACTTGACGGTCGCCATTGGTTGTACCGGCGGGAAGCACCGTTCGgtg < 1:276419/90‑1 (MQ=255) cTTGAGCTATGGTTACCTATGCTGGAAACCAACAACCGTAGCTACTTGACGGTCGCCATTGGTTGTACCGGCGGGAAGCACCGTTCGgtg < 2:28411/90‑1 (MQ=255) cTTGAGCTATGGTTACCTATGCTGGAAACCAACAACCGTAGCTACTTGACGGTCGCCATTGGTTGTACCGGCGGGAAGCACCGTTCGgtg < 1:22248/90‑1 (MQ=255) gCTATGGTTACCTATGCTGGAAACCAACAACCGTAGCTACTTGACGGTCGCCATTGGTTGTAcc < 1:18824/64‑1 (MQ=255) gCTATGGTTACCTATGCTGGAAACCAACAACCGTAGCTACTTGACGGTCGCCATTGGTTGTAcc > 2:18824/1‑64 (MQ=255) aTGGTTACCTATGCTGGAAACCAACAACCGTAGCTACTTGACGGTCGCCATTGGTTGTACCGGCGGGGAGGACCCATCGGTGGATAtttg > 1:1360612/1‑88 (MQ=255) aTGGTTACCTATGCTGGAAACCAACAACCGTAGCTACTTGACGGTCGCCATTGGTTGTACCGGCGGGGAGAACCCTTCGGGGTGTAtttc > 2:98662/1‑88 (MQ=255) aTGGTTACCTATGCTGGAAACCAACAACCGTAGCTACTTGACGGTCGCCATTGGTTGTACCGGCGGGAAGGACCGTTCGGGGGATAtttc > 1:1455134/1‑88 (MQ=255) aTGGTTACCTATGCTGGAAACCAACAACCGTAGCTACTTGACGGTCGCCATTGGTTGTACCGGCGGGAAGCACCg > 1:1393228/1‑75 (MQ=255) aTGGTTACCTATGCTGGAAACCAACAACCGTAGCTACTTGACGGTCGCCATTGGTTGTACCGGCGGGAAGCACCg < 2:1393228/75‑1 (MQ=255) aTGGTTACCTATGCTGGAAACCAACAACCGTAGCTACTTGACGGTCGCCATTGGTTGTACCGGCGGGAAGAACCGCTCGGTGTATAtttc > 2:919002/1‑88 (MQ=255) ggTTACCTATGCTGGAAACCAACAACCGTAGCTACTTGACGGTCGCCATTGGTTGTACCGGCGGGAAGCACCGTTCGGTGTATATTGCag < 1:718455/90‑1 (MQ=255) tACCTATGCTGGAAACCAACAACCGTAGCTACTTGACGGTCGCCATTGGTTGTACCGGCGGGGAGCACCGTTCgg > 1:958349/1‑75 (MQ=255) tACCTATGCTGGAAACCAACAACCGTAGCTACTTGACGGTCGCCATTGGTTGTACCGGCGGGAAGCACCGTTCgg < 2:958349/75‑1 (MQ=255) aCCTATGCTGGAAACCAACAACCGTAGCTACTTGACGGTCGCCATTGGTTGTACCGGCGGGAAGCACCGTTCGGTGTATATTGCAGAGCa < 1:696896/90‑1 (MQ=255) aTGCTGGAAACCAACAACCTTAGCTACTTGACGGTCGCCATTGGTTGTACCGGCGGGAAGCACCCCTCGGCGTATATTTCAGAGCAACTg > 2:689774/1‑90 (MQ=255) aTGCTGGAAACCAACAACCGTAGCTACTTGACGGTCGCCATTGGTTGTACCGGCGGGGAGCACCGGTCGGGGGATATTTCAGAGGAACTg > 1:1482954/1‑90 (MQ=255) aTGCTGGAAACCAACAACCGTAGCTACTTGACGGTCGCCATTGGTTGTACCGGCGGGAAGGACCGTTCGGGGGATATTGCAGCGGAAccg > 2:1004356/1‑88 (MQ=255) aTGCTGGAAACCAACAACCGTAGCTACTTGACGGTCGCCATTGGTTGTACCGGCGGGAAGCACCGTTCGGTGTATATTGCAGAGCAACTg < 1:545046/90‑1 (MQ=255) gCTGGAAACCAACAACCGTAGCTACTTGACGGTCGCCATTGGTTGTACCGGCGGGGAGCACCCGTTGGTGGATATTGTAGAGCAACTGGc > 2:118320/1‑90 (MQ=255) cTGGAAACCAACAACCGTAGCTACTTGACGGTCGCCATTGGTTGTACCGGCGGGGAGCACCCGTCGGGGTATATTGCAAAGGAAAAGGCa > 2:1636373/1‑90 (MQ=255) ggAAACCAACAACCGTAGCTACTTGACGGTCGCCATTGGTTGTACCGGCGGGAAAAACCCGTCGGGGGATATTTCAGAGGAACTGGgaga > 2:166220/1‑90 (MQ=255) gAAACCAACAACCGTAGCTACTTGACGGTCGCCATTGGTTGTACCGGCGGGAAGCACCGTTCGGTGTATATTGCAGAGCAACTGGCAGac < 1:742411/90‑1 (MQ=255) aacaacCGTAGCTACTTGACGGTCGCCATTGGTTGTACCGGCGGGGAGCACCGGTCGGGGGGTATTTTAGAGCAACTGGCAGACTACttt > 2:760717/1‑89 (MQ=255) acCGTAGCTACTTGACGGTCGCCATTGGTTGTAcc > 2:1183344/1‑35 (MQ=255) acCGTAGCTACTTGACGGTCGCCATTGGTTGTAcc < 1:1183344/35‑1 (MQ=255) gTAGCTACTTGACGGTCGCCATTGGTTGTACCGGCGGGAAGCACCGTTCGGTGTATATTGCAGAGCAACTGGCAGACTACTTCCGCTcgc < 1:1178519/90‑1 (MQ=255) tAGCTACTTGACGGTCGCCATTGGTTGTACCGGCGGGAAGCACCGCTCGGGGGATATTGCAGAGCAACCGGCAGACTACTTccgcccgcc > 2:992647/1‑89 (MQ=255) cTTGACGGTCGCCATTGGTTGTACCGGCGGGAAGCACCGTTCGGGGGATATTTCAGAGCAAATGGCAGACTACTTCCCCCCGCGCGGGaa > 1:1735803/1‑90 (MQ=255) ttGACGGTCGCCATTGGTTGTACCGGCGGGAAGGACCGTTCGGGGTATATTGCAGAGCAAATGGCAGACTACTTTCGCTCGCGCGGGaaa > 1:266206/1‑90 (MQ=255) ttGACGGTCGCCATTGGTTGTACCGGCGGGAAGCACCGTTCGGTGTATAtt < 2:1576607/51‑1 (MQ=255) ttGACGGTCGCCATTGGTTGTACCGGCGGGAAGCACCGTTCGGTGTATAtt > 1:1576607/1‑51 (MQ=255) | TACACAATTTTATCTACCAGACGCGAAGCTATCTTGAGCTATGGTTACCTATGCTGGAAACCAACAACCGTAGCTACTTGACGGTCGCCATTGGTTGTACCGGCGGGAAGCACCGTTCGGTGTATATTGCAGAGCAACTGGCAGACTACTTCCGCTCGCGCGGTAAA > NZ_CP009273/3341117‑3341283 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |