| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 276,800 | 0 | A | C | 60.0% | 11.4 / 27.9 | 36 | Y299D (TAT→GAT) | yagA | IS481‑like element ISEc19 family transposase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (13/1); new base C (0/21); total (13/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.48e-09 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.41e-07 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CGCTGATATCCACTTTCCTGACCATCACCCCTTCATCGTATTCCGGGGGCGTTGTGTTGCCGCTGTACTGCCGCGCTGACGGCTGATACCGCGAGCCCGGTA‑CCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCAAGGTTATAGACCGTCCGCCAGT > NZ_CP009273/276713‑276868 | cGCTGATATCCACTTTCCTGACCATCACCCCTTCATCGTATTCCGGGGGCGTTGTGTTGCCGCTGTACTGCCGCTCTGACGGCTGATAcc > 1:1503450/1‑90 (MQ=255) cTTTCCTGACCATCACCCCTTCATCGTATTCCGGGGGCGTTGTGTTGCCGCTGTACTGCCGCGCTGACGGCTGATACCGCGAGCCCGGTa > 1:1149636/1‑90 (MQ=255) tttCCTGACCACCCCCCCTCCATCTTTTTCCGGGGGCGTTGTTTTGCCGCTGTACTCCCCCGCTGACGGTTGATCCCGCGAGCCCGGTA‑c < 1:700395/90‑1 (MQ=255) ttCCTGACCATCACCCCTTCATCGTATTCCGGGGGCGTTGTGTTGCCGCTGTACTGCCGCGCTGACGGCTGATACCGCGAGCCCGGTA‑cc > 2:241080/1‑90 (MQ=255) ttCCTGACCATCACCCCTTCATCGTATTCCGGGGGCGTTGTGTTGCCGCTGTACTGCCGCGCTGACGGCTGATACCGCGAGCCCGGTA‑cc > 2:1702327/1‑90 (MQ=255) ttCCTGACCATCACCCCTTCATCGTATTCCGGGGGCGTTGTGTTGCCGCTGTACTGCCGCGCTGACGGCTGATACCGCGAGCCCGGTA‑cc > 1:935851/1‑90 (MQ=255) gACCATCACCCCTTCATCGTATTCCGGGGGCGTTGTGTTGCCGCTGTACTGCCGCGCTGACGGCTGATACCGCGAGCCCGGTA‑CCGCCat > 1:362000/1‑90 (MQ=255) gACCATCACCCCTTCATCGTATTCCGGGGGCGTTGTGTTGCCGCTGTACTGCCGCGCTGACGGCTGATACCGCGAGCCCGGTA‑CCGCCat > 1:646888/1‑90 (MQ=255) cccATCCCCCCTTCATCGTTTCCGGGGGGCTTTTTTTTCCCGCTGTACTGCCGCGCTGACGGCTGATCCCGCGAGCCGGGTC‑CCGCCata < 2:394288/89‑1 (MQ=255) gTATTCCGGGGGCGTTGTGTTGCCGCTGTACTGCCGCGCTGACGGCTGATACCGCGAGCCCGGTA‑CCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCgg > 1:678168/1‑90 (MQ=255) tcggggggCGTTTTGTTGCCGCTGTCCTGCCGCGCTGACGGCTGATCCCGCGAGCCCGGTA‑CCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGt < 1:703750/87‑1 (MQ=255) cGGGGGCGTTGTGTTGCCGCTGTACTGCCGCGCTGACGGCTGATACCGCGAGCCCGGTA‑CCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTc > 1:575144/1‑90 (MQ=255) ggggggTTTTTTTGCCCCTGCCCGGCCGCGCTGGCGGCTGATCCCGGGACCCCGGTA‑CCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCaa < 1:1493683/90‑1 (MQ=255) ggggggTTTTGTTGCCGCTGTCCGCCCGCCCTGGCGGCTGATCCCGCGAGCCCGGTA‑CCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCaa < 2:575144/90‑1 (MQ=255) ggggggTTGTTTTCCCCCTTCACCCCCGCGCAGCCGGCTAATCCCGCGCCCCCGGTA‑CCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCaa < 1:5433/90‑1 (MQ=255) ggggggTTGTGTTCCCGCTGTCCTGCCGCGCGGACGGCTGATCCCGCGACCCCGGTA‑CCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCaa < 1:241080/90‑1 (MQ=255) ggggTGTTTTCTTCCCGCTTTACCCCCGCGCGGCCGGGTGCCCCCGCG‑GCCCCGTACCCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCaa < 2:935851/90‑1 (MQ=255) ggggCTTTGTTTTCCCGCTGTCCTGCCGCGCTGCCGGCTGATCCCGCGAGCCGGGTC‑CCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCaa < 1:55695/90‑1 (MQ=255) ggggCTTTGTGTTGCCGCTTTACCCCCGCGCTGACGGCTGATCCCGCGAGCCCGGTA‑CCGCCATATCCAGCGCCTCGTCCGGGCGTTCaa < 1:980228/90‑1 (MQ=255) ggggCTTTGTGTCCCCGCTGTCCTGCCGCGCTGGGGGCGGATCCCGGGGGCCGGGTA‑CCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGTCGTTCaa < 2:1063627/90‑1 (MQ=255) ggggCTTTGTGTCCCCCCTGTCCCCCCGCGCTGACGGCGGTTCCCGCGAGCCCGGTC‑CCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGTCGTTCaa < 2:1294324/90‑1 (MQ=255) ggggCGTTGTGTTGCCGCTGTCCTGCCGCGCTGGCGGCTGATCCCGCGAGCCGGGTA‑CCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCaa < 2:678168/90‑1 (MQ=255) ggggCGTTGTGTTGCCGCTGTCCGCCCGCGCGGGGGGCTGATCCCGCGGGCCGGGTA‑CCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCaa < 2:1149636/90‑1 (MQ=255) ggggCGTTGTGTTGCCGCTGTACGGCCGCGCTGGCGGCTGATCCCGCGAGCCGGGTA‑CCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCaa < 1:1213238/90‑1 (MQ=255) ggggCGTTGTGTTCCCGCTGTCCGGCCGGGCTGGCGGGTGATCCCGGGAGCCGGGTC‑CCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCaa < 2:1409792/90‑1 (MQ=255) ggggCGTTGTGTTCCCGCTGTCCGCCCGCGCGGCCGGCTGATCCCGGGAGCCGGGTC‑CCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCaa < 2:674488/90‑1 (MQ=255) ggggCGTTGTGTGCCCGCTGTCCTGCCGCGCTGCGGGCTGATCCCGGGACCCCGGTC‑CCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCaa < 2:1078248/90‑1 (MQ=255) cgggCGTTGTGTTGCCGCTGTCCTGCCGCGCTGGCGGCTGATCCCGCTAGCCCGGTA‑CCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCaa < 2:246570/89‑1 (MQ=255) ggCGTTGTGTTTCCGCTGTACTGCCGCGCTGACGGCTGATACCGCGAGCCCGGTA‑CCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCAAgg > 1:1055793/1‑90 (MQ=255) ggCGTTGTGTTGCCGCTGTACTGCCGCGCTGACGGCTGATACCGCGAGCCCGGTA‑CCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCAAgg > 1:825905/1‑90 (MQ=255) gTTGTGTTGCCGCTGTACTGCCGCGCTGACGGCTGATACCGCGAGCCCg > 1:1213431/1‑49 (MQ=255) gTTGTGTTGCCGCTGTACTGCCGCGCTGACGGCTGATACCGCGAGCCCg < 2:1213431/49‑1 (MQ=255) gCCGCTGTACTGCCGCGCTGACGGCTGATACCGCTAGCCCGGTA‑CCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCAAGGTTATAGAcctg > 1:246570/1‑88 (MQ=255) cccGCTTTCCTGCCGCGCTGCCGGCTGATCCCGCGAGCCCGGTA‑CCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCAAGGTTATAGACCGt < 1:529258/89‑1 (MQ=255) cTGTCCTGCCGCGCGGGGGGCTGA‑GCCGGGACCCCGGTC‑CCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCAAGGTTATAGACCGTCCGcc < 2:1606337/90‑1 (MQ=255) acggCCGCGCTGAGGGTTGATCCCGCGCGCCGGGTA‑CCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCAAGGTTATAGACCGTCCGCCAGt < 1:695553/87‑1 (MQ=255) | CGCTGATATCCACTTTCCTGACCATCACCCCTTCATCGTATTCCGGGGGCGTTGTGTTGCCGCTGTACTGCCGCGCTGACGGCTGATACCGCGAGCCCGGTA‑CCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCAAGGTTATAGACCGTCCGCCAGT > NZ_CP009273/276713‑276868 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 5 ≤ ATCG/ATCG < 6 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |