| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP009273 | 49,910 | T→G | W30G (TGG→GGG) | folA → | type 3 dihydrofolate reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 49,910 | 0 | T | G | 97.2% | 112.3 / ‑5.0 | 36 | W30G (TGG→GGG) | folA | type 3 dihydrofolate reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base G (13/22); minor base A (1/0); total (14/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.89e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 | |||||||||||
GATCAGTCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGAATCAATCGGTCGTCCGTTGCCAGGACGCAAA > NZ_CP009273/49825‑49996 | gATCGGTCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCGGGtt < 2:669225/90‑1 (MQ=255) gTCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCGGGTTTa < 2:419697/87‑1 (MQ=255) gTCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCGGGTTTa > 1:419697/1‑87 (MQ=255) gATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCGGGTTTAAACGCaa < 2:488984/90‑1 (MQ=255) aTTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCGGGTTTAAACGCAac < 2:6232/90‑1 (MQ=255) aTTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCGGGTTTAAACGCAac > 1:701759/1‑90 (MQ=255) cggcgTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCGGGTTTAAACGCAACACCt < 1:110648/90‑1 (MQ=255) cggcgTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCGGGTTTAAACGCAACACCt < 2:911456/90‑1 (MQ=255) cggcgTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCGGGTTTAAACGCAACACCt < 2:72868/90‑1 (MQ=255) ggcgTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCGGGTTTAAACGCAACACCtt > 1:55648/1‑90 (MQ=255) aGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCGGGTTTAAACGCAACACCTtaaataa < 2:746281/90‑1 (MQ=255) tAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCGGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCg > 1:112577/1‑90 (MQ=255) gcgTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGGGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCGGGTTTAAACGCA‑‑ACCTTAAATAAACCCGTGATTATg > 2:641955/1‑90 (MQ=255) ttATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCGGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATgg > 2:55443/1‑90 (MQ=255) ttATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGGGGACCCTGCCTGCCGATCTCGCCGGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATgg < 1:892372/90‑1 (MQ=255) tATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCGGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATggg < 2:224375/90‑1 (MQ=255) tATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCGGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATggg < 2:183544/90‑1 (MQ=255) tATCGGCATGAAAAACGCCATGCCGGGGACCCTGCCTGCCGATCTCGCCGGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATggg < 1:526635/90‑1 (MQ=255) aTCGGCATGGAAAACGCCATGCCGGGGACCCTGCCTGCCGATCTCGCCGGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGgc < 1:782327/90‑1 (MQ=255) cATGAAAAACGCCATCCCGTAAAACCTCCCTGCCGATCTCGCCGGGTTTAAACGCAACACCTTAAAAAAACCCGTGATTATGGGCCGCCa < 1:639226/90‑1 (MQ=255) aTGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCGGGTTTAAACGCAACACCt > 1:117051/1‑61 (MQ=255) aTGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCGGGTTTAAACGCAACACCt < 2:117051/61‑1 (MQ=255) aTGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCGGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCAt < 2:112577/90‑1 (MQ=255) tgaaaaaCCCCATGCCGTGAACCCTCCCTGCCGATCTCGCCGGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATa < 1:778774/87‑1 (MQ=255) cGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCGGGTTTAAACGCaa > 2:207382/1‑48 (MQ=255) cGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCGGGTTTAAACGCaa < 1:207382/48‑1 (MQ=255) cATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCGGGTTTAAACGCATCACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGaatc > 1:409111/1‑90 (MQ=255) tGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCGGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGAATCAATCGgt > 1:409898/1‑90 (MQ=255) ctgcctgcCGATCTCGCCGGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGAATCAATCGGTCGTCCg > 1:37717/1‑90 (MQ=255) ctgcctgcCGATCTCGCCGGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGAATCAATCGGTCGTCCg > 1:372819/1‑90 (MQ=255) tgcctgccGATCTCGCCAGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGAATCAATCGGTCGTCCGt > 1:552784/1‑90 (MQ=255) gATCTCGCCGGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGt > 2:48899/1‑41 (MQ=255) gATCTCGCCGGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGt < 1:48899/41‑1 (MQ=255) gCCGGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGAATCAATCGGTCGTCCGTTGCCAGGACGCaaa < 2:55648/90‑1 (MQ=255) gCCGGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGAATCAATCGGTCGTCCGTTGCCAGGACGCaaa < 1:397643/90‑1 (MQ=255) gCCGGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGAATCAATCGGTCGTCCGTTGCCAGGACGCaaa < 2:695145/90‑1 (MQ=255) | GATCAGTCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGAATCAATCGGTCGTCCGTTGCCAGGACGCAAA > NZ_CP009273/49825‑49996 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |