| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NZ_CP009273 | = 1046001 | NA (NA) | 26 (0.470) | 21/164 | 0.9 | 74.3% | intergenic (+15/+418) | BW25113_RS05135/cspH | IS1‑like element IS1D family transposase/cold shock‑like protein CspH |
| ? | NZ_CP009273 | = 1903046 | 9 (0.160) | intergenic (‑23/‑136) | mgrB/yobH | PhoP/PhoQ regulator MgrB/YobH family protein | |||||
CCTGCGCCCAAAGCAGCAAGCAAGCCAACACCACGACAACCAGAACGACCCATCGAAACTTTTTCACTCCAATCTCCGTTTCACCTACCTTATGTCATTAAACTAGCATGCGTTAGTTAAACAGCGCCTAACTATGTCGATATTCGTGCTTTTTCGGAATGAGTCGCTTGCTTCAGCGC > NZ_CP009273/1902957‑1903135 | ccTGCGCCCAAAGCAGCAAGCAAGCCAACACCACGACAACCAGAACGACCCATCGAAACTTTTTCACTCCAATCTCCGTTTCacctacct > 2:972913/1‑90 (MQ=255)ccTGCGCCCAAAGCAGCAAGCAAGCCAACACCACGACAACCAGAACGACCCATCGAAACTTTTTCACTCCAATCTCCGTTTCacctacct > 2:1467344/1‑90 (MQ=255)ccTGCGCCCAAAGCAGCAAGCAAGCCAACACCACGACAACCAGAACGACCCATCGAAACTTTTTCACTCCAATCTCCGTTTCacctacct > 1:494881/1‑90 (MQ=255)ccTGCGCCCAAAGCAGCAAGCAAGCCAACACCACGACAACCAGAACGACCCATCGAAACTTTTTCACTCCAATCTCCGTTTCacctacct > 1:362060/1‑90 (MQ=255) gacagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCACCTACCtt > 2:1443479‑M2/81‑90 (MQ=255) agctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCACCTACCTTATg < 1:533883‑M2/13‑1 (MQ=255) gcCCAAAGCAGCAAGCAAGCCAACACCACGACAACCAGAACGACCCATCGAAACTTTTTCACTCCAATCTCCGTTTCACCTACCTggtaa > 2:362060‑M2/1‑85 (MQ=255) ctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCACCTACCTTATGTc > 1:1004348‑M2/76‑90 (MQ=255) ctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCACCTACCTTATGTc > 2:867774‑M2/76‑90 (MQ=255) ctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCACCTACCTTATGTc > 1:1580791‑M2/76‑90 (MQ=255) ctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCACCTACCTTATGTc > 1:1344251‑M2/76‑90 (MQ=255) tgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCACCTACCTTATGTCa > 1:880099‑M2/75‑90 (MQ=255) ccAAAGCAGCAAGCAAGCCAACACCACGACAACCAGAACGACCCATCGAAACTTTTTCACTCCAATCTCCGTTTCACCTACCTggtaatg > 2:284949‑M2/1‑83 (MQ=255) gatagaaacagaatccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCACCTACCTTATGTCAt < 1:826144‑M2/17‑1 (MQ=255) gatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCACCTACCTTATGTCAt < 2:1672864‑M2/17‑1 (MQ=255) gatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCACCTACCTTATGTCAt < 1:867774‑M2/17‑1 (MQ=255) gatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaaaaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCACCTACCTTATGTCAt < 1:890167‑M2/17‑1 (MQ=255) agcagcAAGCAAGCCAACACCACGACAACCAGAACGACCCATCGAAACTTTTTCACTCCAATCTCCGTTTCACCTACCTggtaatgactc > 1:448753‑M2/1‑79 (MQ=255) cagcaAGCAAGCCAACACCACGACAACCAGAACGACCCATCGAAACTTTTTCACTCCAATCTCCGTTTCACCTACCTggtaatgactcca > 2:1225589‑M2/1‑77 (MQ=255) cagcaAGCAAGCCAACACCACGACAACCAGAACGACCCATCGAAACTTTTTCACTCCAATCTCCGTTTCACCTACCTggtaatgactcca > 1:1412625‑M2/1‑77 (MQ=255) cagcaAGCAAGCCAACACCACGACAACCAGAACGACCCATCGAAACTTTTTCACTCCAATCTCCGTTTCACATACCTggtaatgactcca > 2:78284‑M2/1‑77 (MQ=255) aaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCACCTACCTTATGTCATTAAAc > 2:951819‑M2/69‑90 (MQ=255) gaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCACCTACCTTATGTCATTAAACTAGCa > 1:23453‑M2/64‑90 (MQ=255) ccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCACCTACCTTATGTCATTAAACTAGCATGCg < 2:396714‑M2/31‑1 (MQ=255) ccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCACCTACCTTATGTCATTAAACTAGCATGCg < 1:1235768‑M2/31‑1 (MQ=255) agcCAACACCACGACAACCAGAACGACCCATCGAAACTTTTTCACTCCAATCTCCGTTTCACCTACCTggtaatgactccaacttattga > 1:1414300‑M2/1‑68 (MQ=255) actggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCACCTACCTTATGTCATTAAACTAGCATGCgtt < 1:286477‑M2/33‑1 (MQ=255) actggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCACCTACCTTATGTCATTAAACTAGCATGCgtt < 2:183459‑M2/33‑1 (MQ=255) actggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCACCTACCTTATGTCATTAAACTAGCATGCgtt < 1:1215441‑M2/33‑1 (MQ=255) cAACACCACGACAACCAGAACGACCCATCGAAACTTTTTCACTCCAATCTCCGTTTCACCTACCTggtaatgactccaacttattgatag > 1:1467344‑M2/1‑65 (MQ=255) 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ctaaatcagtaagttggcagcatcaccCACCTACCTTATGTCATTAAACTAGCATGCGTTAGTTAAACAGCGCCTAACTATGTCGATAtt > 2:710029‑M2/28‑90 (MQ=255) ctaaatcagtaagttggcagcatcaccCACCTACCTTATGTCATTAAACTAGCATGCGTTAGTTAAACAGCGCCTAACTATGTCGATAtt > 2:1520002‑M2/28‑90 (MQ=255) ctaaatcagtaagttggcagcatcaccCACCTACCTTATGTCATTAAACTAGCATGCGTTAGTTAAACAGCGCCTAACTATGTCGATAtt > 1:1131239‑M2/28‑90 (MQ=255) taaatcagtaagttggcagcatcaccCACCCACCTTATGTCATTAAACTAGCATGCGTTAGTTAAACAg < 2:101530‑M2/43‑1 (MQ=255) taaatcagtaagttggcagcatcaccCACCCACCTTATGTCATTAAACTAGCATGCGTTAGTTAAACAg > 1:101530‑M2/27‑69 (MQ=255) aaatcagtaagttggcagcatcaccCACCTACCTTATGTCATTAAACTAGCATGCGTTAGTTAAACAgcgc > 2:48033‑M2/26‑71 (MQ=255) aaatcagtaagttggcagcatcaccCACCTACCTTATGTCATTAAACTAGCATGCGTTAGTTAAACAgcgc < 1:48033‑M2/46‑1 (MQ=255) aaatcagtaagttggcagcatcaccCACCTACCTTATGTCATTAAACTAGCATGCGTTAGTTAAACAGCGCCTAACTATGTCGATATTCg > 1:1046144‑M2/26‑90 (MQ=255) aaatcagtaagttggcagcatcaccCACCTACCTTATGTCATTAAACTAGCATGCGTTAGTTAAACAGCGCCTAACTATGTCGATATTCg > 1:1321006‑M2/26‑90 (MQ=255) 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gtaagttggcagcatcaccCACCTACCTTATGTCATTAAACTAGCATGCGTTAGTTAAACAGCGCCTAACTATGTCGATATTCGTGCttt > 2:278538‑M2/20‑90 (MQ=255) cACTCCAATCTCCGTTTCACCTACCTggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgc > 1:1002126‑M2/1‑26 (MQ=255) cACTCCAATCTCCGTTTCACCTACCTggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgc > 2:548668‑M2/1‑26 (MQ=255) tCCAATCTCCGTTTCACCTACCTggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagc > 1:1041113‑M2/1‑23 (MQ=255) ccAATCTCCGTTTCACCTACCTggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagct < 1:116973‑M2/90‑69 (MQ=255) catcaccCACCTACCTTATGTCATTAAACTAGCATGCGTTAGTTAAACAGCGCCTAACTATGTCGATATTCGTGCTTTTTCGGAATGAGt > 2:1608669‑M2/8‑90 (MQ=255) tcaccCACCTACCTTATGTCATTAAACTAGCATTCGTTAGTTAAACAGCTCCTAACTATGTCGATATTCGTGCTTTTTCGGAATGAGTCg > 2:1253862‑M2/6‑90 (MQ=255) tcaccCACCTACCTTATGTCATTAAACTAGCATGCGTTAGTTAAACAGCGCCTAACTATGTCGATATTCGTGCTTTTTCGGAATGAGTCg > 1:781683‑M2/6‑90 (MQ=255) 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CCTGCGCCCAAAGCAGCAAGCAAGCCAACACCACGACAACCAGAACGACCCATCGAAACTTTTTCACTCCAATCTCCGTTTCACCTACCTTATGTCATTAAACTAGCATGCGTTAGTTAAACAGCGCCTAACTATGTCGATATTCGTGCTTTTTCGGAATGAGTCGCTTGCTTCAGCGC > NZ_CP009273/1902957‑1903135 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |