| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NZ_CP009273 | 360104 = | NA (NA) | 80 (1.690) | 42/160 | 0.1 | NA | intergenic (‑35/+251) | lacZ/BW25113_RS23320 | beta‑galactosidase/relaxase/mobilization nuclease domain‑containing protein |
| ? | NZ_CP009273 | = 360286 | NA (NA) | intergenic (‑217/+69) | lacZ/BW25113_RS23320 | beta‑galactosidase/relaxase/mobilization nuclease domain‑containing protein | |||||
TCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCT‑GGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTCATGGGAAGATCCAGCCGACCAGGCTTTC > NZ_CP009273/360197‑360375 | tCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCT‑Ggggaatt < 2:792925/90‑1 (MQ=38)tCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCT‑Ggggaatt < 2:839931/90‑1 (MQ=38) cAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCT‑Ggggaattg < 2:318359/90‑1 (MQ=39) ggAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCT‑Ggggaattggg > 2:541300/1‑90 (MQ=255) ggAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCT‑Ggggaattggg > 1:56114/1‑90 (MQ=255) gagCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCT‑Ggggaattgggaat > 2:360384/1‑90 (MQ=255) gCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGgggaattgggaatt > 2:1461941/1‑90 (MQ=255) gCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCT‑GGGGAATTGGGaatta > 2:1361635/1‑90 (MQ=255) gCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCT‑GGGGAATTGGGaatta > 2:470629/1‑90 (MQ=255) gCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCT‑GGGGAATTGGGaatta > 2:636493/1‑90 (MQ=255) gCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCT‑GGGGAATTGGGaatta > 1:773273/1‑90 (MQ=255) gCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCT‑GGGGAATTGGGaatta > 1:820065/1‑90 (MQ=255) caaacaaCAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCT‑GGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGa < 1:541300/90‑1 (MQ=255) aacaacAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCT‑GGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACg > 2:1389265/1‑90 (MQ=255) aacaGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCT‑GGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGaaa < 1:81182/90‑1 (MQ=255) aacaGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCT‑GGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGaaa < 2:755560/90‑1 (MQ=255) acaGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCT‑GGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAg > 1:453773/1‑90 (MQ=255) acaGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCT‑GGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAg < 1:1164536/90‑1 (MQ=255) gATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCT‑Ggggaatt < 1:712759/62‑1 (MQ=40) gATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCT‑Ggggaatt > 2:712759/1‑62 (MQ=40) gATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCT‑GGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGc > 2:407228/1‑90 (MQ=255) gATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCT‑GGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGc > 2:438172/1‑90 (MQ=255) gATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCT‑GGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGc > 1:526947/1‑90 (MQ=255) aTAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCT‑GGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGcc > 2:282427/1‑90 (MQ=255) aaaaCGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCT‑GGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTc > 2:1149986/1‑90 (MQ=255) cGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCT‑GGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGa > 2:1496570/1‑90 (MQ=255) gAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCT‑GGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGAt < 1:636493/90‑1 (MQ=255) gAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCT‑GGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGAt > 1:1407550/1‑90 (MQ=255) aagtcccAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCT‑GGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATAc > 1:1195458/5‑90 (MQ=255) gCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCT‑GGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGcc < 1:1155566/90‑1 (MQ=255) cccAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCT‑GGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCt > 1:357482/1‑90 (MQ=255) cccAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCT‑GGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCt > 1:1405314/1‑90 (MQ=255) ctaGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCT‑GGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTa < 1:1420011/88‑1 (MQ=255) ccAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCT‑GGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTa < 2:773273/90‑1 (MQ=255) ccAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCT‑GGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTa < 1:1389265/90‑1 (MQ=255) cAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCT‑GGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTAt < 1:118472/90‑1 (MQ=255) aGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCT‑GGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTAtt > 2:940808/1‑90 (MQ=255) aGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCT‑GGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTAtt > 2:972669/1‑90 (MQ=255) ttCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTta < 1:1461941/90‑1 (MQ=255) ttCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCT‑GGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTtat > 2:569213/1‑90 (MQ=255) ttCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCT‑GGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTtat < 2:1405314/90‑1 (MQ=255) ttCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCT‑GGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTtat < 2:971868/90‑1 (MQ=255) ttCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCT‑GGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTtat > 1:792666/1‑90 (MQ=255) ttCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCT‑GGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTtat < 2:357482/90‑1 (MQ=255) ttCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCT‑GGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTtat > 1:35869/1‑90 (MQ=255) tCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCT‑GGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTtata < 2:453773/90‑1 (MQ=255) tGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCT‑GGGGAATTGGGAATTAATTCt > 1:134678/1‑47 (MQ=255) tGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCT‑GGGGAATTGGGAATTAATTCt < 2:134678/47‑1 (MQ=255) tGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCT‑GGGGAATTGGGAATTAATTCTTGa > 1:1319132/1‑50 (MQ=255) tGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCT‑GGGGAATTGGGAATTAATTCTTGa < 2:1319132/50‑1 (MQ=255) tGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCT‑GGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTa > 1:1085392/1‑90 (MQ=255) tGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCT‑GGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTa > 2:610714/1‑90 (MQ=255) tGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCT‑GGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTa > 2:600955/1‑90 (MQ=255) tGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCT‑GGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTa > 1:538258/1‑90 (MQ=255) tGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCT‑GGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTa < 1:569213/90‑1 (MQ=255) tGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCT‑GGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTa > 1:884531/1‑90 (MQ=255) gAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCT‑GGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTaa < 1:1133071/90‑1 (MQ=255) gAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCT‑GGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTaa < 1:394301/90‑1 (MQ=255) gAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCT‑GGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTaa < 2:526947/90‑1 (MQ=255) gAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCT‑GGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTaa < 2:449055/90‑1 (MQ=255) gAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCT‑GGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTaa < 2:792666/90‑1 (MQ=255) gAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCT‑GGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTaa > 2:394301/1‑90 (MQ=255) gAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCT‑GGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTaa < 2:884531/90‑1 (MQ=255) gAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCT‑GGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTaa < 2:1051402/90‑1 (MQ=255) gCCTTTCGTTTTATTTGATGCCT‑GGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATg > 1:505657/1‑90 (MQ=255) cTTTCGTTTTATTTGATGCCT‑GGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTc < 1:940808/90‑1 (MQ=255) tttCGTTTTATTTGATGCCT‑GGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTa < 1:91913/71‑1 (MQ=255) tttCGTTTTATTTGATGCCT‑GGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTa > 2:91913/1‑71 (MQ=255) tttCGTTTTATTTGATGCCT‑GGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAAGGTCa > 1:691985/1‑90 (MQ=255) ttCGTTTTATTTGATGCCT‑GGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGaaa < 2:191574/51‑1 (MQ=255) ttCGTTTTATTTGATGCCT‑GGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGaaa > 1:191574/1‑51 (MQ=255) gTTTTATTTGATGCCT‑GGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTCATggg < 2:538258/90‑1 (MQ=255) gTTTTATTTGATGCCT‑GGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTCATggg < 1:407228/90‑1 (MQ=255) ttttATTTGATGCCT‑GGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCGTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATGGCATGGGa < 1:1423264/90‑1 (MQ=255) ttATTTGATGCCT‑GGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTCATGGGAAg > 1:1481628/1‑90 (MQ=255) aTTTGATGCCT‑GGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTCATGGGAAGAt > 1:1162682/1‑90 (MQ=255) ttGATGCCT‑GGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAggg < 2:1455427/44‑1 (MQ=255) ttGATGCCT‑GGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAggg > 1:1455427/1‑44 (MQ=255) gATGCCT‑GGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGc > 2:1454741/1‑55 (MQ=255) gATGCCT‑GGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGc < 1:1454741/55‑1 (MQ=255) gATGCCT‑GGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTCATGGGAAGATCCAg > 2:1004633/1‑90 (MQ=255) gATGCCT‑GGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTCATGGGAAGATCCAg > 1:292710/1‑90 (MQ=255) aTGCCT‑GGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTCATGGGAAGATCCAGc > 2:1089609/1‑90 (MQ=255) aTGCCT‑GGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTCATGGGAAGATCCAGc > 1:398739/1‑90 (MQ=255) ccT‑GGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTCATGGGAAGATCCAGCCGa > 2:927469/1‑90 (MQ=255) t‑GGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGTCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTCATGGGAAGATCCAGCCGAcc > 1:1172269/1‑90 (MQ=255) t‑GGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGTCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTCATGGGAAGATCCAGCCGAcc > 2:1143470/1‑90 (MQ=255) t‑GGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTCATGGGAAGATCCAGCCGAcc < 2:1041814/90‑1 (MQ=255) t‑GGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTCATGGGAAGATCCAGCCGAcc > 1:1041814/1‑90 (MQ=255) ggggAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTCATGGGAAGATCCAGCCGACCa > 2:1040360/1‑90 (MQ=255) gaattgggaattAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTCATGGGAAGATCCAGCCGACCAGGc < 2:365410/90‑1 (MQ=255) gaattgggaattAATTCTTAAAGATGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTCATGGGAAGATCCAGCCGACCAGGc < 2:969337/90‑1 (MQ=255) ttgggaattAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCt < 2:649630/44‑1 (MQ=255) ttgggaattAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCt > 1:649630/1‑44 (MQ=255) tgggaattAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTCATGGGAAGATCCAGCCGACCAGGCTTTc > 1:599533/1‑90 (MQ=255) | TCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCT‑GGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTCATGGGAAGATCCAGCCGACCAGGCTTTC > NZ_CP009273/360197‑360375 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |