| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 2,503,359 | 0 | A | C | 53.3% | 5.7 / 14.5 | 15 | D84A (GAC→GCC) | yfeO | ion channel protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (7/0); new base C (0/8); total (7/8) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.55e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.41e-02 | |||||||||||
| Rejected as consensus: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CACCCCTCTGGATCATCGGTGTATTAACGCTAACGGGTATTGCGGTGGGGTTGGTTATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGACCCCGCCTGTGAACCGCTGATCGGCGCACCGGTTCCGCCCTCTGCGCTACCTGGACTTATCGTAGCATTAATTCTC > NZ_CP009273/2503272‑2503435 | cACCCCTCTGGATCATCGGTGTATTAACGCTAACGGGTATTGCGGTGGGGTTGGTTATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGAcc > 2:69334/1‑90 (MQ=255) ctGGATCATCGGTGTATTAACGCTAACGGGTATTGCGGTGGGGTTGGTTATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGACCCCGCCtg > 2:80570/1‑90 (MQ=255) atcGGTGTATTAACGCTAACGGGTATTGCGGTGGGGTTGGTTATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGACCCCGCCTGTGAACCg > 1:437193/1‑90 (MQ=255) gCTAACGGGTATTGCGGTGGGGTTGGTTATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGACCCCGCCTGTGAACCGCTGATCGGCGCAcc > 2:269158/1‑90 (MQ=255) gCTAACGGGTATTGCGGGGGGGTTGGTTATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGCCCCCGCCTGTGAACCGCTGATCGGCGCAcc < 1:233857/90‑1 (MQ=255) tAACGGGTATTGCGGTGGGGTTGGTTATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGACCCCGCCTGTGAACCGCTGATCGGCGCACCgg > 2:4754/1‑90 (MQ=255) gTGGGGTTGGTTATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGCCCAGCCCCCGCCTGTGAACCGCTGATCGGCGCACCGGTTCCGCCCTCTgcg < 1:352431/90‑1 (MQ=255) gTGGGGTTGGTTATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGCCCCCGCCTGTGAACCGCTGATCGGCGCACCGGTTCCGCCCTCTgcg < 1:24214/90‑1 (MQ=255) gTGGGGTTGGTTATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGCCCCCGCCTGTGAACCGCTGATCGGCGCACCGGTTCCGCCCTCTgcg < 1:73485/90‑1 (MQ=255) gTGGGGTTGGTTATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGCCCCCGCCTGTGAACCGCTGATCGGCGCACCGGTTCCGCCCTCTgcg < 2:139269/90‑1 (MQ=255) gttggttATCCTTTTCAGCCGGGGTCATGCCGGCCCAGCCCCCGCCTGTGAACCGCTGATCGGCGCACCGGTTCCGCCCTCTGCGCTAcc < 1:463732/90‑1 (MQ=255) ccGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGACCCCGCCTGTGAACCGCTGATCGGCGCACCGGTTCCGCCCTCTGCGCTACCTGGACTTAt > 2:369507/1‑90 (MQ=255) gCCAGGGTCATGCCGGACCAGACCCCGCCTGTGAACCGCTGATCGGCGCACCGGTTCCGCCCTCTGCGCTACCTGGACTTATCGTAGCAt > 1:264373/1‑90 (MQ=255) gTCATGCCGGACCAGCCCCCGCCTGTGAACCGCTGATCGGCGCACCGGTTCCGCCCTCTGCGCTACCTGGACTTATCGTAGCATTAATtc < 2:264373/90‑1 (MQ=255) cATGCCGGCCCAGCCCCCGCCTGTGAACCGCTGATCGGCGCACCGGTTCCGCCCTCTGCGCTACCTGGACTTATCGTAGCATTAATtctc < 2:354377/90‑1 (MQ=255) | CACCCCTCTGGATCATCGGTGTATTAACGCTAACGGGTATTGCGGTGGGGTTGGTTATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGACCCCGCCTGTGAACCGCTGATCGGCGCACCGGTTCCGCCCTCTGCGCTACCTGGACTTATCGTAGCATTAATTCTC > NZ_CP009273/2503272‑2503435 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |