| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 1,598,180 | 0 | T | G | 56.2% | 7.1 / 14.1 | 17 | V302G (GTG→GGG) | lsrC | autoinducer 2 ABC transporter permease LsrC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/6); new base G (9/0); total (11/6) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.74e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.07e-03 | |||||||||||
| Rejected as consensus: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CAGATCGATAGCGTACTGGTGCTGTTGCGCATTCCGGCATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGC‑GGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCG > NZ_CP009273/1598095‑1598263 | cAGATCGATAGCGTACTGGTGCTGTTGCGCATTCCGGCATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGttt > 2:366883/1‑90 (MQ=255) cGATAGCGTACTGGTGCTGTTGCGCATTCCGGCATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATgg < 1:679083/90‑1 (MQ=255) cGATAGCGTACTGGTGCTGTTGCGCATTCCGGCATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATgg < 2:252774/90‑1 (MQ=255) gTACTGGTGCTGTTGCGCATTCCGGCATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGGGTTTGATGGACGCCTg > 1:629984/1‑90 (MQ=255) ggTGCTGTTGCGCATTCCGGCATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCCGGAGTTTGATGGACGCCTGCGTtg > 1:19313/1‑90 (MQ=255) tGCTGTTGCGCATTCCGGCATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGGGTTTGATGGGCGCCCGCGTtgtg > 2:443262/1‑90 (MQ=255) tGCGCATTCCGGCATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCGGGGGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGGTgg > 1:493783/1‑90 (MQ=255) cgcATTCCGGCATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGGTGGGGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTggga > 1:595811/1‑88 (MQ=255) ccGGCATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGGGCTGGGGTTTGGTGGGCGCCTGCGGTGTGGGGTGGAAAGTAAt > 2:521086/1‑90 (MQ=255) ggtggAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTAcggc < 1:443262/90‑1 (MQ=255) aTGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGGGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGGACGTAATCTAcggc‑gggcaa > 2:94031/1‑86 (MQ=255) ttttATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGGGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGGACGTAATCTACGGCGGGCaaaaaa > 2:497953/1‑89 (MQ=255) aTCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGC‑GGCAAAAATATGcc < 1:691016/90‑1 (MQ=255) cgcgGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGC‑GGCAAAAATATGCCCg < 1:337244/90‑1 (MQ=255) gggTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGGGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGC‑GGGGAAAAAATGCCCGCtt > 2:540678/1‑90 (MQ=255) ttCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGC‑GGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGc < 2:698755/90‑1 (MQ=255) tGCTGGGGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGC‑GGCAAAAATATGCCCCCTTTTTGACGCCCCCGCCCTccc > 2:26572/1‑89 (MQ=255) | CAGATCGATAGCGTACTGGTGCTGTTGCGCATTCCGGCATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGC‑GGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCG > NZ_CP009273/1598095‑1598263 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 5 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |