Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 765,675 | 0 | A | C | 58.8% | 11.9 / 14.9 | 17 | T748P (ACC→CCC) | mngB | mannosylglycerate hydrolase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (5/2); new base C (0/10); total (5/12) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.39e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.36e-03 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
CACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTACAACAAAATCCCATGGG > NZ_CP009273/765628‑765759 | cacaACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAg > 1:229466/1‑90 (MQ=255) cggggTCTGCTTTTTTGTCGCCTAATTTTTTTGAGTTATCCCGGTCCGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 1:250967/87‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGTTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:3635/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGTTTTCTTGCCGCCTAATTTTTTTGAGTTATCCCGGTCCCCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 1:17359/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAATTTTATTGATTTATCCCGGTCCGCCACCCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 1:530922/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGCTTTCTTGTCCCCTAATTTTATTGATTTATCCCGGTCCGCAACCCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:419678/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTCCTTTCTTGTCGCCTAATTTTATTGAGTTATCCCGGTCCCCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 1:12890/90‑1 (MQ=255) acaggTCTGTTTTTTTGTCGCCTAATTTTATTGAGTTATCCCGGTACGCCACCCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:398875/87‑1 (MQ=255) tGGTCTGTTTTCTTGTCGCCTAATTTTATTGATTTATCCCGGTCCGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGAc < 1:20843/90‑1 (MQ=255) tGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGAc > 2:93115/1‑90 (MQ=255) gTCTGCTTTCTTGTCGCCTAATTTTTTTGAGTTATCCCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTc < 2:343662/90‑1 (MQ=255) cTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGgtgt < 2:97588/59‑1 (MQ=255) cTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGgtgt > 1:97588/1‑59 (MQ=255) gttttCTTGTCGCCTAATTTTATTGAGTTATCCCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGt < 2:342873/88‑1 (MQ=255) ttCTTGTCCCCTAAGTTTATTGATTTATCCCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACa < 2:602121/90‑1 (MQ=255) ttGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTAcctgt > 1:398875/1‑86 (MQ=255) gTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTACAACAAAATCCCATggg > 2:417588/1‑90 (MQ=255) | CACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTACAACAAAATCCCATGGG > NZ_CP009273/765628‑765759 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 5 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |