| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 765,675 | 0 | A | C | 55.2% | 30.6 / 35.1 | 29 | T748P (ACC→CCC) | mngB | mannosylglycerate hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (12/1); new base C (0/16); total (12/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.51e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.92e-06 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CCTGGGCGGCCTTCGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTACAACAAAATCCCAT > NZ_CP009273/765588‑765756 | ccTGGGCGGCCTTCGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATAcc > 1:2630/1‑90 (MQ=255) gggCGGCCTTCGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGt > 2:325593/1‑90 (MQ=255) gggCGGCCTTCGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGt > 1:406722/1‑90 (MQ=255) aTTAAAAGGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGGGGTCTGTTTTCTTGTCGCCTAATTTTATTGAGTTATCCCGGTACCCCAACCGCCGCt < 2:495335/90‑1 (MQ=255) aTTAAAAGGCCAGCCCCGGCCTCACACCTCCGTGGTCTGTTTTCTTGTCGCCTAAGTTTTTTGAGTTATCCCGGTCCGCCAACCGCCGCt < 2:90221/90‑1 (MQ=255) aGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTca > 1:440138/1‑90 (MQ=255) cacaACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAg > 1:369145/1‑90 (MQ=255) tcggTGGTCTGTTTTCTTGCCCCTTAATTTTTTTGATTTATCCGGGTACCCCACCCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGc < 2:450221/87‑1 (MQ=255) tACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGc > 2:102790/1‑90 (MQ=255) aCGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCt > 1:114848/1‑90 (MQ=255) aCGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCt > 1:344346/1‑90 (MQ=255) cGTGGTTTTTTTTTTTGTCGCTTAATTTTATTGAGTTATCCGGGTACCCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:277068/90‑1 (MQ=255) cGTGGTTTGTTTTCTTGTCGCCTAATTTTTTTGATTTATCCCGGTACCCAAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 1:411096/90‑1 (MQ=255) cGTGGTTTGTTTTCTTGTCGCCTAATTTTTTTGATTTATCCCGGCGCCCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:416552/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGTTTTTTTGTCGCCTATTTTTTTTGGTTTATCCGGGTACCCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:293808/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGTTTTCTTGTCGCCTAATTTTTTTGATTTATCCCGGTCCGCCACCCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:577359/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGTTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATCCCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 1:616308/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAGCCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:406722/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTCTTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGATTTATCCCGGTACCCAAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 1:358857/90‑1 (MQ=255) acgggTTTGCTTTCTTGTCGCCTAATTTTATTGATTTATCCCGGTCCCCCACCCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:580553/87‑1 (MQ=255) tGGTCTGTTTTCTTTCCGCTTAAGTTTATTGAGTTATCCCGGTCCGCCACCCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGAc < 2:231846/90‑1 (MQ=255) gTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTc > 1:416552/1‑90 (MQ=255) gTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTc > 1:277068/1‑90 (MQ=255) tCTGTTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATCCCGGTCCGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTcc < 2:344346/90‑1 (MQ=255) tGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAg > 2:339320/1‑90 (MQ=255) tttCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATCCCGGTCCCCCACCCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTAc < 2:440985/90‑1 (MQ=255) ttGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGGGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTAcctgt > 1:580553/1‑86 (MQ=255) tggtttATCCGGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTACAACAAAATCCCAt < 1:325593/86‑1 (MQ=255) tGAGTTATCCCGGTCCCCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTACAACAAAATCCCAt < 1:566623/90‑1 (MQ=255) | CCTGGGCGGCCTTCGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTACAACAAAATCCCAT > NZ_CP009273/765588‑765756 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 5 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |