| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 3,806,432 | 0 | A | C | 52.6% | 47.8 / 67.6 | 60 | T114T (ACA→ACC) | coaBC | bifunctional phosphopantothenoylcysteine decarboxylase/phosphopantothenate‑‑cysteine ligase CoaBC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (19/8); new base C (0/30); total (19/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.49e-09 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.62e-11 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GTGATTCTCGCCCCTGCCACGGCAGATTTGATTGCCCGTGTTGCTGCCGGAATGGCGAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCC > NZ_CP009273/3806343‑3806519 | gTGATTCTCGCCCCTGCCACGGCAGATTTGATTGCCCGTGTTGCTGCCGGAATGGCGAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTaca > 1:838525/1‑90 (MQ=255)gTGATTCTCGCCCCTGCCACGGCAGATTTGATTGCCCGTGTTGCTGCCGGAATGGCGAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTaca > 2:1263265/1‑90 (MQ=255)gTGATTCTCGCCCCTGCCACGGCAGATTTGATTGCCCGTGTTGCTGCCGGAATGGCGAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTaca > 2:621611/1‑90 (MQ=255) ttCTCGCCCCTGCCACGGCAGATTTGATTGCCCGTGTTGCTGCCGGAATGGCGAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTg > 2:1361832/1‑90 (MQ=255) ttCTCGCCCCTGCCACGGCAGATTTGATTGCCCGTGTTGCTGCCGGAATGGCGAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTg < 2:1556421/90‑1 (MQ=255) tctcGCCCCTGCCACGGCAGATTTGATTGCCCGTGTTGCTGCCGGAATGGCGAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTgc < 2:1445552/90‑1 (MQ=255) ctcGCCCCTGCCACGGCAGATTTGATTGCCCGTGTTGCTGCCGGAATGGCGAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTGCACCTgcg < 2:597567/90‑1 (MQ=255) ctcGCCCCTGCCACGGCAGATTTGATTGCCCGTGTTGCTGCAGGAATGGCGAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTgcg < 1:1063797/90‑1 (MQ=255) cGCCCCTGCCACGGCAGATTTGATTGCCCGTGTTGCTGCCGGAATGGCGAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGcc > 1:803428/1‑90 (MQ=255) tGCCACGGCAGATTTGATTGCCCGTGTTGCTGCCGGAATGGCGAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGc > 2:1478083/1‑90 (MQ=255) cACGGCAGATTTGATTGCCCGTGTTGCTGCCGGAATGGCGAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGt < 1:1528171/90‑1 (MQ=255) aTTTGATTGCCCGTGTTGCTGCCGGAATGGCGAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCg > 2:420736/1‑90 (MQ=255) tGATCGCCGGTGTTGCTGCCGGACTGGCGAAGGCCTTGGTACCGACATTTTGTCGGGTTACTCCTGCGCCTGTAGCAGTGCCCCCCGCCa < 2:493925/90‑1 (MQ=255) aTTGCCCGTGTTGCTGCCGGAATGGCGAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATg > 2:1166596/1‑90 (MQ=255) ttGCCCGTGTTGCTGCCGGAATGGCAAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACTCCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGa < 1:1022640/90‑1 (MQ=255) cccGTGTTGCTGCCGGAATGGCGAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACCCCTGCGCCTGTAGCCGTGCCCCCCGCCATGAAcc < 1:1335421/90‑1 (MQ=255) cccGTGTTGCTGCCGGAATGGCGAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAAcc > 1:1153858/1‑90 (MQ=255) cccGTGTTGCTGCCGGAATGGCGAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAAcc > 2:904094/1‑90 (MQ=255) cccGTGTTGCTGCCGGAATGGCGAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAAcc > 1:557958/1‑90 (MQ=255) cggtgtTGCTCCCGGAATGGCAAATGCCCTGGTACCCCATATTTGTCAGCCCACCCCCGCCCCTTTAGCCGTCCCCCCCGCCATGAACca < 2:98101/88‑1 (MQ=255) ccGTTTTGCGGCCGGAAGGGCGAATGCCCGGGTATCGACGTTTTGTCTGGCTCCCCCTGCGCCTGTGGCGGTGCCCCCCGCCATGAACca < 2:557958/90‑1 (MQ=255) ccGTGTTGCTGCCGGAATGGCGAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACca > 1:98101/1‑90 (MQ=255) ccGTGTTGCTGCCGGAAGGGCGAATGCCCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACCCCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACca < 1:122967/90‑1 (MQ=255) ccGTGTTGCTCCCGGAATGGCGAATGCCCTGGTACCGACGTTTTGTCGGGCTACCCCTGCGCCTGTAGCCGTGCCCCCCGCCATGAACca < 2:157526/90‑1 (MQ=255) ccGTGTGGCTGCGGGAAGGGCAAATGCCTTGTTACCGACGTTTTGTCGGGCTACCCCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACca < 2:877841/90‑1 (MQ=255) cGTTTTGCTGCGGGAATGGCGAATGCCCTGGTATCGCCGATTTGTCTGGCTACCCCTGCGCCTGTAGCGGTGCCCCCCGCCATGAACcag < 1:420736/90‑1 (MQ=255) gtgtTGCTGCCGGAAGGGCGAATGCCCTGGTACCGACGATTTGTCTGGCTACCCCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACcagc < 2:68322/90‑1 (MQ=255) tgtTGCTGCCGGAATGGCGAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACcagca > 2:645794/1‑90 (MQ=255) cgggCGATCGACCGGGTAGCGAGGTTTTCTCCGGCTACCCCTGCGCCTGAGGCCGGGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGcc < 2:1334238/88‑1 (MQ=255) tgcccTGGTACCGACGATTTTTCGGGCCACCCCTGCGCCTGTCGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCAc < 2:803428/87‑1 (MQ=255) ccttGGTACCGACGATTTGTCTGGCCACCCCTGCCCCGGTAGCCGTCCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACgc < 1:645794/87‑1 (MQ=255) ccgtGGTACCGACTTTTTGTCGGGCCACCCCTCCCCCTGTGGCCGTGCCCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACgc < 2:607801/87‑1 (MQ=255) cccTGGTATCGACGTTTTGTCTGGCTCCCCCTGCGCCTGTAGCCGTGCCCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACgc < 1:270815/89‑1 (MQ=255) cccTGGTATCGACGATTTGTCGGGCTACCCCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACgc < 2:1153858/89‑1 (MQ=255) acggggTACCGCCGTTTTGTCGGCCCCCCCCCGCCCCTGTAGCCGTCCCCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACgc < 2:1525986/86‑1 (MQ=255) aCCTGGTATCGACGTTTTGTCTGGCTACCCCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACgc < 1:391999/90‑1 (MQ=255) aCCTGGTATCAACGATTTGTTGGGCACCCCCCGCGCCTGTAGCCGTCCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACgc < 1:1089403/90‑1 (MQ=255) aCCTGGCATCGACGATTTGTGTGGCTACGCCTGCTCTTGAAGCCGGGCCCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACgc < 1:1516624/90‑1 (MQ=255) cTGGTATCGAGGTTTTGTGGGGCTACCCCTGCGCCTGTAGCCGTCCCCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACgcag < 2:1082281/90‑1 (MQ=255) tGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACgcagc > 1:57017/1‑90 (MQ=255) tGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACgcagc > 1:966411/1‑90 (MQ=255) tGGTACGGACGATTTCTCTGGCTTCCCCTGCGCCTGTAGCCGTGCCCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACgcagc < 1:851272/90‑1 (MQ=255) gTATCGCCGTTTTGTCTGGCTACCCCTGCCCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCAt < 1:319639/90‑1 (MQ=255) gTATCGACGTTTTGTCGGGCTACCCCTGCCCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCAt < 1:1090910/90‑1 (MQ=255) gTACCGCCGTTTTGTCTGGCTACCCCGGCGCCTGTAGCCGTGCCCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCAt < 2:1382386/90‑1 (MQ=255) gTACCGACGTTTTGTCGGGCTCCCCCTGCGCCTGTAGCCGTGCCCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCAt < 1:1361832/90‑1 (MQ=255) gTACCGACGTTTTGTCCGCCTCCCCCCCCCCCTTTACCCGTGCCCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCAt < 1:257924/90‑1 (MQ=255) ctCGACGTTTTGTCTGGCTCCCCCTGCCCCTGTGGCCGTGCCCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATaa < 2:2603/89‑1 (MQ=255) aTCGCCGTTTTGTCGGGCTACCCCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATaa < 1:213993/90‑1 (MQ=255) aTCGACGATTTGTCTGGCTACCCCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATaa < 1:466517/90‑1 (MQ=255) tCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGa > 2:744964/1‑61 (MQ=255) tCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGa < 1:744964/61‑1 (MQ=255) gacgaTTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGa > 2:65238/1‑50 (MQ=255) gacgaTTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGa < 1:65238/50‑1 (MQ=255) gacgaTTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAAttt > 1:6238/1‑90 (MQ=255) ttttGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCCCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTagag < 1:1180074/89‑1 (MQ=255) aTTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAAtttctgt > 1:1525986/1‑86 (MQ=255) aTTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTagag > 1:1258412/1‑90 (MQ=255) aTTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCATGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTagag > 2:1295902/1‑90 (MQ=255) tttGTCTGGCTACCCCTGCGCCTGTACCCGTGCCCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAgg < 2:969434/90‑1 (MQ=255) tttGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAgg > 1:595918/1‑90 (MQ=255) gTCGGGCTACCCCTGCGCTGGTAGCCGTGCCCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGtgc < 2:26638/90‑1 (MQ=255) tgccTACCCCTGCGCCTGTACCCGCGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGtgcttg < 1:1593886/87‑1 (MQ=255) acacCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTcc > 1:1351549/1‑90 (MQ=255) | GTGATTCTCGCCCCTGCCACGGCAGATTTGATTGCCCGTGTTGCTGCCGGAATGGCGAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCC > NZ_CP009273/3806343‑3806519 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 5 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |