| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 766,353 | 0 | T | G | 53.6% | 15.1 / 31.3 | 28 | intergenic (+286/‑561) | mngB/cydA | mannosylglycerate hydrolase/cytochrome ubiquinol oxidase subunit I |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/11); new base G (15/0); total (17/11) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.63e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.01e-06 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTG > NZ_CP009273/766285‑766436 | aaaTAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTa < 1:489352/90‑1 (MQ=255) ataataACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAAt < 1:578478/90‑1 (MQ=255) ccTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAAc < 1:1530430/90‑1 (MQ=255) ccTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAAc < 1:998382/90‑1 (MQ=255) gggTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGGTTTATTCCTTTTTTAGTAACCCTGAAActct > 1:676320/1‑90 (MQ=255) gAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGcgt < 1:501718/90‑1 (MQ=255) aGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGGTTTTTGCCTTTTTTATTAATCCTGAAAATCTGcgtc > 2:203602/1‑90 (MQ=255) atataatTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGcgt < 2:132566/78‑1 (MQ=255) atataatTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGGTTTTTGCCTTTTTTAGTAAACCTTAAAATCTGCGTCGTATTAGCCAg > 2:245679/1‑90 (MQ=255) atataatTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGcgt > 1:132566/1‑78 (MQ=255) gTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCaaaaaaa < 2:1208146/90‑1 (MQ=255) tAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGGTTTTTGCCTTTATTAGTAATCCTTAAACTCTGCGGCGTATTAGCCAGTGGCCaaaaaaaaa > 1:1386404/1‑88 (MQ=255) tAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGGTTTATGCCTTTTTTTGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCaaaaaaaaa > 1:965369/1‑88 (MQ=255) aaCTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGATTTTTTCCTTTTTTAGTAATTCTGAAACTCTGCGTCGGATTAGCCAGTGACCaaaaaaaaaa > 2:1494056/1‑90 (MQ=255) aaCTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGATTTTTGCCTTTTTTTGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCCGTGACCAAAAAAAGaa > 1:568545/1‑90 (MQ=255) aCTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAAt < 2:1386404/90‑1 (MQ=255) tAATATTGGCGGGGGGGGTTTTTGCCTTTTTTAATAAACCTGAAACTCTGCGTCGGATTAGCCAGGGACCAAAAAAAAAAATAAAGGCaa > 2:1283403/1‑90 (MQ=255) tAATATTGGCGGGGGGGGTTTATGCCTTTTTTAGTAATCCTGAAAATCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCaa > 2:1607520/1‑90 (MQ=255) aaTATTGGCGGGGTGGATTTTTGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTTCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCaaa > 1:61310/1‑89 (MQ=255) atTGGCGGGGGGGGTTTATTCCTTTTTTAGTAATTCTGAAACTCTTCGTCGGATTTGCCAGGGACCAAAAAAAGAATTAATGTCaaacct > 2:482861/1‑86 (MQ=255) ttGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTg < 2:1303287/90‑1 (MQ=255) ggCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCt < 2:952219/90‑1 (MQ=255) ggCGGGGGGGGTTTATGCCTTTTTTTGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTTGCCAGTGACCAAAAAAAAAATTAAGGGCAACCGTGCt > 2:1335191/1‑90 (MQ=255) ggCGGGGGGGGTTTATGCCTTTTTTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAAAATTTAGGTCAACCGTGCt > 2:913956/1‑90 (MQ=255) ggCGGGGGGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAAAATTAAGGGCAACCCTGCt > 1:1512351/1‑90 (MQ=255) gCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCaaaaaa < 1:310321/68‑1 (MQ=255) gCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCaaaaaa > 2:310321/1‑68 (MQ=255) gCGGGGGGGGTTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTg > 1:195811/1‑90 (MQ=255) | AAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTG > NZ_CP009273/766285‑766436 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |