| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 2,601,603 | 0 | T | G | 53.3% | 16.5 / 22.8 | 30 | V443G (GTG→GGG) | hyfF | hydrogenase 4 subunit F |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (6/8); new base G (16/0); total (22/8) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.13e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.34e-04 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGCGCGGGTGTTAATGGCGAAACCGCCGCAGGCCGTTAACCGGGGTGATCTCGGCTGGTTGACCACCTCGCCAATGGTGATTCTGCTGGTCATGATGC > NZ_CP009273/2601516‑2601692 | tGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGCGCGGgtgt < 2:1385663/90‑1 (MQ=255) gTAATCACCTTCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACAGATGGCTGCGCGGGGGTTAATgg > 2:1227859/1‑90 (MQ=255) gctgATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGGTGGGTGCGCGGGGGTTAATGGGGGAAacgcc > 2:186224/1‑90 (MQ=255) gctgATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGGACGGATGGCTGCGCGGGGGGTAATGGCGAAAccgcc > 1:882824/1‑90 (MQ=255) gATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGCGCGGGTGTTAATGGCGAAACCGCCGCa < 1:301302/90‑1 (MQ=255) aTTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGATAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTAGGGATGGCTGCGCGGGTGTTAATGGCGAAACCGCCGCAg < 2:171727/90‑1 (MQ=255) gTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGCGCGGGGGTTAATGGCGAAACCGCCGCAGGCCGtt > 1:1211860/1‑90 (MQ=255) gTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGCGCGGGGGTTAATGGCGAAACCGCCGCAGGCCGtt > 1:1348567/1‑90 (MQ=255) gTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGCGCGGGGGTTAATGGCGAAACCGCCGCAGGCCGtt > 1:63363/1‑90 (MQ=255) atCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGCGCGGGGGTTAATGGCGAAACCGCCGCAGGCCGtt > 1:265446/2‑90 (MQ=255) ctgctgTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGGTGGCTGCGCGGGGGTTAATGGCGAAACCGCCGCAGGCCGTTAAc > 1:850018/1‑90 (MQ=255) ctgctgTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGCGCGGGGGTTAATGGCGAAACCGCCGCAGGCCGTTAAc > 1:34516/1‑90 (MQ=255) tgctgTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGCGCGGGGGTTAATGGCGAAACCGCCGCAGGCCGTTAAcc > 1:1065170/1‑90 (MQ=255) gctgTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGCGCGGGTGTTAATGGCGAAACCGCCGCAGGCCGTTAACCg > 1:1462343/1‑90 (MQ=255) gctgTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGCGCGGGGGTTAATGGCGAAACCGCCGCAGGCCGTTAACCg > 2:11185/1‑90 (MQ=255) gTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTAGGGATGGCTGCGCGGGTGTTAATGGCAAAACCGCCGCAGGCCGTTAACCgggg < 2:501247/90‑1 (MQ=255) gTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGCGCGGGTGTTAATGGCGAAACCGCCGCAGGCCGTTAACCgggg < 2:1103635/90‑1 (MQ=255) gTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGCGCGGGTGTTAATGGCGAAACCGCCGCAGGCCGTTAACCgggg < 1:1480829/90‑1 (MQ=255) cTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGCGCGGGTGTTAATGGCGAAACCGCCGCAGGCCGGTAACCGGGGGGAtctc > 1:34396/1‑90 (MQ=255) cTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGCGCGGGGGTTAATGGCGAAACCCCCGCCGGCCGTTAACCGGGGTGAtctc > 1:1620466/1‑90 (MQ=255) cTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGGACGGATGGCTGCGCGGGGGGTAATGGGGAAACCCCCGCAGGCCGGTAACCGGGGGGGtctc > 2:243493/1‑90 (MQ=255) ttAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGCGCGGGGGTTAATGGCGAAACCGCCGCAGGCCGTTAACCGGGGGGGTCTCGGc > 1:1405720/1‑90 (MQ=255) gTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGCGCGGGTGTTAATGGCGAAACCGCCGCAGGCCGTTAACCGGGGTGATCTCGGCTGGTTGacc < 2:63363/90‑1 (MQ=255) tGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGCGCGGGGGTTAATGGCGAAACCGCCGCAGGCCGTTAACCGGGGGGATCTCGGCTGGTTGACCACCt > 1:1605843/1‑90 (MQ=255) ggCCTGGTACGGATGGCTGCGCGGGTGTTAATGGCGAAACCGCCGCAGGCCGTTAACCGGGGTGATCTCGGCTGGGTGACCACCTCGCCa > 1:768448/1‑90 (MQ=255) gCCTGGGACGGATGGCTGCGCGGGGGTTAATGGCGAAACCGCCGCAGGCCGTTAACCGGGGGGATCTCGGGTGGGTGGCCACCCCGccca > 2:555419/1‑88 (MQ=255) ggATGGCTGCGCGGGTGTTAATGGCGAAACCGCCGCAGGCCGTTAACCGGGGTGATCTCGGCTGGTTGACCACCTCGCCAATGGTGATTc < 1:186224/90‑1 (MQ=255) tGGCGGCGGGGGTGTTAATGGCAAACCCGCCGCAGGCCGTTAACCGGGGTGATCTCGGCTGGTTGACCACCTCGCCAATGGTGATTctgc < 2:1065170/90‑1 (MQ=255) gCTGCGCGGGTGTTAATGGCGAAACCGCCGCAGGCCGTTAACCGGGGTGATCTCGGCTGGTTGACCACCTCGCCAATGGTGATTctgctg > 2:174042/1‑90 (MQ=255) gCTGCGCGGGTGTTAATGGCGAAACCGCCGCAGGCCGTTAACCGGGGTGATCTCGGCTGGTTGACCACCTCGCCAATGGTGATTctgctg > 1:1493629/1‑90 (MQ=255) gCTGCGCGGGTGTTAATGGCGAAACCGCCGCAGGCCGTTAACCGGGGTGATCTCGGCTGGTTGACCACCT‑GCCAATGGTGATTCTGCTgg > 1:450501/1‑90 (MQ=255) tgtTAAGGGCGAACCCGCCGCAGGCCGTTAACCGGGGTGATCTCGGCTGGTTGACCACCTCGCCAATGGTGATTCTGCTGGTCATGATGc < 2:1348567/90‑1 (MQ=255) | TGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGCGCGGGTGTTAATGGCGAAACCGCCGCAGGCCGTTAACCGGGGTGATCTCGGCTGGTTGACCACCTCGCCAATGGTGATTCTGCTGGTCATGATGC > NZ_CP009273/2601516‑2601692 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 5 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |