| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NZ_CP009273 | 3202563 = | 56 (0.820) | 3 (0.050) | 3/140 | 4.2 | 5.7% | coding (1181/1464 nt) | ttdT | L‑tartrate/succinate antiporter |
| ? | NZ_CP009273 | 3202626 = | 50 (0.830) | coding (1244/1464 nt) | ttdT | L‑tartrate/succinate antiporter | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GTTTTATCTACTGCGCTACTTTTTCGCCAGCGCCACGGCGTATACCTCCGCTCTCGCACCGATGATGATTGCTGCTGCGCTGGCGATGCCGGAAATCCCGCTGCCGGTGTTCTGCCTGATGGTTGGTGCGGCAATTGGTCTGGGGAGCATTCTTACACCATACGC > NZ_CP009273/3202540‑3202704 | gtTTTATCTACTGCGCTACTTTTTCGCCAGCGCCACGGCGTATACCTCCGCTCTCGCACCGATGATGATTGCTGCTGCGCTGGCGATGcc > 1:2114290/1‑90 (MQ=255) tACTGCGCTACTTTTTCGCCAGCGCCACGGCGTATACCTCCGCTCTCGCACCGATGATGATTGCTGCTGAGCTGGCGATGCCGGAAATcc > 2:275607/1‑90 (MQ=255) cTGCGCTACTTTTTCGCCAGCGCCACGGCGTATACCTCCGCTCTCGCACCGATGATGATTGCTGCTGCGCTGGCGATGCCGGAAATCCCg > 1:54606/1‑90 (MQ=255) gcgcTACTTTTTCGCCAGCGCCACGGCGTATACCTCCGCTCTCGCACCGATGATGATTGCTGCTGCGCTGGCGATGCCGGAAATCCCGCt > 1:1979454/1‑90 (MQ=255) gcTACTTTTTCGCCAGCGCCACGGCGTATACCTCCGCTCTCGCACCGATGATGATTGCTGCTGCGCTGGCGATGCCGGAAATCCCGCTGc < 1:601963/90‑1 (MQ=255) cTACTTTTTCGCCAGCGCCACGGCGTATACCTCCGCTCTCGCACCGATGATGATTGCTGCTGCGCTGGCGATGCCGGAAATCCCGCTGcc > 1:1202493/1‑90 (MQ=255) ttCGCCAGCGCCACGGCGTATACCTCCGCTCTCGCACCGATGATGATTGCTGCTGCGCTGGCGATGCCGGAAATCCCGCTGCCGGTGTTc < 2:591893/90‑1 (MQ=255) ttCGCCAGCGCCACGGCGTATACCTCCGCTCTCGCACCGATGATGATTGCTGCTGCGCTGGCGATGCCGGAAATCCCGCTGCCGGTGTTc < 1:2142667/90‑1 (MQ=255) ttCGCCAGCGCCACGGCGTATACCTCCGCTCTCGCACCGATGATGATTGCTGCTGCGCTGGCGATGACGGAAATCCCGCTGCCGGTGTTc < 2:181320/90‑1 (MQ=255) ccAGCGCCACGGCGTATACCTCCGCTCTCGCACCGATGATGATTGCTGCTGCGCTGGCGATGCCGGAAATCCCGCTGCCGGTGTTCTGcc < 2:109538/90‑1 (MQ=255) cAGCGCCACGGCGTATACCTCCGCTCTCGCACCGATGATGATTGCTGCTGCGCTGGCGATGCCGGAAATCCCGCTGCCGGTGTTCTGCCt > 1:859941/1‑90 (MQ=255) tataCCTCCGCTCTCGCACCGATGATGATTGCTGCTGAGCTGGCGATGCCGGAAATCCCGCTGCCGGTGTTCTGCCTGATGGTTGGTGCg < 1:275607/90‑1 (MQ=255) ccTCCGCTCTCGCACCGATGATGATTGCTGCTGCGCTGGCGATGCCGGAAATCCCGCTGCCGGTGTTCTGCCTGATGGTTGGTGCGGCaa > 1:1158437/1‑90 (MQ=255) ccTCCGCTCTCGCACCGATGATGATTGCTGCTGCGCTGGCGATGCCGGAAATCCCGCTGCCGGTGTTCTGCCTGATGGTTGGTGCGGCaa > 1:1098313/1‑90 (MQ=255) cTCCGCTCTCGCACCGATGATGATTGCTGCTGCGCTGGCGATGCCGGAAATCCCGCTGCCGGTGTTCTGCCTGATGGTTGGTGCGGCAAt < 1:1350673/90‑1 (MQ=255) cTCCGCTCTCGCACCGATGATGATTGCTGCTGCGCTGGCGATGCCGGAAATCCCGCTGCCGGTGTTCTGCCTGATGGTTGGTGCGGCAAt < 2:207025/90‑1 (MQ=255) cTCCGCTCTCGCACCGATGATGATTGCTGCTGCGCTGGCGATGCCGGAAATCCCGCTGCCGGTGTTCTGCCTGATGGTTGGTGCGGCAAt > 2:517566/1‑90 (MQ=255) tCCGCTCTCGCACCGATGATGATTGCTGCTGCGCTGGCGATGCCGGAAATCCCGCTGCCGGTGTTCTGCCTGATGGTTGGTGCGGCAAtt > 1:1795780/1‑90 (MQ=255) ccGCTCTCGCACCGATGATGATTGCTGCTGCGCTGGCGATGCCGGAAATCCCGCTGCCGGTGTTCTGCCTGATGGTTGGTGCGGCAATTg > 2:1247915/1‑90 (MQ=255) ccGCTCTCGCACCGATGATGATTGCTGCTGCGCTGGCGATGCCGGAAATCCCGCTGCCGGTGTTCTGCCTGATGGTTGGTGCGGCAATTg > 1:644089/1‑90 (MQ=255) ccGCTCTCGCACCGATGATGATTGCTGCTGCGCTGGCGATGCCGGAAATCCCGCTGCCGGTGTTCTGCCTGATGGTTGGTGCGGCAATTg > 1:1035612/1‑90 (MQ=255) ccGCTCTCGCACCGATGATGATTGCTGCTGCGCTGGCGATGCCGGAAATCCCGCTGCCGGTGTTCTGCCTGATGGTTGGTGCGGCAATTg > 1:1185644/1‑90 (MQ=255) gCTCTCGCACCGATGATGATTGCTGCTGCGCTGGCGATGCCGGAAATCCCGCTGCCGGTGTTCt > 1:1289605/1‑64 (MQ=255) gCTCTCGCACCGATGATGATTGCTGCTGCGCTGGCGATGCCGGAAATCCCGCTGCCGGTGTTCt < 2:1289605/64‑1 (MQ=255) gCTCTCGCACCGATGATGATTGCTGCTGCGCTGGCGATGCCGGAAATCCCGCTGCCGGTGTTCTGCCTGATGGTTGGTGCGGCAATTGGt > 2:1030646/1‑90 (MQ=255) ctctCGCACCGATGATGATTGCTGCTGCGCTGGCGATGCCGGAAATCCCGCTGCCGGTGTTCTGCCTGATGGTTGGTGCGGCAATTGGTc < 2:270387/90‑1 (MQ=255) ccGATGATGATTGCTGCTGCGCTGGCGATGCCGGAAATCCCGCTGCCGGTGTTCTGCCTGATGGTTGGTGCGGCAATTGGTCTGGGGAGc < 1:1030646/90‑1 (MQ=255) ccGATGATGATTGCTGCTGCGCTGGCGATGCCGGAAATCCCGCTGCCGGTGTTCTGCCTGATGGTTGGTGCGGCAATTGGTCTGGGGAGc < 1:1044460/90‑1 (MQ=255) ccGATGATGATTGCTGCTGCGCTGGCGATGCCGGAAATCCCGCTGCCGGTGTTCTGCCTGATGGTTGGTGCGGCAATTGGTCTGGGGAGc < 2:1035612/90‑1 (MQ=255) ccGATGATGATTGCTGCTGCGCTGGCGATGCCGGAAATCCCGCTGCCGGTGTTCTGCCTGATGGTTGGTGCGGCAATTGGTCTGGGGAGc < 2:1098313/90‑1 (MQ=255) ccGATGATGATTGCTGCTGCGCTGGCGATGCCGGAAATCCCGCTGCCGGTGTTCTGCCTGATGGTTGGTGCGGCAATTGGTCTGGGGAGc < 2:1158437/90‑1 (MQ=255) cGATGATGATTGCTGCTGCGCTGGCGATGCCGGAAATCCCGCTGCCGGTGTTCTGCCTGATGGTTGGTGCGGCAATTGGTCTGGGGAGCa < 2:217016/90‑1 (MQ=255) gatgatgatTGCTGCTGCGCTGGCGATGCCGGAAATCCCGCTGCCGGTGTTCTGCCTGATGGTTGGTGCGGCAATTGGTCTGGGGAGc < 1:1276046/88‑1 (MQ=255) gatgatgatTGCTGCTGCGCTGGCGATGCCGGAAATCCCGCTGCCGGTGTTCTGCCTGATGGTTGGTGCGGCAATTGGTCTGGGGAGc > 2:1276046/1‑88 (MQ=255) tgatgatTGCTGCTGCGCTGGCGATGCCGGAAATCCCGCTGCCGGTGTTc < 1:1797168/50‑1 (MQ=255) tgatgatTGCTGCTGCGCTGGCGATGCCGGAAATCCCGCTGCCGGTGTTc > 2:1797168/1‑50 (MQ=255) tgatgatTGCTGCTGCGCTGGCGATGCCGGAAATCCCGCTGCCGGTGTTCt < 2:1490625/51‑1 (MQ=255) tgatgatTGCTGCTGCGCTGGCGATGCCGGAAATCCCGCTGCCGGTGTTCt < 2:1518952/51‑1 (MQ=255) tgatgatTGCTGCTGCGCTGGCGATGCCGGAAATCCCGCTGCCGGTGTTCt > 1:1490625/1‑51 (MQ=255) tgatgatTGCTGCTGCGCTGGCGATGCCGGAAATCCCGCTGCCGGTGTTCt > 1:1518952/1‑51 (MQ=255) atgatTGCTGCTGCGCTGGCGATGCCGGAAATCCCGCTGCCGGTGTTCTGCCTGATGGTTGGTGCGGCAATTGGTCTGGGGAGCATTCtt > 1:1714469/1‑90 (MQ=255) ttGCTGCTGCGCTGGCGATGCCGGAAATCCCGCTGCCGGTGTTCTGCCTGATGGTTGGTGCGGCAATTGGTCTGGGGAGCATTCTTacac > 1:822854/1‑90 (MQ=255) ttGCTGCTGCGCTGGCGATGCCGGAAATCCCGCTGCCGGTGTTCTGCCTGATGGTTGGTGCGGCAATTGGTCTGGGGAGCATTCTTacac < 2:612886/90‑1 (MQ=255) gctgctgcGCTGGCGATGCCGGAAATCCCGCTGCCGgt > 2:1220128/1‑38 (MQ=255) gctgctgcGCTGGCGATGCCGGAAATCCCGCTGCCGgt < 1:1220128/38‑1 (MQ=255) gctgcGCTGGCGATGCCGGAAATCCCGCTGCCGGTGTTCTGCCTGATGGTTGGTGCGGCAATTGGTCTGGGGAGCATTCTTACACCATAc < 2:54606/90‑1 (MQ=255) tgcGCTGGCGATGCCGGAAATCCCGCTGCCGGTGTTCTGCCTGATGGTTGGTGCGGCAATTGGTCTGGGGAGCATTCt < 2:1974183/78‑1 (MQ=255) tgcGCTGGCGATGCCGGAAATCCCGCTGCCGGTGTTCTGCCTGATGGTTGGTGCGGCAATTGGTCTGGGGAGCATTCt > 1:1974183/1‑78 (MQ=255) tgcGATGGCGATGCCGGAAATCCCGCTGCCGGTGTTCTGCCTGATGGTTGGTGCGGCAATTGGTCTGGGGAGCATTCTTACACCATACGc < 2:1056895/90‑1 (MQ=255) tgcGATGGCGATGCCGGAAATCCCGCTGCCGGTGTTCTGCCTGATGGTTGGTGCGGCAATTGGTCTGGGGAGCATTCTTACACCATACGc < 2:1934711/90‑1 (MQ=255) gcTGGCGATGCCGGAAATCCCGCTGCCGGTGTTCTGCCTGATGGTTGGTGCGGCAATTGGTCTGGGGAGc < 2:1264470/70‑1 (MQ=255) gcTGGCGATGCCGGAAATCCCGCTGCCGGTGTTCTGCCTGATGGTTGGTGCGGCAATTGGTCTGGGGAGc > 1:1264470/1‑70 (MQ=255) | GTTTTATCTACTGCGCTACTTTTTCGCCAGCGCCACGGCGTATACCTCCGCTCTCGCACCGATGATGATTGCTGCTGCGCTGGCGATGCCGGAAATCCCGCTGCCGGTGTTCTGCCTGATGGTTGGTGCGGCAATTGGTCTGGGGAGCATTCTTACACCATACGC > NZ_CP009273/3202540‑3202704 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |