| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 3,751,028 | 0 | C | T | 35.7% | 23.7 / 11.0 | 28 | A54T (GCA→ACA) | yiaY | L‑threonine dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (14/4); new base T (0/10); total (14/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.53e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.25e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TTTCAAACCTGCGGCGACGTTTTCCGTGGTGGGGTTAGGTTGGGTGCCATCATAAATAACGCTAAAAATATTGCGTTCTTCCAGTGCTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGACAATTAAGGTACGGGTAAATCCATAATCTGCCATC > NZ_CP009273/3750942‑3751113 | tttCAAACCTGCGGCGACGTTTTCCGTGGTGGGGTTAGGTTGGGCGCCATCATAAATAACGCTAAAAATATTGGGTTTTTCCAGGGCttt > 1:575701/1‑90 (MQ=255) aCCTGCGGCGACGTTTTCCGTGGTGGGGTTAGGTTGGGTGCCATCATAAATAACGCTAAAAATATTGCGTTCTTCCAGTGCTTTTTGcac < 1:463092/90‑1 (MQ=255) gcggcgACGTTTTCCGTGGTGGGGTTAGGTTGGGTGCCATCATAAATAACGCTAAAAATATTGCGTTCTTCCAGTGCTTTTTGCACATcg > 2:567832/1‑90 (MQ=255) gcggcgACGTTTTCCGTGGTGGGGTTAGGTTGGGTGCCATCATAAATAACGCTAAAAATATTGCGTTCTTCCAGTGCTTTTTGCACATcg > 1:466938/1‑90 (MQ=255) gcggcgACGTTTTCCGTGGTGGGGTTAGGTTGGGTGCCATCATAAATAACGCTAAAAATATTGCGTTCTTCCAGCGCTTTTTGCACATcg > 1:132538/1‑90 (MQ=255) cggcgACGTTTTCCGTGGTGGGGTTAGGTTGGGTGCCATCATAAATAACGCAAAAAATATTGCGTTCTTCCAGTGCTTTTTGCACATcgc < 1:66462/90‑1 (MQ=255) gACGTTTTCCGTGGTGGGGTTAGGTTGGGTGCCATCAAAAATAACGCAAAAAATTTTGCGTTCTTCCAGTGTTTTTTGCACATcgcccgc < 2:629696/90‑1 (MQ=255) tggtggGTTTAGGTTGGGTGCCATCAAAAATAACAAAAAAAATTTTGCTTTCTTCCAGTGTTTTTTGCACATCCCCCGCCATACCTAAtt < 2:466938/90‑1 (MQ=255) ggttgggttgGGTGCCAAAAAAAAAACCCAAAAAAATTTTGCTTTCTTCCAGTTTTTTTTCCACACCCCCCGCCATACCTAATTTCGTTa < 2:575701/90‑1 (MQ=255) ggTTAGGTGGGGTCCCATAAAAAAAAACGCAAAAAATTTTGCTTTCTTCCAGTTTTTTTTCCACACCCCCCGCCATACCTAATTTCGTTa < 2:546760/90‑1 (MQ=255) tAGGTTGGGTGCCATCATAAATAACGCTAAAAATATTGCGTTCTTCCAGTGCTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACa > 1:171950/1‑90 (MQ=255) gggTGCCATCATAAATAACGCTAAAAATATTGCGTTCTTCCAGTGCTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGt > 1:223767/1‑90 (MQ=255) ccATCATAAATAACGCTAAAAATATTGCGTTCTTCCAGTGCTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTg > 1:652743/1‑90 (MQ=255) ccATAAAAAAAAACGAAAAAAATTTTGCTTTCTCCCAGTTTTTTTTGCACACCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTg < 2:171950/90‑1 (MQ=255) ataaataaCGCTAAAAATATTGCGTTCTTCCAGTGCTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGACAAt > 1:157836/1‑90 (MQ=255) cGCTAAAAATATTGCGTTCTTCCAGTGCTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGACAATTAAGGTAc > 1:237021/1‑90 (MQ=255) tAAAAATATTGCGTTCTTCCAGTGCTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGACAATTAAGGTACggg > 2:600196/1‑90 (MQ=255) aaaaTTTTGCTTTCTTCCATTTTTTTTTCCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGACAATTAAGGTACGGGTa < 2:157836/90‑1 (MQ=255) aaaaTTTTGCTTTCTTCCAGTGTTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGACAATTAAGGTACGGGTa < 1:567832/90‑1 (MQ=255) aaaaTTTTGCTTTCTCCCAGTGTTTTTTCCACATCCCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGACAATTAAGGTACGGGTa < 2:259893/90‑1 (MQ=255) aaaaTATTGCGTTCTTCCAGTGCTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGACAATTAAGGTACGGGTa < 1:26194/90‑1 (MQ=255) tatTGCGTTCTTCCAGTGCTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGACAATTAAGGTACGGGTAAATc > 2:244995/1‑90 (MQ=255) tatTGCGTTCTTCCAGTGCTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGACAATTAAGGTACGGGTAAATc > 2:46585/1‑90 (MQ=255) tGCGTTCTTCCAGTGCTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGACAATTAAGGTACGGGTAAATCCAt > 2:370753/1‑90 (MQ=255) ttcCAGTTTTTTTTCCACACCCCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGACAATTAAGGTACGGGTAAATCCATAATCTGc < 2:237021/90‑1 (MQ=255) ccAGTGTTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGACAATTAAGGTACGGGTAAATCCATAATCTGCca < 1:105040/90‑1 (MQ=255) ccAGTGCTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGACAATTAAGGTACGGGTAAATCCATAATCTGCca < 1:47190/90‑1 (MQ=255) aGTGCTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGACAATTAAGGTACGGGTAAATCCATAATCTGCcatc > 2:290672/1‑90 (MQ=255) | TTTCAAACCTGCGGCGACGTTTTCCGTGGTGGGGTTAGGTTGGGTGCCATCATAAATAACGCTAAAAATATTGCGTTCTTCCAGTGCTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGACAATTAAGGTACGGGTAAATCCATAATCTGCCATC > NZ_CP009273/3750942‑3751113 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |