| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 765,675 | 0 | A | C | 56.2% | 12.2 / 17.0 | 17 | T748P (ACC→CCC) | mngB | mannosylglycerate hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (6/1); new base C (0/9); total (6/11) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.74e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.80e-04 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GGCCTGGGCGGCCTTCGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTACAACAAAATCCCATGG > NZ_CP009273/765586‑765758 | ggCCTGGGCGGCCTTCGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTtata < 1:490616/90‑1 (MQ=255) gggCGGCCTTCGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCg < 1:311256/88‑1 (MQ=255) gggCGGCCTTCGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCg > 2:311256/1‑88 (MQ=255) gggCGGCCTTCGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGt > 1:575278/1‑90 (MQ=255) gggggAATAAAAATGCCAGTCCGGGACTCACAACTCCGTGGTCTGCTTTTTTGTCGCCTAATTTTATTGATTTATGCCGGTACGCCAAcc < 2:345496/88‑1 (MQ=255) tAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTgg > 2:480545/1‑90 (MQ=255) aaCTACGTGGTCTGCTTTTTTGTCCCCTAATTTTATTGAGTTATCCCGGTCCCCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCAt < 1:321544/90‑1 (MQ=255) ggTGGTCTGTTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATCCGGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 1:363256/89‑1 (MQ=255) ggTGGTCTCCTTCCTTCTGGCATATTTTTTTGGGGTTCTCCCGGTCCGCCCCCCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:716891/89‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGTTTTTTTTTCGCTTAATTTTATTGATTTATCCGGGTCCGCAAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 1:506095/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGTTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATCCCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 1:155324/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGCTTTTTTGTCGCCTAATTTTATTGAGTTATCCCGGTCCGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 1:480545/90‑1 (MQ=255) tGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGAc > 1:539619/1‑90 (MQ=255) gTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTc > 1:510238/1‑90 (MQ=255) gTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTc > 1:372149/1‑90 (MQ=255) ttCTTGTCGCCTAATTTTATTGAGTTATCCCGGCACCCCACCCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACa < 2:477292/90‑1 (MQ=255) atttATCCCGGTCCGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTACAACAAAATCCCATgg < 2:539619/88‑1 (MQ=255) atttATCCCGGTCCCCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTACAACAAAATCCCATgg < 2:58536/88‑1 (MQ=255) | GGCCTGGGCGGCCTTCGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTACAACAAAATCCCATGG > NZ_CP009273/765586‑765758 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 5 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |