Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	NZ_CP009273	3575454	3575462	9	3 [1]	[0] 2	hcp	Hcp1 family type VI secretion system effector

TTAATAATACGGGGCTTGGTTCACAGTTCCATGGTATAACATTTTGTAAATTAATTGATAAAAGCACTCCATTATTTATTAATTCCATTA  >  NZ_CP009273/3575365‑3575454                                                                                         |  ttAATAATACGGGGCTTGGTTCACAGTTCCATGGTATAACATTTTGTAAATTAATTGATAAAAGCACTCCATTATTTATTAATTCCATTa  <  1:24847/90‑1 (MQ=255)              gCTTGGTTCACAGTTCCATGGTATAACATTTTGTAAATTAATTGATAAAAGCACTCCATTATTTATTAATTCCAtt   <  1:147535/76‑1 (MQ=255)              gCTTGGTTCACAGTTCCATGGTATAACATTTTGTAAATTAATTGATAAAAGCACTCCATTATTTATTAATTCCAtt   >  2:147535/1‑76 (MQ=255)                                                                                         |  TTAATAATACGGGGCTTGGTTCACAGTTCCATGGTATAACATTTTGTAAATTAATTGATAAAAGCACTCCATTATTTATTAATTCCATTA  >  NZ_CP009273/3575365‑3575454

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑