| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 765,675 | 0 | A | C | 52.6% | 17.1 / 21.1 | 19 | T748P (ACC→CCC) | mngB | mannosylglycerate hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (6/3); new base C (0/10); total (6/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.10e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.24e-03 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTACAACAAAATCCCATGGGA > NZ_CP009273/765601‑765760 | cGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAAccg > 2:374660/1‑90 (MQ=255) aaaGGCCAGTCCCGGACACACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCCCCTAAGTTTATTGAGTTATCCCGGTACGCCAACCGCCGCTGgtg < 2:199314/90‑1 (MQ=255) gCCAGCCCCGGCCCCACACCTCCGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATCCCGGTCCGCCAACCGCCGCTGGTGTAGc < 1:300670/90‑1 (MQ=255) cacaACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAg > 1:334055/1‑90 (MQ=255) caACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCa > 2:97432/1‑90 (MQ=255) aaCTCCGTGGTTTCCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATCCCGGTCCCCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCAt < 2:30445/90‑1 (MQ=255) aCGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCt > 2:40679/1‑90 (MQ=255) cGTGGTCTGTTTTTTTGTCGCCTAATTTTATTGAGTTATCCCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:336476/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGTTTTTTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTCCCCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:631/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGTTTTTTTGGCGCCTAAGTTTATTGATTTATCCGGGTCCCCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 1:301572/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGTTTTCTGGTCGCATAAGTTTTTTGATTTATCCCGGTCCGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 1:224554/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAATTTTATTGATTTATCCCGGCCCGCCACCCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 1:297426/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATCCCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCtc < 2:29843/90‑2 (MQ=255) tGGTTTGTTTTCTTGTCCCCTAATTTTATTGAGTTATCCGGGTACGCCACCCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGAc < 2:167570/90‑1 (MQ=255) aattttATTGATTTATCCCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTAcaacaa < 2:269218/87‑1 (MQ=255) tATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:191959/62‑1 (MQ=255) tATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg > 1:191959/1‑62 (MQ=255) tGATTTACACCGGCACCCCACCCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCATGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTACAACAAAATCCCAt < 1:374660/90‑1 (MQ=255) ttATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTACAACAAAATCCCATGGGa > 2:387041/1‑90 (MQ=255) | CGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTACAACAAAATCCCATGGGA > NZ_CP009273/765601‑765760 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 5 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |