| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NZ_CP009273 | 454244 = | 7 (0.340) | 29 (1.470) | 16/158 | 0.2 | 81.3% | intergenic (+88/‑100) | clpX/lon | ATP‑dependent protease ATP‑binding subunit ClpX/endopeptidase La |
| ? | NZ_CP009273 | = 604803 | NA (NA) | intergenic (+170/+112) | BW25113_RS03025/entD | IS4‑like element IS421 family transposase/enterobactin synthase subunit EntD | |||||
AATTAACCATTCCCATACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATGGCGTGAAGCACAGTCGTGTCATCTGATTACCTGGCGGAAATTAAACTA > NZ_CP009273/454155‑454331 | aacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatg < 2:599104‑M1/1‑1 (MQ=255) atTAACCATTCCCATACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTgggg > 2:345150/1‑90 (MQ=255) atTAACCATTCCCATACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTgggg < 1:606416/90‑1 (MQ=255) tAACCATTCCCATACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGa > 2:556733/1‑90 (MQ=255) tAACCATTCCCATACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGa > 1:48489/1‑90 (MQ=255) caattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGaa < 1:312271‑M1/5‑1 (MQ=255) aaCCATTCCCATACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGaa < 1:215605/90‑1 (MQ=255) ccATTCCCATACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAAc < 1:454247/90‑1 (MQ=255) tgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGAAACAt > 2:312271‑M1/82‑90 (MQ=255) aTACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCata > 2:618755‑M2/1‑87 (MQ=255) aTACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCata > 1:132676‑M2/1‑87 (MQ=255) gaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGAAACATCCCCATATAc > 1:201738‑M1/72‑90 (MQ=255) gaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGAAACATCCCCATATAc > 1:614030‑M1/72‑90 (MQ=255) aTTAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCataagcgc < 1:299866‑M2/90‑9 (MQ=255) tAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCataagcgcta > 2:183204‑M2/1‑80 (MQ=255) tAACCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCataagcgctaactt < 1:214439‑M2/90‑15 (MQ=255) gtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGAAACATCCCCATATACTGACGTAc > 1:569311‑M1/64‑90 (MQ=255) gtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGAAACATCCCCATATACTGACGTAc > 1:58025‑M1/64‑90 (MQ=255) gtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGAAACATCCCCATATACTGACGTAc > 2:30339‑M1/64‑90 (MQ=255) gtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGAAACATCCCCATATACTGACGTAc > 2:67315‑M1/64‑90 (MQ=255) aCCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCataagcgctaacttaa > 1:543681‑M2/1‑74 (MQ=255) aacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGtt < 1:11237‑M1/32‑1 (MQ=255) aaaaGGGGGGATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCataagcgctaacttaagggt < 2:345670‑M2/90‑21 (MQ=255) ggggggATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCataagcgctaacttaagggttgtg > 2:260483‑M2/1‑66 (MQ=255) ggggggATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCataagcgctaacttaagggttgtg > 2:384629‑M2/1‑66 (MQ=255) gcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGa < 2:588706‑M1/38‑1 (MQ=255) gggATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCataagcgctaacttaagggttgtggta < 1:519524‑M2/90‑28 (MQ=255) caccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGAt > 1:25238‑M1/52‑90 (MQ=255) aTTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCataagcgctaacttaagggttgtggtatta > 2:299866‑M2/1‑60 (MQ=255) gaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATGGCg < 1:614854‑M1/43‑1 (MQ=255) aTCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcct > 1:556733‑M2/1‑55 (MQ=255) tcCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCataagcgctaacttaagggttgt > 2:571663‑M2/1‑52 (MQ=255) tcCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCataagcgctaacttaagggttgt < 1:571663‑M2/75‑24 (MQ=255) tcCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATGGCGTGAAGca > 1:271927/1‑90 (MQ=255) cTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatga < 1:150768‑M2/90‑43 (MQ=255) tcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATGGCGTGAAGCACAGTCgtg > 2:313942‑M1/33‑90 (MQ=255) gatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATGGCGTGAAGCACAGTCGTGTCa < 1:296032‑M1/61‑1 (MQ=255) tttCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgt < 2:188326‑M2/90‑51 (MQ=255) ggttcaacccttaagttagcgcttatGGGAAACAt > 1:132677‑M1/27‑35 (MQ=255) ggttcaacccttaagttagcgcttatGGGAAACAt < 2:132677‑M1/9‑1 (MQ=255) tctATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccga > 2:553120‑M2/1‑35 (MQ=255) tctATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccga > 1:345670‑M2/1‑35 (MQ=255) ctcGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaatt > 2:214439‑M2/1‑29 (MQ=255) taagttagcgcttatGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATGGCGTGAAGCACAGTCGTGTCATCTGATTACCTGGc < 2:557965‑M1/75‑1 (MQ=255) cGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCataagcgctaacttaagggttgtggtatta < 2:205136‑M2/57‑31 (MQ=255) cGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCataagcgctaacttaagggttgtggtatta > 1:205136‑M2/1‑27 (MQ=255) gCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactc > 1:188326‑M2/1‑25 (MQ=255) gCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactc > 1:345150‑M2/1‑25 (MQ=255) ttGAATGTGGGGGAAACATCCCataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctca < 2:717‑M2/90‑69 (MQ=255) tagcgcttatGGGAAACATCCCCATATACTGACGTAc < 2:295778‑M1/27‑1 (MQ=255) tagcgcttatGGGAAACATCCCCATATACTGACGTAc > 1:295778‑M1/11‑37 (MQ=255) tagcgcttatGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGAt > 2:129021‑M1/11‑49 (MQ=255) tagcgcttatGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGAt < 1:129021‑M1/39‑1 (MQ=255) tagcgcttatGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATGGCGTGAAGCACAGTCGTGTCATCTGATTACCTGGCGGaaa < 1:414292‑M1/80‑1 (MQ=255) tagcgcttatGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATGGCGTGAAGCACAGTCGTGTCATCTGATTACCTGGCGGaaa < 1:181427‑M1/80‑1 (MQ=255) tagcgcttatGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATGGCGTGAAGCACAGTCGTGTCATCTGATTACCTGGCGGaaa < 1:130793‑M1/80‑1 (MQ=255) gcgcttatGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATGGCGTGAAGCACAGTCGTGTCATCTGATTACCTGGCGGAAAtt > 2:265518‑M1/9‑90 (MQ=255) gcgcttatGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATGGCGTGAAGCACAGTCGTGTCATCTGATTACCTGGCGGAAAtt > 2:476897‑M1/9‑90 (MQ=255) gcgcttatGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATGGCGTGAAGCACAGTCGTGTCATCTGATTACCTGGCGGAAAtt > 1:517304‑M1/9‑90 (MQ=255) ttatGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATGGCGTGAAGCACAGTCGTGTCATCTGATTACCTGGCGGAAATTAAAc < 1:107181‑M1/86‑1 (MQ=255) tgGGGGAAACATCCCataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctcacgataac > 2:48489‑M2/1‑15 (MQ=255) tatGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATGGCGTGAAGCACAGTCGTGTCATCTGATTACCTGGCGGAAATTAAACt > 2:414292‑M1/4‑90 (MQ=255) gggggAAACATCCCataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctcacgataact < 2:138469‑M2/90‑77 (MQ=255) ggggAAACATCCCataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccga > 2:454532‑M2/1‑13 (MQ=255) ggggAAACATCCCataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccga < 1:454532‑M2/68‑56 (MQ=255) | AATTAACCATTCCCATACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATGGCGTGAAGCACAGTCGTGTCATCTGATTACCTGGCGGAAATTAAACTA > NZ_CP009273/454155‑454331 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |