Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP009273 | 49,910 | T→G | W30G (TGG→GGG) | folA → | type 3 dihydrofolate reductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 49,910 | 0 | T | G | 100.0% | 96.2 / NA | 30 | W30G (TGG→GGG) | folA | type 3 dihydrofolate reductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base G (17/13); total (17/13) |
CAGTCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGAATCAATCGGTCGTCCGTTGCCAGGAC > NZ_CP009273/49828‑49991 | cAGTCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCGGGTTTaa > 2:461328/1‑90 (MQ=255) gATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCGGGTTTAAACGCaa < 1:598916/90‑1 (MQ=255) aTTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCGGGTTTAAACGCAac < 1:62/90‑1 (MQ=255) ggcgTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCGGGGTTAAACGCAACACCtt > 2:111367/1‑90 (MQ=255) gcgTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCGGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGt < 1:552842/85‑1 (MQ=255) gcgTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCGGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGt > 2:552842/1‑85 (MQ=255) gcgTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCGGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTa > 2:564080/1‑90 (MQ=255) gcgTTATCGGCATGGAAAACCCCATGCCGGGGGACCCGCCTGCCGATTTCGCCGGGGTTTAACGCAACACCTTAAATAAAACCCGGAttt > 2:352963/1‑89 (MQ=255) ttATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCGGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATgg < 1:461328/90‑1 (MQ=255) tATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCGGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATggg < 1:564080/90‑1 (MQ=255) tATCGGCAGGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCGGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATggg < 1:610016/90‑1 (MQ=255) tCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCGGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGgcc > 2:572277/1‑90 (MQ=255) cATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCGGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATgg < 1:23607/83‑1 (MQ=255) cATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCGGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATgg > 2:23607/1‑83 (MQ=255) aTGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCGGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCAt > 2:50633/1‑90 (MQ=255) aaaaCGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCGGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCt < 1:100282/90‑1 (MQ=255) aCGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCGGGTTTAAACGCaa > 1:620370/1‑49 (MQ=255) aCGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCGGGTTTAAACGCaa < 2:620370/49‑1 (MQ=255) cGCCATGCTGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCGGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGa > 2:145759/1‑90 (MQ=255) aTGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCGGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGaatca > 1:297625/1‑90 (MQ=255) tGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCGGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGaatcaa > 1:146191/1‑90 (MQ=255) ccgccctgccGATCTCGCCGGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGAATCAATCGGTCGTcc < 2:520120/86‑1 (MQ=255) ctgcctgcCGATCTCGCCGGGTTTAAACGCAACACCt > 2:386788/1‑37 (MQ=38) ctgcctgcCGATCTCGCCGGGTTTAAACGCAACACCt < 1:386788/37‑1 (MQ=38) ctgcctgcCGATCTCGCCGGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGAATCAATCGGTCGTCCg > 2:84867/1‑90 (MQ=255) tgcctgccGATCTCGCCGGGTTTAAACGCAACACCt < 2:414005/36‑1 (MQ=38) tgcctgccGATCTCGCCGGGTTTAAACGCAACACCt > 1:414005/1‑36 (MQ=38) cctgccGATCTCGCCGGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGAATCAATCGGTCGTCCGTTg > 2:250978/1‑90 (MQ=255) gccGATCTCGCCGGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGAATCAATCGGTCGTCCGTTGCCa > 2:558005/1‑90 (MQ=255) aTCTCGCCGGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGAATCAATCGGTCGTCCGTTGCCAGGAc < 1:558005/90‑1 (MQ=255) | CAGTCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGAATCAATCGGTCGTCCGTTGCCAGGAC > NZ_CP009273/49828‑49991 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |