| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NZ_CP009273 | = 729706 | NA (NA) | 12 (0.110) | 10/154 | 3.5 | NA | pseudogene (103/1506 nt) | BW25113_RS03635 | RHS repeat protein |
| ? | NZ_CP009273 | = 729729 | NA (NA) | pseudogene (126/1506 nt) | BW25113_RS03635 | RHS repeat protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
TATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NZ_CP009273/729610‑729706‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ccgtgacgGTCATACCGGTAAAGATAGTGCGCGTCACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGG < NZ_CP009273/729729‑729641 TATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCC > 1:2578132/1‑90TATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCC > 1:98518/1‑90 ATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCC > 1:813402/1‑90 ATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCC > 2:2937041/1‑90 TGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAGCCGTATCGCCCG < 1:3216109/90‑1 TGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCG > 1:2608166/1‑90 TGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCG < 2:653474/90‑1 TGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCG < 2:1945893/90‑1 GCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGT < 2:506385/90‑1 GCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGT > 1:344737/1‑90 CCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTG > 2:2023984/1‑90 CCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTG > 1:1051079/1‑90 CACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGA > 1:206357/1‑90 CACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGA > 2:2223988/1‑90 CACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGA > 2:2653409/1‑90 ACAGCCCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGAC < 1:1315374/90‑1 ACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAATCGTATCGCCCGTGAC > 2:1967563/1‑90 ACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGAC > 1:1097395/1‑90 ACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGAC < 2:201450/90‑1 ACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGAC > 2:1164219/1‑90 ACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGAC > 2:31737/1‑90 ACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGAC > 2:350961/1‑90 ACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGAC > 2:84501/1‑90 ACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGAC > 1:2520730/1‑90 ACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGAC > 1:1332003/1‑90 ACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGAC < 1:1923072/90‑1 ACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGAC > 1:146498/1‑90 ACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGAC < 1:2418564/90‑1 ACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGAC > 1:140591/1‑90 ACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGAACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGAC > 1:2922805/1‑90 CAGCCCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACG < 1:2958829/90‑1 CAGCCCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACG < 1:1715/90‑1 CAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATTACCGTATCGCCCGTGACG > 1:2714150/1‑90 CAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACG > 2:162708/1‑90 CAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACG > 2:1816198/1‑90 CAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACG > 1:2111050/1‑90 CAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACG < 2:1281785/90‑1 CAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACG > 2:2055104/1‑90 CAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACG > 2:526760/1‑90 CAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACG < 2:2541235/90‑1 CAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACG > 2:2405044/1‑90 CAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACG > 1:1181961/1‑90 CCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGGTCAT > 2:2328010/1‑90 CCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGGTCAT < 1:2328010/90‑1 CGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGAC > 2:347109/1‑83 CGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGAC < 1:347109/83‑1 GGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCG > 1:2094834/1‑78 GGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCG < 2:2094834/78‑1 GCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGAC < 1:155768/52‑1 GCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGAC > 2:155768/1‑52 GCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGAC < 1:656929/52‑1 GCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGAC > 2:656929/1‑52 AGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACG < 2:3287386/43‑1 AGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACG > 1:3287386/1‑43 TGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGGTCATACCGGTAAAGATAGTGCGCGTCACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAG > 1:2253067/1‑90 TGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGGTCATACCGGTAAAGATAGTGCGCGTCACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAG > 2:3152332/1‑90 GTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGGTCATACCGGTAAAGATAGTGCGCGTCACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGG > 2:198279/1‑90 TGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGGTCATACCGGTAAAGATAGTGCGCGTCACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGG > 1:1862624/1‑90 GGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGGTCATACCGGTAAAGATAGTGCGCGTCACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGT > 2:1801443/1‑90 GGATAACCGTATCGCCCGTGACGGTCATACCGGTAAAGATAGTGCGCGTCACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTG > 1:1762564/1‑90 ATAACCGTATCGCCCGTGACGGTCATACCGGTAAAGATAGGGCGCGTCACGGGCGATCCGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGGGCTGTC > 2:970064/1‑90 TCGCCCGTGACGGTCATACCGGTAAAGATAGTGCGCGTCACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAG > 1:485046/1‑90 TCGCCCGTGACGCTCATACCGGTAAAGATAGTGCGCGTCACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAG > 2:1789211/1‑90 GCCCGTGACGGTCATACCGGTAAAGATAGTGCGCGTCACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCT > 1:2992251/1‑90 CGTGACGGTCATACCGGTAAAGATAGTGCGCGTCACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCG > 2:629544/1‑90 CGTGACGGTCATACCGGTAAAGATAGTGCGCGTCACGG < 2:2463461/38‑1 CGTGACGGTCATACCGGTAAAGATAGTGCGCGTCACGG > 1:2463461/1‑38 GACGGTCATACCGGTAAAGATAGTGCGCGTCACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGT > 2:140591/1‑90 GACGGTCATACCGGTAAAGATAGTGCGCGTCACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGT < 2:1145750/90‑1 GACGGTCATACCGGTAAAGATAGTGCGCGTCACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGT > 2:214263/1‑90 GACGGTCATACCGGTAAAGATAGTGCGCGTCACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGT > 1:340482/1‑90 GACGGTCATACCGGTAAAGATAGTGCGCGTCACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGT < 2:2148300/90‑1 ACGGTCATACCGGTAAAGATAGTGCGCGTCACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTC < 2:361951/90‑1 ACGGTCATACCGGTAAAGATAGTGCGCGTCACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTC < 2:2054725/90‑1 ACGGTCATACCGGTAAAGATAGTGCGCGTCACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTC < 2:2869408/90‑1 ACGGTCATACCGGTAAAGATAGTGCGCGTCACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTC < 1:1811228/90‑1 GGTCATACCGGTAAAGATAGTGCGCGTCACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGG > 2:1030397/1‑90 TATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NZ_CP009273/729610‑729706‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ccgtgacgGTCATACCGGTAAAGATAGTGCGCGTCACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGG < NZ_CP009273/729729‑729641 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |