| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 766,353 | 0 | T | G | 51.6% | 85.7 / 125.0 | 95 | intergenic (+286/‑561) | mngB/cydA | mannosylglycerate hydrolase/cytochrome ubiquinol oxidase subunit I |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (9/37); new base G (49/0); total (58/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.45e-18 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.38e-15 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ATGTGGCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGT > NZ_CP009273/766265‑766437 | atGTGGCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTg < 2:887758/90‑1 (MQ=255)atGTGGCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTg < 1:464506/90‑1 (MQ=255)atGTGGCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTg < 2:1783945/90‑1 (MQ=255) ggCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGggggggggt > 1:1350788/1‑87 (MQ=255) ggCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTg > 2:544407/1‑86 (MQ=255) ggCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTg < 1:544407/86‑1 (MQ=255) gCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGGttt > 2:2226480/1‑90 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(MQ=255) gAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGcgt < 1:2712036/90‑1 (MQ=255) gAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGcgt < 2:1694690/90‑1 (MQ=255) gAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGcgt < 2:390409/90‑1 (MQ=255) gAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGcgt < 2:1396340/90‑1 (MQ=255) gAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGcgt < 1:1834344/90‑1 (MQ=255) gAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGATTTTTTCCTTTTTTATTAATCCTGAAAATCTTcgt > 1:1019908/1‑90 (MQ=255) aGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGGTTTATGCCTTTTTTATTAATCCTGAAACTCTTcgta > 1:986901/1‑89 (MQ=255) gTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTa > 1:1479103/1‑71 (MQ=255) gTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTa < 2:1479103/71‑1 (MQ=255) gTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGGTTTATTCCTTTATTTTTAATACTGAAAATCTgcggcg > 2:1963679/1‑90 (MQ=255) gTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGATTTTTTCCTTTTTTTGTAATTCTGAAAATCTGcgtcg > 2:3397029/1‑90 (MQ=255) gTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGATTTTTTCCTTTTTTTGTAATCCTGAAACTCTGcgtcg > 2:2503591/1‑90 (MQ=255) tAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTa < 1:878286/90‑1 (MQ=255) aTTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGGTTTTTTCCTTTTTTATTAATTCTTAAAATCTGCGTCGTAtt > 2:2777890/1‑90 (MQ=255) aTTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGATTTATTCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTAtt > 1:1101748/1‑90 (MQ=255) taatataatTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTAt < 2:2442338/85‑1 (MQ=255) taatataatTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGATTTATGCCTTTTTTAGTAATCCTGAAAATCTGCGTCGTATTAGcc > 1:392070/1‑90 (MQ=255) 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(MQ=255) tGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGa > 1:1018867/1‑46 (MQ=255) gTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTc < 2:1137275/90‑1 (MQ=255) gTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTc < 1:2751622/90‑1 (MQ=255) tAATATTGGCGGGGTGGGTTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCaa > 1:1152470/1‑90 (MQ=255) tAATATTGGCGGGGGGGGTTTATGGCTTTTTTAGTAATACTGAAAATCTTGGGGGTATTAACCAGTGACCAAAAAAAAAATTAAAGTCaa > 2:502924/1‑90 (MQ=255) tAATATTGGCGGGGGGGGGTTTTGCCTTTTTTAATAATCCTGAAAATCTGCGGGGTATTAGCCAGGGACCAAAAAAAAAATTAAGGGCaa > 2:747478/1‑90 (MQ=255) tAATATTGGCGGGGGGGATTTCTGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTTCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAAAATTAAGGTCaa > 1:2605045/1‑90 (MQ=255) tAATATTGGCGGGGGGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAAATCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGGCaa > 1:697120/1‑90 (MQ=255) aaTATTGGCGGGGTTGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAAc < 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ggCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCt < 2:1706940/90‑1 (MQ=255) ggCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCt < 2:1501493/90‑1 (MQ=255) ggCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCt < 1:3018388/90‑1 (MQ=255) ggCGGGGGGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCt > 2:3224886/1‑90 (MQ=255) cGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGt < 1:1730078/90‑1 (MQ=255) | ATGTGGCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGT > NZ_CP009273/766265‑766437 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |