| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 1,125,835 | 0 | A | C | 50.7% | 75.1 / 86.9 | 69 | V162G (GTA→GGA) | flgA | flagellar basal body P‑ring formation chaperone FlgA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (25/9); new base C (0/35); total (25/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.26e-11 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.74e-09 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ACGGCTGCATTGTTCAGCGCCTGACCTTCTGCGTTGGCGCTAAACCCATCACCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATCGCGCAGGCTAATGGCATCAACAAGTTGATT > NZ_CP009273/1125748‑1125920 | aCGGCTGCATTGTTCAGCGCCTGACCTTCTGCGTTGGCGCTAAACCCATCACCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGCTTTTAcc > 2:1666418/1‑90 (MQ=255) aTTGTTCAGCGCCTGCCCTTCTGCGTTGGCGCAAACCCCACCCCCGCGGGCGACCACATTGCCGCGTTGCCCCGTTTTTCCCCGCCATGc < 2:1346416/90‑1 (MQ=255) tCAGCGCCTGACCTTCTGCGTTGGCGCTAAACCCATCACCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGCTTTTACCCGCCATGCCTGGc > 2:620612/1‑90 (MQ=255) ccAGCCCCTGCCCTTCGGGGTTGGCTCAAACCCAACCCCCCCTGGCGATCCCATTGACGAGTTCTCCCGTTTTTACCCGCCATGCCTGGc < 1:2925583/89‑1 (MQ=255) cccTGACCTTCTGCTTTGGCCCAAACCCCCCCCCCGCGGGCAATCACTTTGCCGCTTTGTCCCGTTTTTCCCCGCCATGCCTGGCGAAAc < 2:142421/89‑1 (MQ=255) tGACCTTCTGCGTTGGCGCTAAACCCATCACCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTgg > 1:2711043/1‑90 (MQ=255) tGACCTTCTGCGTTGGCGCTAAACCCATCACCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTgg > 2:2869674/1‑90 (MQ=255) tcccTTCTGCGTTGGCGCTAACCCCATCCCCGCGGGCGATCACATTGCCGCGTTGCCCCGCTTTTCCCCGCCATGCCTGGCGAAACTggg < 1:85089/88‑1 (MQ=255) gcccTTCTGCTTTGGCGCAAACCCCATCCCCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGCTTTTCCCCGCCATGCCTGGCGAAACTggg < 1:3042022/88‑1 (MQ=255) gcccTTCTGCGTTGGCGCTAACCCCACCCCCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGTTTTTCCCCGCCATGCCTGGCGAAACTggg < 1:2502164/88‑1 (MQ=255) cTTTTGCGTTGGCGCTAACCCCACCCCCGCGGGGGATCACATTGACGCGTTGCCCCGTTTTTCCCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTa < 2:1109171/90‑1 (MQ=255) cTTCTGCGTGGGCGCAAACCCCACCCCCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGCCCCGTTTTTCCCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTa < 1:2679502/90‑1 (MQ=255) ttCTGCGTTGGCGCTAAACCCATCACCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTaa > 1:1394338/1‑90 (MQ=255) ttCTGCGTTGGCCATAACCCCCTCCCCGCGGGCGATACCATTGCCGCGTTGTCCCGTTTTTCCCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTaa < 2:1336795/90‑1 (MQ=255) tCTGCGTTGGCGCTAAACCCATCACCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAAc > 1:2772975/1‑90 (MQ=255) tCTGCGTGGGCGCAAACCCCACCCCCGCGGGCGATCACATTGCCGGGTTGTCCCTTTTTTCCCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAAc < 2:1577969/90‑1 (MQ=255) cTGCGTTGGCGCTAAACCCATCACCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACt > 1:1308982/1‑90 (MQ=255) ctttGGCGCTAACCCCCCCACCGCGGGGAATCAAATTGGGGCTTTCCCCCTTTTTTCCCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGa < 2:3294945/88‑1 (MQ=255) gTTGGCGCTAAACCCATCACCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGAt > 2:3248467/1‑90 (MQ=255) ttGGCGCTAAACCCATCACCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATa > 2:2329803/1‑90 (MQ=255) tGGCGCTAACCCCATCCCCGCTGGCGATCACATTGCCGCGTTGCCCCGTTTTTCCCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAg < 1:2890807/90‑1 (MQ=255) tGGCGCAAACCCCTTCCCCGCGGGCGATCACATTGCCGCGTTGCCCCGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAg < 1:2152818/90‑1 (MQ=255) tGGCGCAAACCCCACCCCCGCTGGGGATCACATTGCCGGGTTGCCCCGTTTTTCCCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAg < 2:2491727/90‑1 (MQ=255) ggCGCTAAACCCATCACCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAgg > 2:2950919/1‑90 (MQ=255) aaccccACCCCCGCGGGCGACCACTTTGCCGCTTTGTCCCGTTTTTCCCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATc < 2:2572937/87‑1 (MQ=255) cccccACCCCCGCGGGCAATCACTTTGCCGTGTTGTCCCTTTTTTCCCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCg < 2:3094630/88‑1 (MQ=255) accccATCCCCGGGGGAGATCACTTTGAGGGGTTGTCCCGCTTTTCCCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCg < 1:1174296/88‑1 (MQ=255) accccATCCCCGCTGGCGATCAATTTCACGGGTTGTCCCGCTTTTCCCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCg < 1:1731811/88‑1 (MQ=255) accccATCCCCGCGGGCGATCACATTGCCGGGTTGCCCCGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCg < 1:1666418/88‑1 (MQ=255) accccACCCCCGCGGGCGATCAAATTGGCGTGTTGCCCCGTTTTTCCCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCg < 1:2688939/88‑1 (MQ=255) accccACCCCCGCGGGCAATCACATTGACGCGTTGTCCCTTTTTTCCCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCg < 2:3102782/88‑1 (MQ=255) aaCCCATCCCCGCGGGGGATAATATTGGCGGGTTGTCCCGTTTTTCCCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCg < 2:3049214/90‑1 (MQ=255) aaCCCACCCCCGCGGGCGATCAAATTGACGCGTTGTCCCGTTTTTCCCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCg < 1:2641458/90‑1 (MQ=255) cATCACCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTg > 2:1284625/1‑90 (MQ=255) aTCACCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGa > 1:60250/1‑90 (MQ=255) aTCACCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGa > 2:2245589/1‑90 (MQ=255) ctgCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATCGa > 2:2891633/3‑90 (MQ=255) ccGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGa > 1:3305192/1‑90 (MQ=255) ccGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGa > 2:290756/1‑90 (MQ=255) ccGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGa > 1:1039452/1‑90 (MQ=255) gCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATc > 2:1676424/1‑90 (MQ=255) gCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATc > 2:811391/1‑90 (MQ=255) gCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATc > 1:1978202/1‑90 (MQ=255) gCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATc > 1:3094630/1‑90 (MQ=255) gCGATCACTTTGACGCGTTGTCCCGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATCgcgc < 1:86911/90‑1 (MQ=255) gCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGTTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATCgcgc < 1:2329803/90‑1 (MQ=255) gCGATCACATTGACGCGTTGCCCCGTTTTTCCCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATCgcgc < 1:1165285/90‑1 (MQ=255) gCGATCACATTGACGCGTTGCCCCGTTTTTCCCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATCgcgc < 1:1750267/90‑1 (MQ=255) gCGATCACATGGACGCGTTGCCCCGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATCgcgc < 1:2527325/90‑1 (MQ=255) gCGACCACATTGACGCGTTGCCCCGTTTTTCCCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATCgcgc < 1:734841/90‑1 (MQ=255) tCACATTGACGCGTTGTCCCGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATCGCGCAGGc > 1:2248579/1‑90 (MQ=255) ctttGACGCGTTGCCCCTTTTTTCCCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATCGCGCAGGCTaa < 1:1537195/88‑1 (MQ=255) aTTGACGCGTTGCCCCGCTTTTCCCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATCGCGCAGGCTAAt < 1:3142996/90‑1 (MQ=255) gtgTTGTCCCTTTTTTCCCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATCGCGCAGGCTAATGGCATc < 2:1978202/88‑1 (MQ=255) ttGTCCCGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATCGCGCAGGCTAATGGCATcaac > 2:1116973/1‑90 (MQ=255) ttGCCCCGTTTTTCCCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATCGCGCAGGCTAATGGCATcaac < 2:2084382/90‑1 (MQ=255) tgcccccCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATCGCGCAGGCTAATGGCATcaaca < 1:320664/87‑1 (MQ=255) tgccccGTTTTTCCCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATCGCGCAGGCTAATGGCATcaaca < 1:2994001/87‑1 (MQ=255) tgccccGCTTTCCCCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATCGCGCAGGCTAATGGCATcaaca < 1:624487/87‑1 (MQ=255) tGTCCCGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATCGCGCAGGCTAATGGCATcaaca > 1:3313773/1‑90 (MQ=255) cccGTTTTTCCCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATCGCGCAGGCTAATGGCATCAACAAGt < 1:807905/90‑1 (MQ=255) cccGTTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATCGCGCAGGCTAATGGCATCAACAAGt < 2:417620/90‑1 (MQ=255) cccGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATCGCGCAGGCTAATGGCATCAACAAGt > 1:1849211/1‑90 (MQ=255) ccGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATCGCGCAGGCTAATGGCATCAACAAGtt < 1:1233724/90‑1 (MQ=255) cGCTTTTCCCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATCGCGCAGGCTAATGGCATCAACAAGttg < 2:1207634/90‑1 (MQ=255) cGCTTTTCCCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATCGCGCAGGCTAATGGCATCAACAAGttg < 1:2032365/90‑1 (MQ=255) ttttCCCCGCCATGCCTGGCGTAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATCGCGCAGGCTAATGGCATCAACAAGttgatt < 1:3400001/90‑1 (MQ=255) ttttCCCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATCGCGCAGGCTAATGGCATCAACAAGttgatt < 2:1112505/90‑1 (MQ=255) ttttCCCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATCGCGCAGGCTAATGGCATCAACAAGttgatt < 1:1116973/90‑1 (MQ=255) | ACGGCTGCATTGTTCAGCGCCTGACCTTCTGCGTTGGCGCTAAACCCATCACCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATCGCGCAGGCTAATGGCATCAACAAGTTGATT > NZ_CP009273/1125748‑1125920 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 5 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |