Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	NZ_CP009273	2297175	2297195	21	2 [0]	[0] 6	BW25113_RS25870	hypothetical protein

GCGATTGATTCACCAGAGATATTTCTGCTGGTTTGCTCTCTCATTAGAATTTAACACTAAAAGAGCAGGTAAAATTGTCTGAATGTTCTT  >  NZ_CP009273/2297196‑2297285 |                                                                                          gCGATTGATTCACCAGAGATATTTCTGCTGGTTTGCTCTCTCATTAGAATTTAACACTAAAAGAGCAGGTAAAATTGTCTGAATg       <  1:53331/85‑1 (MQ=255) gCGATTGATTCACCAGAGATATTTCTGCTGGTTTGCTCTCTCATTAGAATTTAACACTAAAAGAGCAGGTAAAATTGTCTGAATg       <  1:58322/85‑1 (MQ=255) gCGATTGATTCACCAGAGATATTTCTGCTGGTTTGCTCTCTCATTAGAATTTAACACTAAAAGAGCAGGTAAAATTGTCTGAATg       >  2:53331/1‑85 (MQ=255) gCGATTGATTCACCAGAGATATTTCTGCTGGTTTGCTCTCTCATTAGAATTTAACACTAAAAGAGCAGGTAAAATTGTCTGAATg       >  2:58322/1‑85 (MQ=255) gCGATTGATTCACCAGAGATATTTCTGCTGGTTTGCTCTCTCATTAGAATTTAACACTAAAAGAGCAGGTAAAATTGTCTGAATGTTCtt  >  1:411956/1‑90 (MQ=255) gCGATTGATTCACCAGAGATATTTCTGCTGGTTTGCTCTCTCATTAGAATTTAACACTAAAAGAGCAGGTAAAATTGTCTGAATGTTCtt  >  2:104550/1‑90 (MQ=255) |                                                                                          GCGATTGATTCACCAGAGATATTTCTGCTGGTTTGCTCTCTCATTAGAATTTAACACTAAAAGAGCAGGTAAAATTGTCTGAATGTTCTT  >  NZ_CP009273/2297196‑2297285

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑