| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 4,218,241 | 0 | A | C | 55.6% | 11.8 / 16.7 | 18 | T195P (ACC→CCC) | yjbB | Na/Pi cotransporter family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (5/3); new base C (0/10); total (5/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.54e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.74e-03 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GCTGGATGCGCTGATTGGCGCGATGTTCGCCATTATCAGCTACTCCAGCCTTGCTGCTGTACTGCTGACCGCGACTCTGACCGCCGCAGGCATTATCTCCTTCCCCGTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCT > NZ_CP009273/4218174‑4218326 | gctgGATGCGCTGATTGGCGCGATGTTCGCCATTATCAGCTACTCCAGCCTTGCTGCTGTACTGCTGACCGCGACTCTGACCGCCGCAgg < 1:133942/90‑1 (MQ=255) cgcTGATTGGCGCGATGTTCGCCATTATCAGCTACTCCAGCCTTGCTGCTGTACTGCTGACCGCGACTCTGACCGCCGCAGGCATTAtct > 1:164011/1‑90 (MQ=255) cTGTTTGGCGCGATGTTCGCCATTACCAGCTCCCCCAGCTTTGCTGCTGTACTGCTGCCCGCGCCTCTGACCGCCGCAGGCATTATCTcc < 2:383037/90‑1 (MQ=255) ttCGCCTTTATCAGCTCCCCCAGCCTTGCTGCTGTCCTGCTGCCCGCGCCTCTGACCGCCGCAGGCATTATCTCCTTCCCCGTGGCGctc < 2:53343/90‑1 (MQ=255) ttCGCCATTATCAGCTCCTCCAGCCTTGCTGCTGTACTGCTGCCCGCGACTCTGACCGCCGCAGGCATTATCTCCTTCCCCGTGGCGctc < 1:167239/90‑1 (MQ=255) tcccccATTATCACCTACCCCGGCCTTGCTGCTGTCCTGCTGCCCGCGCCTCTGACCGCCGCAGGCATTATCTCCTTCCCCGTGGCGctc < 2:346341/86‑1 (MQ=255) tcccccATTACCAGCTCCCCCGGCTTTGCTGCTGTCCTGCGGCCCGCGACTCTGACCGCCGCAGGCATTATCTCCTTCCCCGTGGCGctc < 2:352862/86‑1 (MQ=255) tccGCCATTACCACCTCCCCCAGCCTTGCTGCTGTCCTGCTGACCGCGACTCTGACCGCCGCAGGCATTATCTCCTTCCCCGTGGCGctc < 2:1031/88‑1 (MQ=255) aGCTACTCCAGCCTTGCTGCTGTACTGCTGCCCGCGACTCTGACCGCCGCAGGCATTATCTCCTTCCCCGTGGCGCTCTGTCTGGTGAtt < 1:159649/90‑1 (MQ=255) gCTCCTCCAGCCTTGCTGCTGTCCTGCTGCCCGCGACTCTGACCGCCGCAGGCATTATCTCCTTCCCCGTGGCGCTCTGTCTGGTGATTg < 1:423697/90‑1 (MQ=255) cTACTCCAGCCTTGCTGCTGTACTGCTGACCGCGACTCTGACCGCCGCAGGCATTATCTCCTTCCCCGTGGCGCTCTGTCTGGTGAtggt > 1:28771/1‑87 (MQ=255) cTACTCCAGCCTTGCTGCTGTACTGCTGACCGCGACTCTGACCGCCGCAGGCATTATCTCCTTCCCCGTGGCGCTCTGTCTGGTGATTgg > 2:255056/1‑90 (MQ=255) tttGCTGCTGTCCTGCTGCCCGCGCCTCTGACCGCCGCAGGCATTATCTCCTTCCCCGTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTc < 2:10699/89‑1 (MQ=255) tttGCTCCTTTCCTGCTGCCCGCGCCTCTGCCCGCCGCAGGCATTATCTCCTTCCCCGTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTc < 2:164011/89‑1 (MQ=255) cTTGCTGCTGTACTGCTGCCCGCGCCTCTGACCGCCGCAGGCATTATCTCCTTCCCCGTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTc < 2:274358/90‑1 (MQ=255) tgTACTGCTGACCGCGACTCTGACCGCCGCAGGCATTATCTCCTTCCCCGTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCgg > 2:314336/1‑90 (MQ=255) ctgctgACCGCGACTCTGACCGCCGCAGGCATTATCTCCTTCCCCGTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTctg < 1:255056/90‑1 (MQ=255) gctgACCGCGACTCTGACCGCCGCAGGCATTATCTCCTTCCCCGTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTctgct > 2:242422/1‑90 (MQ=255) | GCTGGATGCGCTGATTGGCGCGATGTTCGCCATTATCAGCTACTCCAGCCTTGCTGCTGTACTGCTGACCGCGACTCTGACCGCCGCAGGCATTATCTCCTTCCCCGTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCT > NZ_CP009273/4218174‑4218326 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 5 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |