| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP009273 | 3,390,244 | T→C | D304G (GAC→GGC) | rng ← | ribonuclease G |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 3,390,244 | 0 | T | C | 93.3% | 37.6 / ‑3.3 | 15 | D304G (GAC→GGC) | rng | ribonuclease G |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (9/5); total (10/5) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.16e-01 | |||||||||||
GCGTCGCTTCAATATTGGTATTGAAAATGGTGTCGTCCAGATTGCGATGACCGACAAACGCTCCGGTATTGATGTCCACGGTGGTCATCGCTTCGGTCTGGTCGATAATGAGATAACCACCGGATTTCAGTTCTACTTTGCGTTCCAGCGCTCGCTGGATTT > NZ_CP009273/3390170‑3390331 | gCGTCGCTTCAATATTGGTATTGAAAATGGTGTCGTCCAGATTGCGATGACCGACAAACGCTCCGGTATTGATGCCCACGGTGGTCATCg > 1:292321/1‑90 (MQ=255) cTTCAATATTGGTATTGAAAATGGTGTCGTCCAGATTGCGATGACCGACAAACGCTCCGGTATTGATGCCCACGGTGGTCATCGCTTCgg < 1:327556/90‑1 (MQ=255) aaTATTGGTATTGAAAATGGTGTCGTCCAGATTGCGATGACCGACAAACGCTCCGGTATTGATGCCCACGGTGGTCATCGCTTCGGTCTg < 2:252293/90‑1 (MQ=255) ggTATTGAAAATGGTGTCGTCCAGATTGCGATGACCGACAAACGCTCCGGTATTGATGCCCACGGTGGTCATCGCTTCGGTCTGGTCGAt > 1:299014/1‑90 (MQ=255) ggTATTGAAAATGGTGTCGTCCAGATTGCGATGACCGACAAACGCTCCGGTATTGATGCCCACGGTGGTCATCGCTTCGGTCTGGTCGAt > 2:253894/1‑90 (MQ=255) ggTATTGAAAATGGTGTCGTCCAGATTGCGATGACCGACAAACGCTCCGGTATTGATGCCCACGGTGGTCATCGCTTCGGTCTGGTCGAt > 2:75072/1‑90 (MQ=255) tATTGAAAATGGTGTCGTCCAGATTGCGATGACCGACAAACGCTCCGGTATTGATGCCCACGGTGGTCATCGCTTCGGTCTGGTCGATaa > 2:67439/1‑90 (MQ=255) tGAAAATGGTGTCGTCCAGATTGCGATGACCGACAAACGCTCCGGTATTGATGCCCACGGTGGTCATCGCTTCGGTCTGGTCGATAATga > 1:196187/1‑90 (MQ=255) aaTGGTGTCGTCCAGATTGCGATGACCGACAAACGCTCCGGTATTGATGCCCACGGTGGTCATCGCTTCGGTCTGGTCGATAATGAGATa < 2:255761/90‑1 (MQ=255) gtgtCGTCCAGATTGCGATGACCGACAAACGCTCCGGTATTGATGCCCACGGTGGTCATCGCTTCGGTCTGGTCGATAATGAGATAacca > 1:410086/1‑90 (MQ=255) gtgtCGTCCAGATTGCGATGACCGACAAACGCTCCGGTATTGATGCCCACGGTGGTCATCGCTTCGGTCTGGTCGATAATGAGATAacca > 1:410661/1‑90 (MQ=255) cgtcCAGATTGCGATGACCGACAAACGCTCCGGTATTGATGCCCACGGTGGTCATCGCTTCGGTCTGGTCGATAATGAGATAACCACCgg < 2:430780/90‑1 (MQ=255) ttGCGATGACCGACAAACGCTCCGGTATTGATGCCCACGGTGGTCATCGCTTCGGTCTGGTCGATAATGAGATAACCACCGGATTTCAGt > 1:42954/1‑90 (MQ=255) gTATTGATGCCCACGGTGGTCATCGCTTCGGTCTGGTCGATAATGAGATAACCACCGGATTTCAGTTCTACTTTGCGTTCCAGcgctcgc < 1:391781/90‑1 (MQ=255) tGTCCACGGTGGTCATCGCTTCGGTCTGGTCGATAATGAGATAACCACCGGATTTCAGTTCTACTTTGCGTTCCAGCGCTCGCTGGAttt > 2:271958/1‑90 (MQ=255) | GCGTCGCTTCAATATTGGTATTGAAAATGGTGTCGTCCAGATTGCGATGACCGACAAACGCTCCGGTATTGATGTCCACGGTGGTCATCGCTTCGGTCTGGTCGATAATGAGATAACCACCGGATTTCAGTTCTACTTTGCGTTCCAGCGCTCGCTGGATTT > NZ_CP009273/3390170‑3390331 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |