| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 2,134,407 | 0 | A | C | 41.3% | 55.9 / 16.8 | 63 | G229G (GGT→GGG) | asmA | outer membrane assembly protein AsmA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (28/9); new base C (0/26); total (28/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.32e-10 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ATTTGGTTAAATGAAAGGCGTTTATGTGACTCCTGCCACTGGGCCTGGAAACTCCCCTGCCCCTGAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCATCTACCGTACCGTTAAGGGAT > NZ_CP009273/2134318‑2134491 | aTTTGGTTAAATGAAAGGCGTTTATGTGACTCCTGCCACTGGGCCTGGAAACTCCCCTGCCCCTGAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGCa > 1:2310462/1‑90 (MQ=255) tttGGTTAAATGAAAGGCGTTTATGTGACTCCTGCCACTGGGCCTGGAAACTCCCCTGCCCCTGAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGCAc > 1:1498015/1‑90 (MQ=255) tGGTTAAATGAAAGGCGTTTATGTGACTCCTGCCACTGGGCCTGGAAACTCCCCTGACCCTGAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGCAccc < 2:722205/90‑1 (MQ=255) aaTGAAAGGCGTTTATGTGACTCCTGCCACTGGGCCTGGAAACTCCCCTGCCCCTGAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAAc < 1:929445/90‑1 (MQ=255) aaTGAAAGGCGTTTATGTGACTCCTGCCACTGGGCCTGGAAACTCCCCTGCCCCTGAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAAc > 1:2247729/1‑90 (MQ=255) aTGAAAGGCTTTTATGTGCCTCCTGCCACTGGGCCTGGAAACTCCCCTGCCCCTGAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACt < 1:1906782/90‑1 (MQ=255) aaGGCGTTTATGTGACTCCTGCCACTGGGCCTGGAAACTCCCCTGCCCCTGAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCa > 2:1139502/1‑90 (MQ=255) aaGGCGTTTATGTGACTCCTGCCACTGGGCCTGGAAACTCCCCTGCCCCTGAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCa > 2:2479885/1‑90 (MQ=255) gTTTATGTGACTCCTGCCACTGGGCCTGGAAACTCCCCTGCCCCTGAATACCTTGTTTTGGTAAATCTGCACCCTGCAACTGCCAGTTaa > 1:2284571/1‑90 (MQ=255) gTTTATGTGACTCCTGCCACTGGGCCTGGAAACTCCCCTGCCCCTGAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTaa > 1:871726/1‑90 (MQ=255) gTTTATGTGACTCCTGCCACTGGGCCTGGAAACTCCCCTGCCCCTGAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGAACCCTGCAACTGCCAGTTaa > 1:1006373/1‑90 (MQ=255) tttATGTGACTCCTGCCACTGGGCCTGGAAACTCCCCTGCCCCTGAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAAt > 2:989173/1‑90 (MQ=255) tgACTCCTGCCACTGGGCCTGGAAACTCCCCTGCCCCTGAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTc < 2:871726/90‑1 (MQ=255) gACTCCTGCCACTGGGCCTGGAAACTCCCCTGCCCCTGAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCa > 1:165351/1‑90 (MQ=255) gACTCCTCCCACTGGGCCTGGAAACTCCCCTGCCCCTGAA‑ACCTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCaa > 2:50042/1‑90 (MQ=255) aCTCCTGCCACTGGGCCTGGAAACTCCCCTGCCCCTGAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCaa < 1:1139502/90‑1 (MQ=255) ccccTGCCACTGGGCCTGGAAACTCCCCTGCCCCTGAATCCCTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAAt < 2:122535/88‑1 (MQ=255) tGCCCCGGGGCCTGAAACCCCCCCTCCCCCTGAATACCTTTTTTTGGAAAATCGGCCCCCTGCAACTGCCAGTTAATTTTTTCAATAgcc < 1:989173/90‑1 (MQ=255) tGCCACTGGGCCTGGAACCCCCCCTGCCCCTGAATCCCTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAgcc < 2:2310462/90‑1 (MQ=255) tGCCACTGGGCCTGGAAACTCCCCTGCCCCTGAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAgcc > 2:2253403/1‑90 (MQ=255) tGCCACTGGGCCTGGAAACTCCCCTGCCCCTGAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAgcc > 2:1617175/1‑90 (MQ=255) cccACGGGGCCGGAAAACCCCCCTCCCCTTAAATCCCTTTTTTTGCAAAACCGGCCCCCTGCACCTGCCAGTTAATTTGTTCAATAgccg < 1:1688560/89‑1 (MQ=255) agcccTGGGCCGGAAACCCCCCCTGCCCCTGAATCCCTTTTTTTGGTAAATCGGCCCCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAgccg < 2:214168/86‑1 (MQ=255) aCTGGGCCTGGAAACTCCCCTGCCCCTGAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGccgccg > 2:210454/1‑90 (MQ=255) cTGGGCCTGGAAACTCCCCTGCCCCTGAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGt > 1:578753/1‑90 (MQ=255) gggCCTGGAAACTCCCCTGCCCCTGAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTa > 2:744554/1‑90 (MQ=255) ggCCTGGAAACTCCCCTGCCCCTGAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTaa > 1:487587/1‑90 (MQ=255) ggAAACTCCCCTGCCCCTGAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATcct > 1:214168/1‑88 (MQ=255) aCTCCCCTGCCCCTGAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCgg > 2:347904/1‑90 (MQ=255) aCTCCCCTGCCCCTGAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCgg > 1:1032621/1‑90 (MQ=255) cTCCCCTGCCCCTGAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGa > 1:349602/1‑90 (MQ=255) cTCCCCTGCCCCTGAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGa > 1:1273176/1‑90 (MQ=255) ctccccctaAATCCTTTTTTTTGGAAAATCGGCCCCCTGCAACTCCCATTTATTTTGTTAAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATc < 1:2253403/87‑1 (MQ=255) ccccctgAATCCTTTGTTTGGGTAAACCGCCCCCCTCCAACTCCCATTAATTTTGTTCAATACCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAg < 1:124962/89‑1 (MQ=255) ccccctaAATCCTTTTTTTTGGAAAACCGCCCCCCTGCAACTCCAATTTATTTTTTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAg < 1:1507667/89‑1 (MQ=255) cccttgAATCCTTTGTTTTGGAAAACCGCCCCCCTGCAACTGCAATTTATTTTTTTAAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGa < 1:2479885/90‑1 (MQ=255) cccctgAATCCTTTTTTTTGGTAAATCGGCCCCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGa < 2:1239850/90‑1 (MQ=255) ccctgAATCCTTTTTTTTGGTAAATCGGCCCCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGaa < 2:1438907/90‑1 (MQ=255) ccctgAATCCCTTTTTTTGGAAAATCGGCCCCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGaa < 2:1105229/90‑1 (MQ=255) ccctgAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGCCCCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGaa < 2:1032621/90‑1 (MQ=255) ccctaAATCCCTTTTTTTGGAAAATCGGCCCCCTGCAACTGCCATTTAATTTTTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATAAGaa < 2:461547/90‑1 (MQ=255) cctaAATCCTTTTTTTTGGAAAATCGCCCCCCTGCAACTGCCAGTTAATTTTTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAg < 2:2390487/90‑1 (MQ=255) tgAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCa > 2:192405/1‑90 (MQ=255) tgAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCa > 1:530136/1‑90 (MQ=255) tgAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCa > 1:1207543/1‑90 (MQ=255) aaTACTTTGTTTTGGTAAATCGGCCCCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCATc < 2:1625578/90‑1 (MQ=255) aCCTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGGATCtac > 1:2279636/1‑90 (MQ=255) aCCTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCATCtac > 2:856503/1‑90 (MQ=255) aCCTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCAGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCATCtac > 2:362641/1‑90 (MQ=255) tttttttGAAAAATCGGCCCCCTGCACCTCCCATTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGGATCtaccgt < 2:2279636/87‑1 (MQ=255) ttttttGGTAAATCGGCCCCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTAAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCATCtaccgta < 2:2247729/88‑1 (MQ=255) ttttttGGTAAATCGCCCCCCTGCAACTCCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCATCtaccgta < 2:2441545/88‑1 (MQ=255) ttttttGGAAAATCGCCCCCTTGCACCTGCCATTTATTTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCATCtaccgta < 1:2497566/88‑1 (MQ=255) tttttGGTAAATCGGCCCCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTAAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCATCtaccgtac < 1:1171599/89‑1 (MQ=255) ttttgGGTAAATCGGCCCCCTGAAACTCCCAGTTATTTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCATCtaccgtac < 1:1300165/89‑1 (MQ=255) ttttgGGTAAATCGGCCCCCTCCAACTGCCAGTTAATTTTTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCATCtaccgtac < 1:1625760/89‑1 (MQ=255) ttGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCATCTaccgtaccgt < 2:530136/90‑1 (MQ=255) ggaaaaTCGCCCCCCTGCAACTCCCATTTATTTTTTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCATCTACCGTACCGTTa < 1:192405/87‑1 (MQ=255) aaaaTCGCCCCCCTGCAACTCCCAGTTATTTTTTTAAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCATCTACCGTACCGTTAAg < 1:1617175/89‑1 (MQ=255) aactCGGCCCCCTGCAACTCCAAGTTAATTTTTTAAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCATCTACCGTACCGTTAAgg < 2:349602/87‑1 (MQ=255) aaaTCGGCCCCCTGCAACTCCCAGTTAATTTGTTAAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCATCTACCGTACCGTTAAgg < 2:1273176/90‑1 (MQ=255) aTCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCATCTACCGTACCGTTAAGGGa > 2:808082/1‑90 (MQ=255) tCGGCCCCCTGCACCTACCATTAATTTTTTTAAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCATCTACCGTACCGTTAAGGGat < 1:2366197/90‑1 (MQ=255) ccGGCACCCTGCACCTGCCAGTTATTTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCATCTACCGTACCGTTAAGGGat < 2:165351/89‑1 (MQ=255) | ATTTGGTTAAATGAAAGGCGTTTATGTGACTCCTGCCACTGGGCCTGGAAACTCCCCTGCCCCTGAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCATCTACCGTACCGTTAAGGGAT > NZ_CP009273/2134318‑2134491 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |