Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 1,430,446 | 0 | A | C | 57.7% | 18.9 / 26.6 | 26 | G235G (GGT→GGG) | ompN | porin OmpN |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (9/2); new base C (0/15); total (9/17) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.76e-05 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.78e-05 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
TCATATTACGCGTTTCTGAATACATGGTTGCCAGGTAAATATTGTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTA > NZ_CP009273/1430358‑1430528 | tCATATTACGCGTTTCTGAATACATGGTTGCCAGGTAAATATTGTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATcac < 1:137530/90‑1 (MQ=255) aCGCGTTTCTGAATACATGGTTGCCAGGTAAATATTGTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACccgc > 2:396393/1‑90 (MQ=255) aCGCGTTTCTGAATACATGGTTGCCAGGTAAATATTGTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACccgc > 1:437784/1‑90 (MQ=255) cgcgTTTCTGAATACAGGGTTGCCAGTTAAATTTTGTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGCCCCCGCGTTTGTTTTATCCCCCCccgcc < 2:482769/90‑1 (MQ=255) tttCTGAATACATGGTTGCCAGGTAAATATTGTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAg > 1:482769/1‑90 (MQ=255) ttCTGAATACATGTTTGCCAGGTAAATTTTGTTAGCATCGTTTTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCCCCCCCCGCCGCAGt < 2:382130/90‑1 (MQ=255) ttCTGAATACATGGTTGCCAGGTAAATATTTTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGt < 1:437819/90‑1 (MQ=255) ttCTGAATACATGGTTGCCAGGTAAATATTGTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCCCCACCCGCCGCAGt < 1:179482/90‑1 (MQ=255) ttCTGAATACATGGTTGCCAGGTAAATATTGTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGt > 2:437819/1‑90 (MQ=255) ttCTAAATACATGGTTGCCAGGTAAATATTGTTACCATCGTATTTTAGCCCAGCAGCCCACGCGTCTGTTTTATCCCCCCCCGCCGCAGt < 2:446970/90‑1 (MQ=255) aaTACATGGTTGCCAGGTAAATATTGTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCCCCACCCGCCGCAGTATGGt < 1:442489/90‑1 (MQ=255) tGGTTGCCAGGTAAATATTGTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAAcat > 2:169188/1‑88 (MQ=255) gCCAGGTAAATATTGTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCa > 2:308398/1‑90 (MQ=255) aaaTATTGTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGc > 2:229888/1‑90 (MQ=255) attttGTTAGCATCGTTTTTTACCCCAGCAGCCCACGCGTCTGTTTTACCCCCCCCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCgg < 2:256947/87‑1 (MQ=255) gTTAGCATCTTTTTTTAGCCCAGCAGCCCCCGCGTCTGTTTTACCCCCCCCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCaga < 2:578268/90‑1 (MQ=255) gTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCaga > 2:254625/1‑90 (MQ=255) aGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCCCGCGTCTGCTTTATCCCCCCCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCagaaga < 1:4406/90‑1 (MQ=255) cccAGCAGCCCTCGCGTCTTCTTTATCCCCCCCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCAcc < 1:396393/90‑1 (MQ=255) ccAGCAGCCCCCGCGTCTGTTTTATCCCCCCCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCa < 2:130902/90‑1 (MQ=255) cgTCTGTTTTATCCCCCCCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCa < 2:244178/90‑1 (MQ=255) cgTCTGTTTTACCCCCCCCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCa < 2:51982/90‑1 (MQ=255) cTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAg > 2:203455/1‑75 (MQ=255) cTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAg < 1:203455/75‑1 (MQ=255) ttttATCCCCCCCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTa < 2:181451/89‑1 (MQ=255) ttttACCCCCCCCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTa < 2:437784/89‑1 (MQ=255) cTTTATCCCCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTa < 1:178987/90‑1 (MQ=255) | TCATATTACGCGTTTCTGAATACATGGTTGCCAGGTAAATATTGTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTA > NZ_CP009273/1430358‑1430528 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |