| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 1,125,830 | 0 | C | T | 51.3% | 24.8 / 50.4 | 37 | A164T (GCG→ACG) | flgA | flagellar basal body P‑ring formation chaperone FlgA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (15/3); new base T (0/19); total (15/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.71e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.22e-06 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CTGTGCGACGGCTGCATTGTTCAGCGCCTGACCTTCTGCGTTGGCGCTAAACCCATCACCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATCGCGCAGGCTAATGGCATCAACAAGTTGAT > NZ_CP009273/1125741‑1125919 | cTGTGCGACGGCTGCATTGTTCAGCGCCTGACCTTCTGCGTTGGCGCTAAACCCATCACCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGc > 1:1421333/1‑90 (MQ=255) gACGGCTGCATTGTTCAGCGCCTGACCTTCTGCGTTGGCGCTAAACCCATCACCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGCTTTTAc > 2:46803/1‑90 (MQ=255) tGCATTGTTCAGCGCCTGACCTTCTGCGTTGGCGCTAAACCCATCACCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGCTTTTACCCGCCa > 2:1861610/1‑90 (MQ=255) tttGTTCAGCGCCTGCCTTTCTGCGTTGGCGCAAACCCCACCCCCGCGGGCGATCACATTGCCGCGTTGTCCCGTTTTTCCCCGCCATGc < 1:1426506/89‑1 (MQ=255) aTTGTTCAGCGCCTGCCCTTCTGGGTTGGCGCTAAACCCATCCCCGCGGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGCTTTTACCCGCCATGc < 2:1281822/90‑1 (MQ=255) gTTCAGCGCCTGACCTTCTGCGTTGGCGCTAAACCCATCACCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGCTTTTACCCGCCATGCCTg > 2:92202/1‑90 (MQ=255) gTTCAGCGCCTGACCTTCTGCGTTGGCGCTAAACCCATCACCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGCTTTTACCCGCCATGCCTg > 2:143259/1‑90 (MQ=255) gcgcCTGACCTTCTGCGTTGGCGCTAAACCCATCACCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGaa > 2:1426507/1‑90 (MQ=255) gcgcCTGACCTTCTGCGTTGGCGCTAAACCCATCACCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGaa > 1:320715/1‑90 (MQ=255) tGACCTTCTGCGTTGGCGCTAAACCCATCACCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTgg > 1:69786/1‑90 (MQ=255) ttCTGGGTTGGCGCAAAACCCATCCCCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTaa < 2:1421334/90‑1 (MQ=255) ttCTGCTTGGGCCCAAACCCCACCCCCGCGGGCGACCACATTGACGCTTTGCCCCGTTTTTCCCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTaa < 1:192/90‑1 (MQ=255) tcggCGTTGGCGCAAACCCCACCCCCGCGGGCGATCACATTGACGCGTTGCCCCGTTTTTCCCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAAc < 1:430936/87‑1 (MQ=255) tggccgcAAACCCCATCCCCGCGGGGAATCATTTTGGCGGGTTCCCCCGTTTTTCCCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATa < 1:111949/86‑1 (MQ=255) tGGCGCTAAACCCATCACCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAg > 2:699218/1‑90 (MQ=255) gcaaaaCCCACCCCCGCTGGCGATCACATTGACGGGTTGTCCCGTTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTg < 2:758286/87‑1 (MQ=255) tAACCCCATCCCCGCTGGCGATCACATTGCCGGTTTGCCCCGTTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGAt < 2:69786/90‑1 (MQ=255) tAAACCCATCACCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGAt > 1:776477/1‑90 (MQ=255) aaaccccACCCCCGCTGGGGATCACATTGCCGCGTTGCCCCGTTTTTCCCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGAt < 2:531045/86‑1 (MQ=255) accccATCCCCGCTGGGGATCACATTGACGCGTTGCCCCGTTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCg < 2:975886/88‑1 (MQ=255) accccATCCCCGCTGGCGATCACATTGACGGGTTGTCCCGTTTTTCCCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCg < 2:715969/88‑1 (MQ=255) aaCCCATCCCCGCGGGCGATCACATTGACGTTTTGTCCCGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCg < 2:643290/90‑1 (MQ=255) ccATCACCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGt > 2:1509705/1‑90 (MQ=255) ccccGCGGGCGACCACATTGACGGTTTGCCCCTTTTTTCCCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATa < 1:699218/88‑1 (MQ=255) gCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATc > 2:1588465/1‑90 (MQ=255) gCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATc > 1:186181/1‑90 (MQ=255) gCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATc > 1:439757/1‑90 (MQ=255) gCGATCAGATGGACGCTTTGCCCTGTTTTTCCCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATCgcgc < 1:414159/90‑1 (MQ=255) gCGATCACATTGCCGCGTTGTCCCGTTTTTCCCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATCgcgc < 2:186181/90‑1 (MQ=255) cGATCACATTGACGTGTTGCCCCGTTTTTCCCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATCGCGCa < 2:1813695/90‑1 (MQ=255) aTTGCCGCGTTGCCCCGTTTTTCCCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATCGCGCAGGCTAAt < 1:1507070/90‑1 (MQ=255) ttGACGCGTTGTCCCGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGAGTGATAGATCGCGCAGGCTAATg > 1:370207/1‑90 (MQ=255) ttGTCCCGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATCgcgc > 2:1567742/1‑73 (MQ=255) ttGCCCCGTTTTTCCCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATCgcgc < 1:1567741/73‑1 (MQ=255) tcccccGTTTTTCCCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATCGCGCAGGCTAATGGCATcaaca < 2:62171/87‑1 (MQ=255) tGTCCCTTTTTTCCCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATCGCGCAGGCTAATGGCATcaaca < 1:1063653/90‑1 (MQ=255) tGTCCCGTTTTTCCCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATCGCGCAGGCTAATGGCATcaaca < 2:265405/90‑1 (MQ=255) tGTCCCGTTTTTCCCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATCGCGCAGGCTAATGGCATcaaca < 1:202418/90‑1 (MQ=255) cTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGAGCGCGCAGGCTAATGGCATCAACAAGttgat > 2:1777867/1‑90 (MQ=255) | CTGTGCGACGGCTGCATTGTTCAGCGCCTGACCTTCTGCGTTGGCGCTAAACCCATCACCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATCGCGCAGGCTAATGGCATCAACAAGTTGAT > NZ_CP009273/1125741‑1125919 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 5 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |