Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP009273 | 1,084,094 | T→C | D407G (GAT→GGT) | pgaB ← | poly‑beta‑1,6‑N‑acetyl‑D‑glucosamine N‑deacetylase PgaB |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 1,084,094 | 0 | T | C | 100.0% | 92.2 / NA | 26 | D407G (GAT→GGT) | pgaB | poly‑beta‑1,6‑N‑acetyl‑D‑glucosamine N‑deacetylase PgaB |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (17/9); total (17/9) |
AGAGACGGTGATATTGTTCAGGATGAATTTGTGCTTTTTTCTCCCCTGTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTAATTGCCAGGCAACCCGACTAAAAATA > NZ_CP009273/1084008‑1084174 | agagaCGGTGATATTGTTCAGGATGAATTTGTGCTTTTTTCTCCCCTGTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAAcccc < 1:1066282/90‑1 (MQ=255) agagaCGGTGATATTGTTCAGGATGAATTTGTGCTTTTTTCTCCCCTGTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAAcccc < 1:564040/90‑1 (MQ=255) gTGATATTGTTCAGGATGAATTTGTGCTTTTTTCTCCCCTGTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAACCCCAGCTTaa > 2:881399/1‑90 (MQ=255) gTGATATTGTTCAGGATGAATTTGTGCTTTTTTCTCCCCTGTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAACCCCAGCTTaa > 1:677857/1‑90 (MQ=255) tatTGTTCAGGATGAATTTGTGCTTTTTTCTCCCCTGTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAACCCCAGCTTAATAcc > 1:841280/1‑90 (MQ=255) aGGATGAATTTGTGCTTTTTTCTCCCCTGTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAACCCCAGCTTAATACCGGCATCCa > 2:75257/1‑90 (MQ=255) aGGATGAATTTGTGCTTTTTTCTCCCCTGTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAACCCCAGCTTAATACCGGCATCCa > 1:53839/1‑90 (MQ=255) aaTTTGTGCTTTTTTCTCCCCTGTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAACCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATa > 2:288976/1‑90 (MQ=255) tttGTGCTTTTTTCTCCCCTGTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAACCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGa < 2:78552/90‑1 (MQ=255) tttGTGCTTTTTTCTCCCCTGTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAACCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGa < 1:75257/90‑1 (MQ=255) tgtgCTTTTTTCTCCCCTGTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAACCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATg < 2:545470/90‑1 (MQ=255) ttttttCTCCCCTGTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAACCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTac > 2:435578/1‑90 (MQ=255) tttttCTCCCCTGTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAACCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTaca > 1:610944/1‑90 (MQ=255) ccccTGTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAACCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGc < 1:292162/90‑1 (MQ=255) ggTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAACCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGt > 1:145927/1‑90 (MQ=255) tAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAACCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTaa > 1:923097/1‑90 (MQ=255) aTTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAACCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGa > 2:268781/1‑60 (MQ=255) aTTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAACCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGa < 1:268781/60‑1 (MQ=255) aTTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAACCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTAATTGcc > 2:576439/1‑90 (MQ=255) cgcgTTAATGTGGGATCTAAACCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGa > 2:40216/1‑52 (MQ=255) cgcgTTAATGTGGGATCTAAACCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGa < 1:40216/52‑1 (MQ=255) cgcgTTAATGTGGGATCTAAACCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTAATTGCCAGGCAAcc > 1:106411/1‑90 (MQ=255) gcgTTAATGTGGGATCTAAACCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTAATTGCCAGGCAAccc < 1:435578/90‑1 (MQ=255) cgTTAATGTGGGATCTAAACCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCg < 1:716756/66‑1 (MQ=255) cgTTAATGTGGGATCTAAACCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCg > 2:716756/1‑66 (MQ=255) cgTTAATGTGGGATCTAAACCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTAATTGCCAGGCAACCCg < 2:773407/90‑1 (MQ=255) gggATCTAAACCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTAATTGCCAGGCAACCCGACTAAAAat > 1:178211/1‑90 (MQ=255) ggATCTAAACCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTAATTGCCAGGCAACCCGACTAAAAata > 2:47616/1‑90 (MQ=255) | AGAGACGGTGATATTGTTCAGGATGAATTTGTGCTTTTTTCTCCCCTGTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTAATTGCCAGGCAACCCGACTAAAAATA > NZ_CP009273/1084008‑1084174 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |