| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 2,601,603 | 0 | T | G | 52.6% | 5.8 / 13.4 | 19 | V443G (GTG→GGG) | hyfF | hydrogenase 4 subunit F |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (4/5); new base G (9/1); total (13/6) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.73e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.74e-02 | |||||||||||
| Rejected as consensus: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGCGCGGGTGTTAATGGCGAAACCGCCGCAGGCCGTTAACCGGGGTGATCTCGGCTGGTTGACCACCTCGCCAATGGTGATTCTGCTGGTCAT > NZ_CP009273/2601531‑2601687 | tgctgATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGCGCGGGGGTTAATGGCGAAAccgc > 1:65236/1‑90 (MQ=255) gctgATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGCGCGGGGGTTAATGGCGGAAccgcc > 1:58696/1‑90 (MQ=255) ctgctgTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTTGTACGGATGGCTGCGGGGGGGTTAATGGCGAAACCCCCCCAGGCCGTTAAc > 2:293487/1‑90 (MQ=255) tgctgTTATGGCTGTTAACGTGGGTGCGGGGGGGCCTGGTCCGGATGGCTGCGGGGGTTTTAATGGCAAAACCGCCGCAGGCCGTTAAcc < 1:213144/90‑1 (MQ=255) gctgTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGGACGGATGGCTGCGCGGGGGTTAACGGCGAAACCGCCGCAGGCCGGTAACCg > 1:280260/1‑90 (MQ=255) tATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTG‑GGGGGGGGTAATGGGGGAAACCCCCCAGGGCGGTAAACggggggg > 1:157520/1‑87 (MQ=255) tATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCCGGGACGGGTGGCTGCGCGGGTGTTAAAGGGGGAACCGCCCCCGGGCGGTAAACgggggg > 1:44375/1‑88 (MQ=255) ttAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGCGCGGGGGTTAATGGCGAAACCGCCGCAGGCCGTTAACCGGGGGGATCTCGGc > 2:61568/1‑90 (MQ=255) cTGGTGCTGGCGGGCCTGGGACGGATGGCTGCGCGGGGGGTAATGGGGGAACCCCCCCAGGCCGGTAAACGGGGGGGTTTTGGCTGGGTg > 1:177443/1‑90 (MQ=255) tGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGCGCGGGGGTTAATGGCGAAACCGCCGCAGGCCGTTAACCGGGGTGATCTCCGCTGGGTGa > 2:228857/1‑90 (MQ=255) tGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGCGCGGGGGTTAATGGCGAAACCGCCGCAGGCCGTTAACCGGGGGGATCTCGGCTGGTTGa > 2:35660/1‑90 (MQ=255) ggCCTGGTACGGATGGCTGCGCGGGTGTTAATGGCGAAACCGCCGCAGGCCGTTAACCGGGGTGATCTCGGCTGGTTGACCACCTCGCCa < 2:177443/90‑1 (MQ=255) cTGGTCCGGTTGGCTGCGCGGGGTTTATGGGGGAAACCGCCGCAGGCCGTTAACCGGGGTGATCTCGGCTGGTTGCCCACCTCGCCAATg < 1:326396/90‑1 (MQ=255) gATGGCTGCGCGGGTGTTAATGGCGAAACCGCCGCAGGCCGTTAACCGGGGTGATCTCGGCTGGTTGACCACCTCGCCAATGGTGATTct > 1:161011/1‑90 (MQ=255) tGGCTGCGCGGGTGTTAATGGCGAAACCGCCGCAGGCCGTTAACCGGGGTGATCTCGGCTGGTTGACCACCTCGCCAATGGTGATTctgc < 2:65236/90‑1 (MQ=255) ggCTGCGCGGGTGTTAATGGCGAACCCGCCGCAGGCCGTTAACCGGGGTGATCTCGGCTGGTTGaccacc < 1:156425/70‑1 (MQ=255) ggCTGCGCGGGTGTTAATGGCGAAACCGCCGCAGGCCGTTAACCGGGGTGATCTCGGCTGGTTGaccacc > 2:156425/1‑70 (MQ=255) gCTGCGCGGGTGTTAATGGCGAAACCGCCGCAGGCCGTTAACCGGGGTGATCTCGGCTGGTTGACCACCTCGCCAATGGTGATTctgctg > 2:78954/1‑90 (MQ=255) gcgGGTGTTAATGGCGAAACCGCCGCAGGCCGTTAACCGGGGTGATCTCGGCTGGTTGACCACCTCGCCAATGGTGATTCTGCTGGTCat < 2:157520/90‑1 (MQ=255) | TGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGCGCGGGTGTTAATGGCGAAACCGCCGCAGGCCGTTAACCGGGGTGATCTCGGCTGGTTGACCACCTCGCCAATGGTGATTCTGCTGGTCAT > NZ_CP009273/2601531‑2601687 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 5 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |