Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	NZ_CP009273	1130621	1130622	2	2 [0]	[0] 4	flgG	flagellar basal‑body rod protein FlgG

TTAAGTATCACCATCGGTCGTGATGGCGTGGTCAGCGTAACCCAACAAGGCCAGGCAGCTCCGGTTCAGGTTGGGCAGCTCAATCTCACC  >  NZ_CP009273/1130623‑1130712 |                                                                                          ttAAGTATCACCATCGGTCGTGATGGCGTGGTCAGCGTAACCCAACAAGGCCAGGCAGCTCCGGTTCAGGTTGGGCAGCTCAATCTcacc  <  1:12473/90‑1 (MQ=255) ttAAGTATCACCATCGGTCGTGATGGCGTGGTCAGCGTAACCCAACAAGGCCAGGCAGCTCCGGTTCAGGTTGGGCAGCTCAATCTcacc  <  1:198092/90‑1 (MQ=255) ttAAGTATCACCATCGGTCGTGATGGCGTGGTCAGCGTAACCCAACAAGGCCAGGCAGCTCCGGTTCAGGTTGGGCAGCTCAATCTcacc  >  1:3686/1‑90 (MQ=255) ttAAGTATCACCATCGGTCGTGATGGCGTGGTCAGCGTAACCCAACAAGGCCAGGCAGCTCCGGTTCAGGTTGGGCAGCTCAATCTcacc  <  2:244000/90‑1 (MQ=255) |                                                                                          TTAAGTATCACCATCGGTCGTGATGGCGTGGTCAGCGTAACCCAACAAGGCCAGGCAGCTCCGGTTCAGGTTGGGCAGCTCAATCTCACC  >  NZ_CP009273/1130623‑1130712

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑