Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 1,430,449 | 0 | A | C | 52.6% | 20.3 / 25.8 | 19 | G234G (GGT→GGG) | ompN | porin OmpN |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (8/1); new base C (0/10); total (8/11) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.19e-04 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.68e-05 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
ACGCGTTTCTGAATACATGGTTGCCAGGTAAATATTGTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATG > NZ_CP009273/1430365‑1430537 | aCGCGTTTCTGAATACATGGTTGCCAGGTAAATATTGTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACccgc > 1:127286/1‑90 (MQ=255) ttCTGAATACATGGTTGCCAGGTAAATATTGTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGt > 2:328456/1‑90 (MQ=255) aaTACATGGTTGCCAGGTAAATATTTTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCCCCCCCCGCCGCAGTATGGt < 2:15533/90‑1 (MQ=255) aaaaTATTTCTACCATGTTTTTTGAGCCAAGTAGTCCACGCGTCTGTTTTACCGCCCCCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTg < 2:394826/89‑1 (MQ=255) aaaaTATTGTTACCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCGCGCGTCTGCTTTACCCCCCCCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTg < 2:255880/89‑1 (MQ=255) gTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCCCCCCCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCaga < 1:341310/90‑1 (MQ=255) ttAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCagaa > 1:110096/1‑90 (MQ=255) gCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGgtgt < 1:187132/81‑1 (MQ=255) gCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGgtgt > 2:187132/1‑81 (MQ=255) cccAGCAGCCCCCGCGTCTGTTTTATCCCCCCCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCAcc < 2:127286/90‑1 (MQ=255) ccAGCAGTCCCCGCGTCTGCTTTATCCCCCCCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCa < 1:262884/90‑1 (MQ=255) ccAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCCCCCCCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCa < 1:183412/90‑1 (MQ=255) acagcagCCCCCGCGTCTGTTTTACCCCCCCCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCa < 2:121132/89‑1 (MQ=255) tCCACGCGTCTGCTTTATCACCCCCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTaa < 1:42020/90‑1 (MQ=255) ccACGCGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTaaa > 2:302651/1‑90 (MQ=255) gTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGcctgt > 1:121132/1‑87 (MQ=255) cTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGc > 2:417718/1‑90 (MQ=255) cTTTATCACCCCCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTa < 1:302651/90‑1 (MQ=255) aTCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATc > 2:27541/1‑90 (MQ=255) cccaccCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCata < 2:14303/89‑1 (MQ=255) caccCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATAtg > 2:149851/1‑90 (MQ=255) | ACGCGTTTCTGAATACATGGTTGCCAGGTAAATATTGTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATG > NZ_CP009273/1430365‑1430537 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |