| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 858,015 | 0 | G | T | 53.8% | ‑0.2 / 11.7 | 13 | H16Q (CAC→CAA) | ybiW | glycyl radical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/3); new base T (7/0); total (10/3) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.99e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.66e-02 | |||||||||||
| Rejected as consensus: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GGTATAGTGCTGCGCGCGCTCGGTACAGACTGGCGGTTTCACAATATGCACCAGCGCATTTTTGTGCGCTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAGTTTCAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCA > NZ_CP009273/857952‑858103 | ggTATAGTGCTGCGCGCGCTCGGTACAGACTGGCGGTTTTACAAAATGCACCCACGCCTTTTTTTGCGCTTTTATTCGGGTGCTGAGCgg > 1:153998/1‑89 (MQ=255) ctgcGCGCGCTCGGTACAGACTGGCGGTTTCACAATATGCACCAGCGCATTTTTGTGCGCTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAGttt > 2:167433/1‑90 (MQ=255) gcgcgcgcTCGGTACAGACTGGCGGTTTCACAATATGCACCCGCGCCTTTTTTTGCGCTTTTATGCGGGCGCTGAGCGGGTCCCGtttta > 2:266799/1‑88 (MQ=255) cgcTCGGTACAGACTGGCGGGTTTACAATATTCACCCGCGCCTTTTTTTGCGCTTTTATGCGGGCGCTGAGCGTGTCCAGTTTTAGggtg > 1:49423/1‑90 (MQ=255) gACTGGCGGTTTCACAATATGCACCAGCGCATTTTTGTGCGCTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAGTTTCAGTGTGGTCATGgttgt < 2:356333/90‑1 (MQ=255) ggCGGTTTCACAATATGCACCAGCGCATTTTTGTGCGCTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAGTTTCAGTGTGGTCATGGTTGTTATc < 2:153998/90‑1 (MQ=255) gCGGTTTTACAATATGCACCAGCGCCTTTTTTTGCGCTTTTATGCGGGCGCTGAGCGGGTCCCGTTTTAGTGTGGGCATGGTTGTTAttc > 1:322146/1‑88 (MQ=255) gCGGTTTTACAATATGCACCAGCGCCTTTTTTTGCGCTTTTATGCGGGCGCTGAGCGGGTCCAGTTTCAGTGTGGGCATGGTTGTTATcc > 1:194421/1‑90 (MQ=255) gCGGTTTCACAATATGGACCAGCGCCTTTTTGTGCGCTTTTATGCGGGCGCGGGGGGTGGCCAGTTTCAGTGTGGTCATGgttgtttttc > 1:260196/1‑86 (MQ=255) gCGGTTTCACAATATGCACCCGCGCATTTTTTTGCGCTTTAATGCGGGCGCTGAGCGGGTCCAGTTTTAGTGTGGGCATGGTTGTTTTcc > 2:191635/1‑90 (MQ=255) gCGGTTTCACAATATGCACCAGCGCATTTTTTTGCGCTTTTATGCGGGCGCTGAGCGGGTCCAGTTTTAGTGTGGGCATGgttgtttttc > 1:146129/1‑86 (MQ=255) gcgcATTTTTGTGCGCTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAGTTTCAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAAccc > 2:253692/1‑90 (MQ=255) aTTTTTGTGCGCTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAGTTTCAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTc < 2:191644/90‑1 (MQ=255) tgtgCGCTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAGTTTCAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTggca < 2:194421/90‑1 (MQ=255) tgtgCGCTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAGTTTCAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTggca < 2:260196/90‑1 (MQ=255) tgtgCGCTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAGTTTCAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTggca < 1:276063/90‑1 (MQ=255) tgtgCGCTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAGTTTCAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTggca < 2:41990/90‑1 (MQ=255) tgtgCGCTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAGTTTCAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTggca < 2:49423/90‑1 (MQ=255) | GGTATAGTGCTGCGCGCGCTCGGTACAGACTGGCGGTTTCACAATATGCACCAGCGCATTTTTGTGCGCTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAGTTTCAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCA > NZ_CP009273/857952‑858103 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 5 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |