Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP009273 | 4,338,978 | A→C | intergenic (‑417/+154) | dcuB ← / ← dcuR | anaerobic C4‑dicarboxylate transporter DcuB/two‑component system response regulator DcuR |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 4,338,978 | 0 | A | C | 100.0% | 24.5 / NA | 8 | intergenic (‑417/+154) | dcuB/dcuR | anaerobic C4‑dicarboxylate transporter DcuB/two‑component system response regulator DcuR |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base C (5/3); total (5/3) |
CTGATCTACCCATTTGTGGGTAAAAATACACATAATGCGGGTGACATAATAGTTAATTAACTTTTGTTAGCGTTTTGAAATTAAAAACACCGTTCACCTGAAGAGATATTAATTTTTAGCGATGATGGAGGGATAATTATATTTGATCTGGCACAAGTT > NZ_CP009273/4338892‑4339050 | cTGATCTACCCATTTGTGGGTAAAAATACACATAATGCGGGTGACATAATAGTTAATTAACTTTTGTTAGCGTTTTGAAATTAAAAccac < 1:166769/90‑1 (MQ=255) cTGATCTACCCATTTGTGGGTAAAAATACACATAATGCGGGTGACATAATAGTTAATTAACTTTTGTTAGCGTTTTGAAATTAAAAccac < 2:351778/90‑1 (MQ=255) aTCTACCCATTTGTGGGTAAAAATACACATAATGCGGGTGACATAATAGTTAATTAACTTTTGTTAGCGTTTTGAAATTAAAACCACCGt < 1:549506/90‑1 (MQ=255) cTACCCATTTGTGGGTAAAAATACACATAATGCGGGTGACATAATAGTTAATTAACTTTTGTTAGCGTTTTGAAATTAAAACCACCGTTc < 1:557021/90‑1 (MQ=255) gggTGACATAATAGTTAATTAACTTTTGTTAGCGTTTTGAAATTAAAACCACCGTTCACCTGAAGAGATATTAATTTTTAGCGATGATgg > 2:111496/1‑90 (MQ=255) ggTGACATAATAGTTAATTAACTTTTGTTAGCGTTTTGAAATTAAAACCACCGTTCACCTGAAGAGATATTAATTTTTAGCGATGATGGa > 2:472365/1‑90 (MQ=255) ggTGACATAATAGTTAATTAACTTTTGTTAGCGTTTTGAAATTAAAACCACCGTTCACCTGAAGAGATATTAATTTTTAGCGATGATGGa > 2:79973/1‑90 (MQ=255) ttaattaaCTTTTGTTAGCGTTTTGAAATTAAAACCACCGTTCACCTGAAGAGATATTAATTTTTAGCGATGATGGa > 1:172299/1‑77 (MQ=255) ttaattaaCTTTTGTTAGCGTTTTGAAATTAAAACCACCGTTCACCTGAAGAGATATTAATTTTTAGCGATGATGGa < 2:172299/77‑1 (MQ=255) gCGTTTTGAAATTAAAACCACCGTTCACCTGAAGAGATATTAATTTTTAGCGATGATGGAGGGATAATTATATTTGATCTGGCACAAGtt > 1:473185/1‑90 (MQ=255) | CTGATCTACCCATTTGTGGGTAAAAATACACATAATGCGGGTGACATAATAGTTAATTAACTTTTGTTAGCGTTTTGAAATTAAAAACACCGTTCACCTGAAGAGATATTAATTTTTAGCGATGATGGAGGGATAATTATATTTGATCTGGCACAAGTT > NZ_CP009273/4338892‑4339050 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |