| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NZ_CP009273 | 360104 = | NA (NA) | 44 (1.860) | 26/164 | 0.1 | 50.6% | intergenic (‑35/+251) | lacZ/BW25113_RS23320 | beta‑galactosidase/relaxase/mobilization nuclease domain‑containing protein |
| ? | NZ_CP009273 | = 360286 | 43 (1.820) | intergenic (‑217/+69) | lacZ/BW25113_RS23320 | beta‑galactosidase/relaxase/mobilization nuclease domain‑containing protein | |||||
GGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTCATGGGAAGATCCAGCCGACCAGGCTTTC > NZ_CP009273/360200‑360375 | ggAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGgggaattggg > 1:391828/1‑90 (MQ=255)ggAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTaat < 1:631571‑M2/90‑4 (MQ=255)ggAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTaat < 2:315997‑M2/90‑4 (MQ=255)ggAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTaat < 2:19353‑M2/90‑4 (MQ=255) agagCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGgggaattgggaa < 2:85057/90‑1 (MQ=255) agagCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGgggaattgggaa < 2:30541/90‑1 (MQ=255) gagCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGgggaattgggaat > 1:37392/1‑90 (MQ=255) gagCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGgggaattgggaat > 1:707386/1‑90 (MQ=255) gCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTaattcctg < 2:181704‑M2/90‑9 (MQ=255) gCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTaattcctg < 1:359143‑M2/90‑9 (MQ=255) gCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTaattcctg < 1:325477‑M2/90‑9 (MQ=255) gCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTaattcctg < 2:208202‑M2/90‑9 (MQ=255) gCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTaattcctg < 2:445401‑M2/90‑9 (MQ=255) gCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTaattcctg < 1:106088‑M2/90‑9 (MQ=255) gCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGaatta > 1:208111/1‑90 (MQ=255) gCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGaatta > 2:101892/1‑90 (MQ=255) gCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGaatta > 1:235090/1‑90 (MQ=255) gCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGaatta > 1:387675/1‑90 (MQ=255) gCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGaatta > 2:66576/1‑90 (MQ=255) gCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACAGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTaattcctg < 2:533589‑M2/90‑9 (MQ=255) gCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTCTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTaattcctg < 2:108576‑M2/90‑9 (MQ=255) cGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTaattcctgg < 1:330591‑M2/90‑10 (MQ=255) cGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTaattcctgg > 2:542453‑M2/1‑81 (MQ=255) gTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTaattcctggc > 2:250377‑M2/1‑80 (MQ=255) gTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTaattcctggc > 1:225686‑M2/1‑80 (MQ=255) gTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTaattcctggc > 2:493575‑M2/1‑80 (MQ=255) ttCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTaattcctggca < 2:97082‑M2/90‑12 (MQ=255) aaacaaCAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTaattcctggcagtttatggc > 2:189895‑M2/1‑70 (MQ=255) aacaacAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTaattcctggcagtttatggcg > 1:173296‑M2/1‑69 (MQ=255) aacaacAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACg > 1:117145/1‑90 (MQ=255) acaacaGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTaattcctggcagtttatggcgg > 1:680647‑M2/1‑68 (MQ=255) acaacaGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTaattcctggcagtttatggcgg > 1:315997‑M2/1‑68 (MQ=255) acaacaGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGa < 1:66576/90‑1 (MQ=255) caacaGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTaattcctggcagtttatggcggg > 2:106088‑M2/1‑67 (MQ=255) aacaGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGaaa < 1:101892/90‑1 (MQ=255) aGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAggg < 2:696730/90‑1 (MQ=255) aGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAggg < 1:121694/90‑1 (MQ=255) gATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTaattcctggcagtttatggcgggcggcc < 2:681808‑M2/90‑29 (MQ=255) aTAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGcc < 2:391828/90‑1 (MQ=255) tAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCt < 1:201435/90‑1 (MQ=255) cGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTaattcctggcagtttatggcgggcgtcctgcccgc > 1:181704‑M2/1‑55 (MQ=255) cGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTaattcctggcagtttatggcgggcgtcctgcccgc > 2:312400‑M2/1‑55 (MQ=255) gAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTaattcctggcagtttatggcggggggcccgcccccc < 1:203818‑M2/90‑37 (MQ=255) aaaGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATa > 2:96987/1‑90 (MQ=255) aaGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTaattcctggcagtttatggcgggcgtcctgcccgccac > 2:31679‑M2/1‑52 (MQ=255) aaGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTaa < 1:168636‑M2/54‑3 (MQ=255) aaGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTaa > 2:168636‑M2/1‑52 (MQ=255) ggCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGc < 1:533589/90‑1 (MQ=255) ccAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTaattcctggcagtttatggcgggcgtcctgcccgccaccctcc > 1:227135‑M2/1‑47 (MQ=255) ccAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTa < 2:587349/90‑1 (MQ=255) ccAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTa < 2:212887/90‑1 (MQ=255) cAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTaattcctggcagtttatggcgggggtgctgcccgcccccccccc < 2:59209‑M2/90‑45 (MQ=255) ttCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGACTTaattcctggcagtttatggcgggcgtcctgcccgcccccctccgggccgt > 1:108765‑M2/1‑40 (MQ=255) ttCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTaattcctggcagtttatggcgggcgcgctgcccgccccccccccggccgg < 2:483724‑M2/90‑51 (MQ=255) ttCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTtat > 2:11441/1‑90 (MQ=255) tCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTtata < 1:108576/90‑1 (MQ=255) tCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTtata > 2:520534/1‑90 (MQ=255) tCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTtata > 1:83735/1‑90 (MQ=255) tGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTaattcctggcagtttatggcgggtgggccgccccccaccccccccgctgttgcttc < 1:577857‑M2/90‑57 (MQ=255) tGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTa > 1:121471/1‑90 (MQ=255) tGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTa > 1:412152/1‑90 (MQ=255) tGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTa > 2:459548/1‑90 (MQ=255) tGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTa > 1:603271/1‑90 (MQ=255) tGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTa < 1:146818/90‑1 (MQ=255) tGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTa > 1:503067/1‑90 (MQ=255) gAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTaa < 1:88859/90‑1 (MQ=255) gAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTaa < 1:208202/90‑1 (MQ=255) ccTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTaattcctggcagtttatggcgggcgtcctgcccgccaccctccgggccgttgcttcgcaa > 1:405868‑M2/1‑30 (MQ=255) cTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTc < 1:520534/90‑1 (MQ=255) ttCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTCAt > 1:559799/1‑90 (MQ=255) ttCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTCAt > 2:652173/1‑90 (MQ=255) cGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTaattcctggcagtttatggcgggcgtcctgcccgccaccctccgggccgttgcttcgcaacgttc > 2:612711‑M2/1‑25 (MQ=255) ttttATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTCATGGGa > 2:85576/1‑90 (MQ=255) ttATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTCATGGGAAg > 2:706426/1‑90 (MQ=255) cTGGGGAATTaattcctggcagtttatggcgggcgtcctgcccgccaccctccgggccgttgcttcgcaacgttcaaatccgctcccggc > 2:332328‑M2/1‑10 (MQ=255) cTGGGGAATTaattcctggcagtttatggcgggcgtcctgcccgccaccctccgggccgttgcttcgcaacgttcaaatccgctcccggc > 1:19353‑M2/1‑10 (MQ=255) tGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTCATGGGAAGATCCAGCCGAcc > 1:46829/1‑90 (MQ=255) tGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTCATGGGAAGATCCAGCCGAcc < 1:96987/90‑1 (MQ=255) tGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTCATGGGAAGATCCAGCCGAcc < 2:37392/90‑1 (MQ=255) tGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTCATGGGAAGATCCAGCCGAcc < 1:648304/90‑1 (MQ=255) ggggAATTaattcctggcagtttatggcgggcgtcctgccccccccccccccggccgttgcttcgcaacgttcaaaaccgccccccgcgg < 2:287516‑M2/90‑83 (MQ=255) gAATTaattcctggcagtttatggcgggcgtcctgcccgccaccctccgggccgttgcttcgcaacgttcaaatccgctcccggcggatt > 2:412719‑M2/1‑5 (MQ=255) gAATTaattcctggcagtttatggcgggcgtcctgcccgccaccctccgggccgttgcttcgcaacgttcaaatccgctcccggcggatt > 2:155576‑M2/1‑5 (MQ=255) gAATTaattcctggcagtttatggcgggcgtcctgcccgccaccctccgggccgttgcttcgcaacgttcaaatccgctcccggcggatt > 2:110432‑M2/1‑5 (MQ=255) ttaattcctggcagtttatggcgggcgtcctgcccgccaccctccgggccgttgcttcgcaacgttcaaatccgctcccggcggatttgt > 2:18000‑M2/1‑2 (MQ=255) ttaattcctggcagtttatggcgggcgtcctgcccgccaccctccgggccgttgcttcgcaacgttcaaatccgctcccggcggatttgt > 1:437052‑M2/1‑2 (MQ=255) tgggaattAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTCATGGGAAGATCCAGCCGACCAGGCTTTc > 2:453241/1‑90 (MQ=255) | GGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTCATGGGAAGATCCAGCCGACCAGGCTTTC > NZ_CP009273/360200‑360375 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |