| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP009273 | 49,903 | T→G | D27E (GAT→GAG) | folA → | type 3 dihydrofolate reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 49,903 | 0 | T | G | 96.0% | 79.1 / ‑3.7 | 25 | D27E (GAT→GAG) | folA | type 3 dihydrofolate reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base G (7/17); total (8/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.20e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.49e-01 | |||||||||||
TCAATGATCAGTCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGAATCAATCGGTCGTCCGTTGCCA > NZ_CP009273/49820‑49987 | tcAATGATCAGTCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGAGCTCGcc < 2:830348/90‑1 (MQ=255)tcAATGATCAGTCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGAGCTCGcc < 1:528574/90‑1 (MQ=255) tCAGTCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGAGCTCGCCTGGTTTa < 2:918830/90‑1 (MQ=255) tCAGTCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCCGGCCCGCCTGGGTTa > 2:706527/1‑90 (MQ=255) tGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGAGCTCGCCTGGTTTAAACGCa > 2:161577/1‑90 (MQ=255) gATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGAGCTCGCCTGGTTTAAACGCaa < 1:351468/90‑1 (MQ=255) gATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGAGCTCGCCTGGTTTAAACGCaa < 1:382898/90‑1 (MQ=255) ggcgTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCTGGGTTAAACGCAACACCtt > 1:107536/1‑90 (MQ=255) ggcgTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGGGGAACCTGCCTGCCGAGCTCGGCTGGTTTAAACGCAACACCtt > 2:678993/1‑90 (MQ=255) gCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGAGCTCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTtaaataaa < 1:247977/90‑1 (MQ=255) tAGATCGCGTTATCGGCATGG‑AAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGAGCTCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGt < 2:448527/90‑1 (MQ=255) aTCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGAGCTCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGgc < 1:160948/90‑1 (MQ=255) ttgtaaaaCGCCATGCGGGGAAACCTGCCTGCCGAGCTCGCCTGGTTTAAACCCAACCCCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCAt < 2:669445/86‑1 (MQ=255) aTGCCGGGGACCCTGCCTGCCGAGCTCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGaatca < 2:357816/90‑1 (MQ=255) tGCCGTGGAACCTGCCTGCCGAGCTCGCCTGGTTTAAACGCAac > 2:203435/1‑44 (MQ=255) tGCCGTGGAACCTGCCTGCCGAGCTCGCCTGGTTTAAACGCAac < 1:203435/44‑1 (MQ=255) tGCCGTGGAACCTGCCTGCCGAGCTCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGaatcaa < 2:78606/90‑1 (MQ=255) ccGTGGAACCTGCCTGCCGAGCTCGCCTGGTTTAACCGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGaatcaatc < 2:404980/90‑1 (MQ=255) ccGTGGAACCTGCCTGCCGAGCTCGCCTGGTTTAAACGCAACCCCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGaatcaatc < 1:551275/90‑1 (MQ=255) ggAACCTGCCTGCCGAGCTCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGAATCAATCGgtc < 1:887911/90‑1 (MQ=255) ggAACCTGCCTGCCGAGCTCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGAATCAATCGgtc < 1:161577/90‑1 (MQ=255) cttccctgccGAGCCCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGAATCAATCGGTCGTcc < 1:706527/86‑1 (MQ=255) ctgcctgcCGAGCTCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGAATCAATCGGTCGTCCg > 1:640532/1‑90 (MQ=255) tgcctgccGAGCTCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGAATCAATCGGTCGTCCGt > 2:574655/1‑90 (MQ=255) gccGAGCTCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGAATCAATCGGTCGTCCGTTGCCa > 2:119811/1‑90 (MQ=255) | TCAATGATCAGTCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGAATCAATCGGTCGTCCGTTGCCA > NZ_CP009273/49820‑49987 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |