New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NZ_CP009273 | 360104 = | NA (NA) | 28 (1.010) | 22/170 | 0.2 | NA | intergenic (‑35/+251) | lacZ/BW25113_RS23320 | beta‑galactosidase/relaxase/mobilization nuclease domain‑containing protein |
? | NZ_CP009273 | = 360286 | NA (NA) | intergenic (‑217/+69) | lacZ/BW25113_RS23320 | beta‑galactosidase/relaxase/mobilization nuclease domain‑containing protein |
CAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATG‑CCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTCATGGGAAGATCCAGCCGACCAGGCTT > NZ_CP009273/360198‑360373 | cAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATG‑CCTGgggaattg < 1:318002/90‑1 (MQ=39) gCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATG‑CCTGGGGAATTGGGaatta > 1:461689/1‑90 (MQ=255) gCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATG‑CCTGGGGAATTGGGaatta > 2:41863/1‑90 (MQ=255) aGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATG‑CCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAggg > 1:288187/1‑90 (MQ=255) tAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATG‑CCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCt < 1:307060/90‑1 (MQ=255) aaaaCGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATG‑CCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTc < 2:632609/90‑1 (MQ=255) gAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATG‑CCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGAt < 2:733882/90‑1 (MQ=255) ggCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATG‑CCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGc > 2:230999/1‑90 (MQ=255) ccAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATG‑CCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTa < 2:690430/90‑1 (MQ=255) ccAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATG‑CCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTa < 2:348849/90‑1 (MQ=255) aGTCTTTCGACTGAGCGTTTCATTTTATTTGATG‑CCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTAtt < 1:22496/90‑1 (MQ=255) aagACTGGGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTtat < 2:247864/88‑1 (MQ=39) tGAGCCTTTCGTTTTATTTGATG‑CCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGaaa < 1:147654/58‑1 (MQ=255) tGAGCCTTTCGTTTTATTTGATG‑CCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGaaa > 2:147654/1‑58 (MQ=255) tGAGCCTTTCGTTTTATTTGATG‑CCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTa > 1:568525/1‑90 (MQ=255) gAGCCTTTCGTTTTATTTGATG‑CCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTaa < 1:198796/90‑1 (MQ=255) gAGCCTTTCGTTTTATTTGATG‑CCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTaa < 2:114101/90‑1 (MQ=255) tttCGTTTTATTTGATG‑CCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTCa < 1:788388/90‑1 (MQ=255) tCGTTTTATTTGATG‑CCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTCATg > 2:250616/1‑90 (MQ=255) tGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTa < 1:768669/52‑1 (MQ=255) tGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTa > 2:768669/1‑52 (MQ=255) tGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTtat > 2:250671/1‑59 (MQ=255) tGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTtat < 1:250671/59‑1 (MQ=255) tGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTCATGGGAAGATCCAGCCGAcc > 2:686212/1‑90 (MQ=255) attgggaattAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTCATGGGAAGATCCAGCCGACCAGGCtt > 2:550992/1‑90 (MQ=255) ttgggaattAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTtat > 2:657999/1‑52 (MQ=255) ttgggaattAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTtat < 1:657999/52‑1 (MQ=255) | CAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATG‑CCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTCATGGGAAGATCCAGCCGACCAGGCTT > NZ_CP009273/360198‑360373 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |