| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 765,675 | 0 | A | C | 63.2% | 7.1 / 14.7 | 19 | T748P (ACC→CCC) | mngB | mannosylglycerate hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (6/1); new base C (0/12); total (6/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.58e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.51e-03 | |||||||||||
| Rejected as consensus: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CCTGGGCGGCCTTCGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTAC > NZ_CP009273/765588‑765743 | ccTGGGCGGCCTTCGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATAcc > 1:35869/1‑90 (MQ=255) gggCGGCCTTCGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGGGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGt > 1:590247/1‑90 (MQ=255) gcCTTCGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGcc > 2:76451/1‑90 (MQ=255) ccTTCGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCa > 1:176010/1‑90 (MQ=255) cGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAAccg > 1:181269/1‑90 (MQ=255) aaTAAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTTTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACcgccgc < 1:220593/90‑1 (MQ=255) aTTAAAATGCCAGCCCCGGACCCACAACTACGTGGTCTGCTTTTTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATCCCGGTACGCCAACCGCCGCt < 1:456031/90‑1 (MQ=255) cttGGTGTGTTTTTTTGCCCCTTAATTTTATTGAGTTATCCCGGTACGCCACCCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:123293/88‑1 (MQ=255) cggggTCTGCTTTCTTGCCCCCAAATTTTTTTGAGTTATCCCGGTCCCCCACCCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:330925/87‑1 (MQ=255) cGTGTTCTGTTTTTTTGTCGCTTAATTTTTTTGATTTATCCGGGTCCCCCACCCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:456124/90‑1 (MQ=255) cGTGTTCTGTTTTCTTGTCCCCTAATTTTATTGAGTTATCCCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 1:104421/90‑1 (MQ=255) cGTGGTTTGTTTTCTTGTCCCCTAATTTTTTTGATTTATCCCGGTCCGCCACCCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 1:561073/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTTTTTTCTTGCCCCTTAATTTTATTGAGTTATCCCGGTACCCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 1:373299/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGTTTTTTTGTCGCCTAATTTTATTGATTTATCCCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 1:268826/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGCTTTTTTGGCCCATAATTTTATGAATTTATCCCGGCCCGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:590247/90‑1 (MQ=255) tCTGTTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGATTTATCCCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTcc < 1:67002/90‑1 (MQ=255) tCTGTTTTCTTGTCGCCAAATTTTATTGATTTATCCGGGTCCCCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTcc < 2:186304/90‑1 (MQ=255) ttCTTGTCGCCTAATTTTATTGAGTTATCCCGGTCCGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACa < 2:181269/90‑1 (MQ=255) cGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTac > 2:565957/1‑90 (MQ=255) | CCTGGGCGGCCTTCGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTAC > NZ_CP009273/765588‑765743 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 5 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |