| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 765,675 | 0 | A | C | 53.8% | 12.7 / 15.3 | 13 | T748P (ACC→CCC) | mngB | mannosylglycerate hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (5/1); new base C (0/7); total (5/8) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.66e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.56e-03 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CTGGGCGGCCTTCGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTACAACAAAATCCCATG > NZ_CP009273/765589‑765757 | cTGGGCGGCCTTCGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCg > 1:202489/1‑90 (MQ=255) gggCGGCCTTCGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGt > 1:265724/1‑90 (MQ=255) gcCTTCGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGcc > 1:191792/1‑90 (MQ=255) gcCTTCGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGcc > 2:253609/1‑90 (MQ=255) cGTGGTTTGTTTTCTTGTCGCCTAATTTTATTGAGTTATCCCGGTCCGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:332840/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGTTTTTTTGTCGCCTAATTTTATTGAGTTATCCCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:265724/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGTTTTCTTGTCGCTTAATTTTATTGATTTATCCCGGTCCCCCACCCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 1:253609/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:191792/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGCTTTCTTGTCCCCTAATTTTATTGATTTATCCCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:263991/90‑1 (MQ=255) gTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTc > 1:206112/1‑90 (MQ=255) ttCTTGTCGCCTAATTTTATTGAGTTATCCCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACa < 2:155533/90‑1 (MQ=255) ccccTAATTTTATTGAGTTATCCCGGTACCCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTac < 2:50359/88‑1 (MQ=255) gatttATCCGGGTCCGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTACAACAAAATCCCATg < 1:20909/87‑1 (MQ=255) | CTGGGCGGCCTTCGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTACAACAAAATCCCATG > NZ_CP009273/765589‑765757 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |