| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 765,675 | 0 | A | C | 57.9% | 18.3 / 23.3 | 20 | T748P (ACC→CCC) | mngB | mannosylglycerate hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (7/1); new base C (0/11); total (7/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.59e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.49e-05 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GGGCGGCCTTCGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTACAACAAAATCCCAT > NZ_CP009273/765591‑765756 | gggCGGCCTTCGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGt > 1:341591/1‑90 (MQ=255)gggCGGCCTTCGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGt > 2:375756/1‑90 (MQ=255)gggCGGCCTTCGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGt > 1:410304/1‑90 (MQ=255) cGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAAccg > 2:390014/1‑90 (MQ=255) acaACTACGTGGTCTGCTTTTTTGTCGCCTAATTTTTTTGAGTTATCCCGGTCCCCCACCCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGc < 1:390014/90‑1 (MQ=255) cGTGTTTTGCTTTCTTGTCGCTTAATTTTATGGAGTTATCCCGGTACGCCACCCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:145292/90‑1 (MQ=255) cGTGGTTTGTTTTCTTGTCGCTTAAGTTTTTTGAGTTATGCAGGTGCGCCACCCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:401901/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGTTTTTTTGTCGCCTAATTTTATTGAGTTATCCCGGTCCCCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 1:204672/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGTTTTCTTGTCGCCTATTTTTTTTGATTTACCCGGGTCCCCCACCCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 1:375756/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATCCCGGTCCGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 1:29809/90‑1 (MQ=255) tGGTCTGCTTTCTTGCCGCCTAATTTTATTGAGTTATCCCGGTCCGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGAc < 2:410304/90‑1 (MQ=255) gttCTGTTTTCTTGTCGCCTAATTTTATTGATTTATCCCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACt < 2:338904/88‑1 (MQ=255) ggTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATCCCGGTCCGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACt < 1:346474/90‑1 (MQ=255) tCTGTTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGATTTATCCCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTcc < 2:274462/90‑1 (MQ=255) cTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGt < 2:339717/39‑1 (MQ=255) cTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGt > 1:339717/1‑39 (MQ=255) tGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAg > 1:274462/1‑90 (MQ=255) ttCTTGTCGCATAATTTTATTGATTTATCCGGGTCCGCAAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACa < 1:409165/90‑1 (MQ=255) cTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTacaac > 2:199378/1‑90 (MQ=255) tGAGTTACCCCGGTACCCCACCCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTACAACAAAATCCCAt < 1:373769/90‑1 (MQ=255) | GGGCGGCCTTCGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTACAACAAAATCCCAT > NZ_CP009273/765591‑765756 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 5 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |