| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 766,353 | 0 | T | G | 61.5% | 5.3 / 12.6 | 13 | intergenic (+286/‑561) | mngB/cydA | mannosylglycerate hydrolase/cytochrome ubiquinol oxidase subunit I |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/4); new base G (8/0); total (9/4) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.99e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.13e-03 | |||||||||||
| Rejected as consensus: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ATGTGGCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGC > NZ_CP009273/766265‑766434 | atGTGGCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTg < 2:858846/90‑1 (MQ=255)atGTGGCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTg < 2:88894/90‑1 (MQ=255) ccTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGGTTTTTGTCTTTTTTTGTAATCCTTaaaa > 1:874549/1‑89 (MQ=255) ccTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGATTTTTGCCTTTATTAGTAATCCTGAAAc > 2:506180/1‑90 (MQ=255) gggTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTa < 1:566527/77‑1 (MQ=255) gggTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTa > 2:566527/1‑77 (MQ=255) gggTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGGTTTATTCCTTTTTTTGTAATTCTTAAActct > 1:274064/1‑90 (MQ=255) gggTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGATTTATTCCTTTTTTAGTAATCCTGAAActct > 2:835648/1‑90 (MQ=255) atataatTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAg < 2:1016819/90‑1 (MQ=255) aaCTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGaa > 2:336972/1‑90 (MQ=255) aTGTTAATATTGGCGGGGGGGGTTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAACCAGTGACCAAAAAAAAAATTAAgg > 2:1067390/1‑90 (MQ=255) tAATATTGGCGGGGGGGATTTATGCCTTTTTTTATAATCCTGAAACTCTTCGTCGTATTAGCCCGGGACCCAAAAAAGAATTAAGGTCaa > 2:456874/1‑90 (MQ=255) tGGCGGGGGGGGTTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGc > 1:157259/1‑90 (MQ=255) | ATGTGGCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGC > NZ_CP009273/766265‑766434 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |