| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 766,353 | 0 | T | G | 54.5% | 16.7 / 24.9 | 22 | intergenic (+286/‑561) | mngB/cydA | mannosylglycerate hydrolase/cytochrome ubiquinol oxidase subunit I |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/8); new base G (12/0); total (14/8) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.41e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.29e-04 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ATGTGGCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCT > NZ_CP009273/766265‑766435 | atGTGGCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTg < 1:1542225/90‑1 (MQ=255)atGTGGCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTg < 1:1031575/90‑1 (MQ=255)atGTGGCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTg < 2:1270670/90‑1 (MQ=255) gCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGAttt > 1:482148/1‑90 (MQ=255) gCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGAttt > 2:257709/1‑90 (MQ=255) ttATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATg < 2:828575/90‑1 (MQ=255) ttATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATg < 2:221359/90‑1 (MQ=255) aaaTAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGGTTTTTTTCTTTTTTTGTa > 2:1098211/1‑90 (MQ=255) gggTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGGGTTTTTTCTTTTTTTGTAAACCTGAAAatct > 1:229391/1‑90 (MQ=255) gAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGcgt < 1:1126504/90‑1 (MQ=255) gAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGcgt < 1:423176/90‑1 (MQ=255) gAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGcgt < 2:757307/90‑1 (MQ=255) aGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGATTTATGCCTTTTTTAATAATCCTGAAAATCTTcgtc > 1:287536/1‑90 (MQ=255) gTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGGTTTTTTTCTTTTTTTGTAATCCTTAAAATCTtcgtcg > 1:126934/1‑90 (MQ=255) taatataatTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGcc > 2:1027283/1‑90 (MQ=255) taatTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGGTTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGa > 2:1501235/1‑90 (MQ=255) gTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGATTTTTTCCTTTTTTAGTAATCCTGAAAATCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCaaaaaaa > 1:1332907/1‑90 (MQ=255) aaCTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGGTTTTTGCCTTTTTTAGTAATCCTGAAACTCTTCGTCGTATTAGCCAGTGACCCAaaaaaaaa > 1:514070/1‑90 (MQ=255) aaCTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGATTTATGCCTTTTTTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGaa > 2:842795/1‑90 (MQ=255) tAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCaa > 2:1542680/1‑90 (MQ=255) tAATATTGGCGGGGGGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCaa > 2:407595/1‑90 (MQ=255) ggCGGGGGGGGTTTTTTCCTTTTTTTGTAATCCTGAAAATCTGGGGGGGATTAGCCAGTGACCAAAAAAAAAATTAAGGTCAAACGTggt > 1:821903/1‑88 (MQ=255) | ATGTGGCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCT > NZ_CP009273/766265‑766435 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |