| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NZ_CP009273 | 303067 = | 95 (2.040) | 4 (0.090) | 3/152 | 3.2 | 4.4% | coding (1977/2526 nt) | ecpC | fimbrial usher EcpC |
| ? | NZ_CP009273 | 303096 = | 87 (2.070) | coding (1948/2526 nt) | ecpC | fimbrial usher EcpC | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
GACCGTCGTCCTCCAGCCCGGTGTTGAATATCACCCCAGCGTTGCCATCAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCAAGTTGGTATTGACGTAGCCGTCCGCCGCGCTATTGACGTTCAGCGTTCCGCTGGCGTAACGAGCGTCG > NZ_CP009273/303009‑303184 | gACCGTCGTCCTCCAGCCCGGTGTTGAATATCACCCCAGCGTTGCCATCAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGa > 1:764875/1‑90 (MQ=255)gACCGTCGTCCTCCAGCCCGGTGTTGAATATCACCCCAGCGTTGCCATCAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGa > 2:510655/1‑90 (MQ=255) cgtcgtCCTCCAGCCCGGTGTTGAATATCCCCCCAGCGTTGCCATCAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGc < 2:348373/90‑1 (MQ=255) cgtcgtCCTCCAGCCCGGTGTTGAATATCCCCCCAGCGTTGCCATCAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGc < 1:1335341/90‑1 (MQ=255) cgtcgtCCTCCAGCCCGGTGTTGAATATCACCCCAGCGTTGCCATCAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGc < 1:504315/90‑1 (MQ=255) tcgtcCTCCAGCCCGGTGTTGAATATCACCCCAGCGTTGCCATCAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTg > 2:659571/1‑90 (MQ=255) tcgtcCTCCAGCCCGGTGTTGAATATCACCCCAGCGTTGCCATCAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTg > 2:949354/1‑90 (MQ=255) tcgtcCTCCAGCCCGGTGTTGAATATCACCCCAGCGTTGCCATCAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTg > 2:1328358/1‑90 (MQ=255) tcgtcCTCCAGCCCGGTGTTGAATATCACCCCAGCGTTGCCATCAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTg > 2:989763/1‑90 (MQ=255) tcgtcCTCCAGCCCGGTGTTGAATATCACCCCAGCGTTGCCATCAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTg > 1:42589/1‑90 (MQ=255) gtcCTCCAGCCCGGTGTTGAATATCACCCCAGCGTTGCCATCAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTGcc > 2:864081/1‑90 (MQ=255) aGCCCGGTGTTGAATATCACCCCAGCGTTGCCATCAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCg > 2:554504/1‑90 (MQ=255) aGCCCGGTGTTGAATATCACCCCAGCGTTGCCATCAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCg < 2:956827/90‑1 (MQ=255) ccGGTGTTGAATATCGCCCCAGCGTTGCCATCAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTc < 1:600134/90‑1 (MQ=255) ccGGTGTTGAATATCCCCCCAGCGTTGCCATCAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTc < 2:539154/90‑1 (MQ=255) ccGGTGTTGAATATCACCCCAGCGTTGCCATCAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTc < 1:108057/90‑1 (MQ=255) cGGTGTTGAATATCACCCCAGCGTTGCCATCAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCa > 2:470496/1‑90 (MQ=255) gtgtTGAATATCACCCCAGCGTTGCCATCAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCAAg > 2:674571/1‑90 (MQ=255) tgtTGAATATCACCCCAGCGTTGCCATCAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCAAGt < 1:1159618/90‑1 (MQ=255) gtTGAATATCACCCCAGCGTTGCCATCAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCAAGtt < 2:1349466/90‑1 (MQ=255) gAATATCACCCCAGCGTTGCCATCAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCAAGTTGGt > 2:1022181/1‑90 (MQ=255) aaTATCCCCCCAGCGTTGCCATCAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCAAGTTGGTa < 2:444888/90‑1 (MQ=255) aaTATCCCCCCAGCGTTGCCATCAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCAAGTTGGTa < 1:156101/90‑1 (MQ=255) aaTATCACCCCAGCGTTGCCATCAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCAAGTTGGTa < 1:1022181/90‑1 (MQ=255) aaTATCACCCCAGCGTTGCCATCAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCAAGTTGGTa < 1:735818/90‑1 (MQ=255) atatCACCCCAGCGTTGCCATCAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCAAGTTGGTAt < 2:514648/90‑1 (MQ=255) tatCACCCCAGCGTTGCCATCAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCAAGTTGGTAtt < 2:744076/90‑1 (MQ=255) tCACCCCAGCGTTGCCATCAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCAAGTTGGTa > 1:381645/1‑86 (MQ=255) tCACCCCAGCGTTGCCATCAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCAAGTTGGTa < 2:381645/86‑1 (MQ=255) tCACCCCAGCGTTGCCATCAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCAAGTTGGTATTGa > 2:332248/1‑90 (MQ=255) tCACCCCAGCGTTGCCATCAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCAAGTTGGTATTGa > 1:249125/1‑90 (MQ=255) tCACCCCAGCGTTGCCATCAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCAAGTTGGTATTGa > 2:1326386/1‑90 (MQ=255) tCACCCCAGCGTTGCCATCAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCAAGTTGGTATTGa > 1:997430/1‑90 (MQ=255) tCACCCCAGCGTTGCCATCAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCAAGTTGGGATTGa > 2:1010056/1‑90 (MQ=255) tCACCCCAGCGTTGCCATCAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGGCAAGGTGGTATTGa > 2:979808/1‑90 (MQ=255) cACCCCAGCGTTGCCATCAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCAAGTTGGTATTGAc < 1:758689/90‑1 (MQ=255) aCCCCAGCGTTGCCATCAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCAAGTTGGTATTGACg > 2:730234/1‑90 (MQ=255) aCCCCAGCGTTGCCATCAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCAAGTTGGTATTGACg > 2:395689/1‑90 (MQ=255) aCCCCAGCGTTGCCATCAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCAAGTTGGTATTGACg > 1:1089200/1‑90 (MQ=255) aCCCCAGCGTTGCCATCAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCAAGTTGGGATTGACg > 2:782938/1‑90 (MQ=255) ccccAGCGTTGCCATCAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTTCCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCAAGTTGGTATTGACGt < 1:392323/90‑1 (MQ=255) ccccAGCGTTGCCATCAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCAAGTTGGTATTGACGt < 2:424761/90‑1 (MQ=255) gCGTTGCCATCAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGGCAAGGTGGGATTGACGTAGCCg > 2:975814/1‑90 (MQ=255) gTTGCCATCAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCAAGTTGGGTTTTACGTATCCgcc > 2:758689/1‑88 (MQ=255) gCCATCAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCAAGTTGGTa < 1:1258973/73‑1 (MQ=255) gCCATCAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCAAGTTGGTa > 2:1258973/1‑73 (MQ=255) gCCATCAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCAAGTTGGTATTGACGt > 2:503353/1‑80 (MQ=255) gCCATCAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCAAGTTGGTATTGACGt < 1:503353/80‑1 (MQ=255) gCCATCAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCAAGTTGGTATTGACGTAGCCGTccgc < 1:561806/90‑1 (MQ=255) gCCATCAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCAAGTTGGTATTGACGTAGCCGTccgc > 2:541132/1‑90 (MQ=255) gCCATCAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCAAGTTGGTATTGACGTAGCCGTccgc > 2:767156/1‑90 (MQ=255) gCCATCAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCAAGTTGGTATTGACGTAGCCGGccgc > 2:243225/1‑90 (MQ=255) aTCAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCAAGTTGGTATTGACGTAGCCGTCcgccgc < 1:166858/90‑1 (MQ=255) aTCAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCAAGTTGGTATTGACGTAGCCGTCcgccgc > 2:683185/1‑90 (MQ=255) aTCAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCAAGTTGGTATTGACGTAGCCGTCcgccgc < 1:1354029/90‑1 (MQ=255) aTCAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCAAGTTGGTATTGACGTAGCCGTCcgccgc < 1:510655/90‑1 (MQ=255) tCAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCAAGTTGGTATTGACGTAGCCGTCCGCcgcg > 2:176986/1‑90 (MQ=255) ccAGTCCCCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCAAGTTGGTATTGACGTAGCCGTCCGCcgcg < 2:576873/89‑1 (MQ=255) cAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCAAGTTGGTATTGACGTAGCCGGCCGCCgcgc > 2:147823/1‑90 (MQ=255) cAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCAAGTTGGGATTTACGTAGCCGTCCGCCccgc > 2:91299/1‑90 (MQ=255) cAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCAAGTTGGGATTGGAGTAGCCGTCCGCCccgc > 1:1056866/1‑90 (MQ=255) cAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGCCAAGGTGGTAGTGACGTAGCCGTCCGCCgcgc > 2:616828/1‑90 (MQ=255) aGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCAAGTTGGTATTGACGTAGCCGTCCGCCGCGCt < 1:1136003/90‑1 (MQ=255) aGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCAAGTTGGTATTGACGTAGCCGTCCGCCGCGCt < 1:864081/90‑1 (MQ=255) gcccgcTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCAAGTTGGTATTGACGTAGCCGTCCGCCGCGCTATTGa > 2:283052/1‑90 (MQ=255) ccccgcTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCAAGTTGGTATTGACGTAGCCGTCCGCCGCGCTATTGa < 2:1265661/89‑1 (MQ=255) cccgcTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCAAGTTGGTATTGACGTAGCCGTCcgccgc < 2:476903/81‑1 (MQ=255) gcTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGc < 1:867861/35‑1 (MQ=255) gcTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGc > 2:867861/1‑35 (MQ=255) cTGGCAGCAATG‑TTTTCCCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCAAGTTGGTATTGACGTAGCCGTCCGCCGCGCTATTGACGTTCa < 2:37618/90‑1 (MQ=255) tGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCAAGTTGGGATTTACGGAGCCGCCCGCCGCGCTATTGACGTTCa > 2:604893/1‑90 (MQ=255) agcaATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCAAGTTGGTATTGACGTAGCCGTCCGCCGCGCTATTGACGTTCAGCGt < 1:730234/90‑1 (MQ=255) aaTGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCAAGTTGGTATTGACGTAGCCGTCCGCCGCGCTATTGACGTTCAGCGTTcc > 2:363183/1‑90 (MQ=255) aaTGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGGCAAGTTGGTATTGACGTAGCCCTCCGCCGCGCTATTTACGTTCAGCGGTcc > 2:864649/1‑90 (MQ=255) tGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCAAGTTGGTATTGACGTAGCCGTCCGCCGCGCTATTGACGTTCAGCGTTCCGc < 2:390120/90‑1 (MQ=255) tGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCAAGTTGGTATTGACGTAGCCGTCCGCCGCGCTATTGACGTTCAGCGTTCCGc < 1:448667/90‑1 (MQ=255) tGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCAAGTTGGTATTGACGTAGCCGTCCGCCGCGCTATTGACGTTCAGCGTTCCGc < 1:683185/90‑1 (MQ=255) tGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCAAGTTGGTATTGACGTAGCCGTCCGCCGCGCTATTGACGTTCAGCGTTCCGc < 2:317567/90‑1 (MQ=255) tGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCAAGTTGGTATTGACGTAGCCGTCCGCCGCGCTATTGACGTTCAGCGTTCCGc < 1:683226/90‑1 (MQ=255) tGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCAAGTTGGTATTGACGTAGCCGTCCGCCGCGCTATTGACGTTCAGCGTTCCGc < 1:1129890/90‑1 (MQ=255) tttttACCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCAAGTTGGTATTGACGTAGCCGTCCGCCGCGCTATTGACGTTCAGCGTTCCGCTg < 1:465617/90‑1 (MQ=255) 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tGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCAAGTTGGTATTGACGTAGCCGTCCGCCGCGCTATTGACGTTCAGCGTTCCGCTGGCGTAACGa > 2:52720/1‑90 (MQ=255) tGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCAAGTTGGGATTGACGTAGCCGTCCGCCGCGCTATTGGCGTTCAGCGTTCCGCTGGCGGAACGa > 2:1094809/1‑90 (MQ=255) gCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCAAGTTGGTATTGACGTAGCCGTCCGCCGCGCTATTGACGTTCAGCGTTCCGCTGGCGTAACGAg > 2:41071/1‑90 (MQ=255) gCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCAAGTTGGTATTGACGTAGCCGTCCGCCGCGCTATTGACGTTCAGCGTTCCGCTGGCGTAACGAg < 2:873322/90‑1 (MQ=255) gCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCAAGTTGGTATTGACGTAGCCGTCCGCCGCGCTATTGACGTTCAGCGTTCCGCTGGCGTAACGAg < 2:1089200/90‑1 (MQ=255) gCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCAAGTTGGTATTGACGTAGCCGTCCGCCGCGCTATTGACGTTCAGCGTTCCGCTGGCGTAACGAg < 1:772136/90‑1 (MQ=255) aGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCAAGTTGGTATTGACGTAGCCGTCCGCCGCGCTATTGACGTTCAGCGTTCCGCTGGCGTAACGAGCGt < 2:259006/90‑1 (MQ=255) aGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCAAGTTGGTATTGACGTAGCCGTCCGCCGCGCTATTGACGTTCAGCGTTCCGCTGGCGTAACGAGCGt < 1:1089160/90‑1 (MQ=255) aGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCAAGTTGGTATTGACGTAGCCGTCCGCCGCGCTATTGACGTTCAGCGTTCCGCTGGCGTAACGAGCGt < 2:1028430/90‑1 (MQ=255) ccGACGCTGCCATTGGCGGTCAAGTTGGTATTGACGTAGCCGTCCGCCGCGCTATTGACGTTCAGCGTTCCGCTGGCGTAACGAGCGTCg < 1:999531/90‑1 (MQ=255) | GACCGTCGTCCTCCAGCCCGGTGTTGAATATCACCCCAGCGTTGCCATCAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCAAGTTGGTATTGACGTAGCCGTCCGCCGCGCTATTGACGTTCAGCGTTCCGCTGGCGTAACGAGCGTCG > NZ_CP009273/303009‑303184 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |