| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 3,837,579 | 0 | T | G | 52.4% | 48.9 / 60.5 | 42 | F86V (TTT→GTT) | adeD | adenine deaminase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (5/15); new base G (22/0); total (27/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.57e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.50e-06 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCCGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGACGCCGGTCACTTTTGAAACCGCTACCCTGCCGCGCGGCCTGACGA > NZ_CP009273/3837490‑3837663 | gACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCCGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGt < 2:1131041/90‑1 (MQ=255) cGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCCGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGGGCCCGGGgtt > 2:141781/1‑90 (MQ=255) ttACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCCGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGGTTAt > 1:536993/1‑90 (MQ=255) ttGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCCGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCCGGGGTTTTTTATg > 2:554182/1‑90 (MQ=255) ccGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCCGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTc < 2:1250866/90‑1 (MQ=255) ccGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCCGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTc < 1:732942/90‑1 (MQ=255) ccGGTGTTGGAGCAGAATACACTGATGCTCCGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTc < 2:608518/90‑1 (MQ=255) gtTGGCGCAGAATACACTGATGCTCCGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGGTTTTTTATGCTCACCTg > 2:277952/1‑90 (MQ=255) tGGCGCAGAATACACTGATGCTCCGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGGTTTTTTATGCTCACCTGCa > 2:414587/1‑90 (MQ=255) cgcAGAATACACTGATGCTCCGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCatat < 1:695880/90‑1 (MQ=255) aGAATACACTGATGCTCCGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGGTTTTTGATGCTCACCTGCATATTGa > 1:647511/1‑90 (MQ=255) tACACTGATGCTCCGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCAGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATcc < 1:1154432/90‑1 (MQ=255) cacTGATGCTCCGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGGACCCGGGGTTATTTACGGCCACCTGCCTATTTAATCCac > 2:668839/1‑89 (MQ=255) tGATGCTCCGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGGGCCAGGGGTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCat > 2:367263/1‑90 (MQ=255) aTGCTCCGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTc < 2:775372/66‑1 (MQ=255) aTGCTCCGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGGTTTTTTATGGTCCCCTGCATATTTTATCCAACatga > 2:207715/1‑90 (MQ=255) aTGCTCCGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGGTTTTTTATGCTCAACTGCATATTGAATCCAACacga > 1:624477/1‑90 (MQ=255) aTGCTCCGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGGTTATTGATGCTc > 1:775372/1‑66 (MQ=255) aTGCTCCGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGGTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCatga > 1:1202594/1‑90 (MQ=255) aTGCTCCGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGGGCCAGGGGTTTTTGATGTTCCCCCGCATATTGAATCCAGCatga > 2:953391/1‑90 (MQ=255) aTGCTCCGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGGGCCAGGGGTTTTTGATGCTCACCCGCATATTGAATCCCGCatga > 2:29799/1‑90 (MQ=255) gCTCCGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAAACCAGCatgatg > 2:6620/1‑90 (MQ=255) gCTCCGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGGTTTTTGATGCTCACCCGCATATTGAATCCAGCatgatg > 2:1263629/1‑90 (MQ=255) gCTCCGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGGTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCatgagg > 1:170430/1‑88 (MQ=255) gCTCCGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGGTCATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCatgatg > 1:883414/1‑90 (MQ=255) tCCGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGAc > 2:555884/1‑90 (MQ=255) ggCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTc < 2:169102/59‑1 (MQ=255) ggCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTc > 1:169102/1‑59 (MQ=255) cTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGGGCCAGGGGTTTTTTATGCTCACCCGCCTATTGAATCCAGCATGATGACGCCgg > 2:634163/1‑90 (MQ=255) ttGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGGGCCAGGGGTTATTGATGCTCACCCGCAGATTGAAACCCGCATGATGACGCCggcg > 2:1286536/1‑88 (MQ=255) tGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGACGCCGGTCa < 1:232123/90‑1 (MQ=255) tGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGACGCCGGTCa < 1:953391/90‑1 (MQ=255) tGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGGTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGACGCCGGGCa > 1:608345/1‑90 (MQ=255) gCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGGTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGACGCCGGTCAc > 1:584970/1‑90 (MQ=255) ggATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTG‑TGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGACGCCGGTCACTTTTGa < 1:750420/90‑1 (MQ=255) tGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGACGCCGGTCACTTTTGAAACCGc < 1:917835/90‑1 (MQ=255) tCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGGTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGACGCCGGTCACTTTTGAAACCGCTAc > 1:953144/1‑90 (MQ=255) gcgcAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGACGCCGGTCACTTTTGAAACCGCTACCCTg > 2:217937/1‑89 (MQ=255) gcgcAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGACGCCGGTCACTTTTGAAACCGCTACCCTg < 1:217937/89‑1 (MQ=255) cggcggTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGACGCCGGTCACTTTTGAAACCGCTACCCTGCcgcgcg < 2:151543/90‑1 (MQ=255) ggTGCCGGGGGTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGACGCCGGTCACTTTTGAAACCGCTACCCTGCCGCGCGGCCt > 1:1035355/1‑90 (MQ=255) ggTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGACGCCGGTCACTTTTGAAACCGCTACCCTGCCGCGCGGCCt > 1:372802/1‑90 (MQ=255) cAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGACGCCGGTCACTTTTGAAACCGCTACCCTGCCGCGCGGTCTgacga < 2:210362/90‑1 (MQ=255) cAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGACGCCGGTCACTTTTGAAACCGCTACCCTGCCGCGCGGCCTgacga < 1:141781/90‑1 (MQ=255) | GACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCCGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGACGCCGGTCACTTTTGAAACCGCTACCCTGCCGCGCGGCCTGACGA > NZ_CP009273/3837490‑3837663 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |